第〇部分：3606抵達(dá)I區(qū)之前

天快亮了，而波爾部長還在考慮扶風(fēng)將軍遇刺的事情。他嘗試帶少數(shù)人離開車站準(zhǔn)備向特遣隊(duì)進(jìn)行交涉，卻遭到了暗中監(jiān)視的無鬼瞼的暗殺。

聽到波爾遇害的槍聲后，德蘭察覺到危險(xiǎn)，準(zhǔn)備組織眾人更換藏身地。然而所有出入口均被無鬼瞼封鎖，安全部的干員們才意識到他們被困住了。加納利主動出擊，奪回了波爾身上的證據(jù)資料備份。站臺內(nèi)的安全部干員也迅速組織反抗。

這一舉動正合雅各布的意愿，他將安全部激烈反抗的畫面交給希羅和特遣隊(duì)并請求支援。他將這些人定性為“刺殺扶風(fēng)將軍的3606的同黨”，并請求加以消滅。

第一部分：3606潛入I區(qū)運(yùn)輸中心

在希羅的煽動下，特遣隊(duì)的士兵們群情激昂，對安全部干員們的藏身處發(fā)動了猛烈進(jìn)攻，并且?guī)硪惠v突擊炮，準(zhǔn)備炸塌建筑，將所有干員們埋在廢墟下面。

危急時(shí)刻，借助卡車潛入I區(qū)的3606誤入了無鬼瞼占據(jù)的控制臺，打開了站臺的逃生通道。德蘭迅速反應(yīng)，在突擊炮炸塌房子前帶領(lǐng)所有人撤離，眾人得以逃生。而另一邊3606也陷入了和特遣隊(duì)的沖突，特遣隊(duì)對于3606還活著這件事感到吃驚，并且很困惑他是如何從F區(qū)趕到I區(qū)的。

3606進(jìn)入車站發(fā)電機(jī)室附近后，被安全部的武裝人員奧古斯塔·特雷爾（Augusta?Terrell）和加納利當(dāng)成偷襲的士兵抓住，幸虧瓦妮婭趕到并救出3606。德蘭向3606表示感謝和致歉，并在眾人面前簡要闡明了事件真相和當(dāng)下狀態(tài)，認(rèn)定馬特要為這次事故負(fù)責(zé)。隨后，德蘭代表基地法律當(dāng)場宣布3606無罪，使其擺脫十級工人束縛并獲得了自由之身。

特遣隊(duì)再次向避難所發(fā)動攻擊，加納利用提前埋好的炸藥摧毀了突擊炮并打退了敵人的進(jìn)攻。德蘭讓3606趕快離開這里，但離開的3606迎頭撞上了想從背面偷襲的特遣隊(duì)，而士兵們根本沒打算放過3606。

第二部分：列車運(yùn)輸中心激烈交火

因?yàn)闆]能干掉3606，大失顏面的希羅派出一整支帶有重武器的精銳連隊(duì)前往布設(shè)陣地并堵截。3606又遭遇了另一輛剛從列車上卸下的突擊炮，邁爾斯及時(shí)出現(xiàn)并用粘性炸藥趕走了它。然而，就在邁爾斯準(zhǔn)備帶3606離開車站，穿過小路離開基地時(shí)，被一門埋伏的步兵炮奪走了性命。

很快步兵炮的整個(gè)陣地都被3606奪了去。隨后，3606冒著子彈和炮火沖過運(yùn)河，并闖進(jìn)了河對岸的重兵把守的基地車站倉庫大廈。在慌亂之中，連隊(duì)指揮官為了保護(hù)重型迫擊炮陣地，不顧自己人的安危，瘋狂下令轟炸大廈，然而重型迫擊炮最終還是被3606奪走，并被用來炸毀守在街道的那第二輛突擊炮。

第三部分：陷入完全的黑暗

遭到接二連三的打擊后，特遣隊(duì)士氣極其低落，惱怒的希羅不得不調(diào)來一輛主戰(zhàn)坦克支援，而仍然身處F區(qū)的武裝直升機(jī)更是還有很遠(yuǎn)的路要趕。此時(shí)，克勞德成功奪取了車站庫房的列車并準(zhǔn)備直接離開基地，這讓雅各布決定親自出手。

仍在趕路的特雷爾與德蘭遭遇雅各布帶領(lǐng)的無鬼瞼精銳，并且發(fā)現(xiàn)無法傷害到雅各布。他們被無鬼瞼打散，特雷爾被雅各布用變異注射劑手槍擊中。

得知消息的加納利讓3606加入了營救。在激烈交火后，他們成功救下了遭到圍攻的德蘭和特雷爾。特雷爾看起來不妙，一直在吐血，并且在返回時(shí)，特雷爾突然無法控制自己，關(guān)閉了逃生的大門，將德蘭和眾人隔絕開。

隨后，雅各布出現(xiàn)，開槍擊倒了德蘭，破壞了德蘭身上的關(guān)鍵證據(jù)資料。他必須采取緊急措施，阻止對基地不利的內(nèi)容的傳播。在加納利撕碎鐵窗前，雅各布得知德蘭對基地的神秘計(jì)劃“λ（Lambda）”有所了解，憤怒不已，將其射殺并逃走了。彌留之際的德蘭告訴加納利去數(shù)據(jù)中心找和“λ計(jì)劃”相關(guān)的數(shù)據(jù)核心，絕不能讓他們獲勝。

不妙的是，此時(shí)主戰(zhàn)坦克沖了出來，碾軋著一切，加納利和3606被迫逃跑。列車緊急發(fā)動，主戰(zhàn)坦克向列車開炮，但只是炸塌了隧道入口的天花板。列車順利逃脫。

在逃離基地的列車上，眾人認(rèn)為調(diào)查“λ計(jì)劃”是決定他們生死的最后一張牌，于是前往基地的數(shù)據(jù)中心拼死一搏。