關(guān)于舉辦“LAMMPS分子動(dòng)力學(xué)技術(shù)與應(yīng)用”線上+線下實(shí)戰(zhàn)培訓(xùn)的通知

各有關(guān)單位:

分子動(dòng)力學(xué)模擬是一種研究分子體系結(jié)構(gòu)與性質(zhì)的重要方法，已被廣泛用于化學(xué)化工、生物醫(yī)藥、材料科學(xué)與工程、物理等學(xué)科領(lǐng)域。傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)需要大量的人力物力而且耗時(shí)，而計(jì)算機(jī)模擬的方法省時(shí)省力，可以用來(lái)求解解析理論無(wú)法求解的問(wèn)題，模擬實(shí)驗(yàn)做起來(lái)困難或不可能做的條件，得到更貼近實(shí)際體系的結(jié)果。LAMMPS分子動(dòng)力學(xué)程序是一款開(kāi)源而免費(fèi)的軟件，可以模擬成千上萬(wàn)甚至幾百萬(wàn)個(gè)原子、分子，常用于模擬液體中的粒子，固體和汽體的系綜，也可以采用不同的力場(chǎng)和邊界條件來(lái)模擬全原子，聚合物，生物，金屬，粒狀和粗料化體系。

為全力做好教育系統(tǒng)新型冠狀病毒感染的肺炎疫情防控工作，確保廣大師生的身體健康和生命安全，根據(jù)中央有關(guān)精神以及教育部《關(guān)于2020年春季學(xué)期延期開(kāi)學(xué)的通知》，各級(jí)教育主管部門也紛紛提出將通過(guò)開(kāi)展網(wǎng)絡(luò)教學(xué)，確保“停課不停教、不停學(xué)”。應(yīng)新老客戶的培訓(xùn)需求，北京軟研國(guó)際信息技術(shù)研究院特舉辦““LAMMPS分子動(dòng)力學(xué)技術(shù)與應(yīng)用”線上+線下實(shí)戰(zhàn)培訓(xùn)，本次培訓(xùn)由互動(dòng)派（北京）教育科技有限公司具體承辦，通過(guò)本次培訓(xùn)，能夠了解LAMMPS是什么？能干什么？怎么用？以及如何從簡(jiǎn)單的例子開(kāi)始學(xué)起，做出能夠發(fā)表的結(jié)果，具體事宜通知如下：

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一、時(shí)間地點(diǎn)： ?

2020年5月23日——5月24日 ?在線直播（授課2天）

2020年6月4日——6月7日????線下培訓(xùn)（第一天報(bào)到、授課3天）

二、報(bào)名費(fèi)用：??

每人￥3300元（含報(bào)名費(fèi)、培訓(xùn)費(fèi)、資料費(fèi)、證書(shū)費(fèi)）

5月9號(hào)之前報(bào)名匯款可享受優(yōu)惠 400元（名額有限）；費(fèi)用提供用于報(bào)銷的正規(guī)機(jī)打發(fā)票及蓋有公章的紙質(zhì)通知文件；如需開(kāi)具會(huì)議費(fèi)的單位請(qǐng)聯(lián)系招生老師要會(huì)議邀請(qǐng)函；

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三、培訓(xùn)特色：

1、本次課程共計(jì)5天，采用“3+2”教學(xué)體系，2天在線教學(xué)及3天線下實(shí)訓(xùn)；小班授課，對(duì)知識(shí)進(jìn)行由淺入深，層層遞進(jìn)，系統(tǒng)講解，配合案例解析邊講邊練，讓學(xué)員能運(yùn)用模擬軟件針對(duì)每個(gè)技術(shù)點(diǎn)進(jìn)行上機(jī)操作；在線學(xué)習(xí)后對(duì)學(xué)員提煉出的問(wèn)題提供專業(yè)指導(dǎo)，從而更好地滿足學(xué)員不同方面的論文及實(shí)際科研需求；

2、課堂上建立專屬班級(jí)交流平臺(tái)，學(xué)員學(xué)完后可以繼續(xù)在班級(jí)群與老師同學(xué)交流問(wèn)題，鞏固學(xué)習(xí)內(nèi)容。

四、培訓(xùn)課表：

“LAMMPS分子動(dòng)力學(xué)模擬技術(shù)與應(yīng)用”專題線上+線下實(shí)戰(zhàn)培訓(xùn)

課 ?程

內(nèi) ??容

一、LAMMPS基礎(chǔ)

1 ?分子動(dòng)力學(xué)模擬入門理論——掌握l(shuí)ammps的in文件中各命令的意義

1.1系綜理論

1.2主要算法介紹

1.3積分步長(zhǎng)的選取

1.4溫度和壓力控制

1.5周期性邊界條件

1.6分子動(dòng)力學(xué)模擬流程

二、LAMMPS入門學(xué)習(xí)

2 ?LAMMPS入門操作基礎(chǔ)

2.1 Linux命令入門基礎(chǔ)——熟練掌握LAMMPS所用的Linux命令

2.2 LAMMPS中一些安裝包的介紹——為以后創(chuàng)建自己體系進(jìn)行選擇性安裝

2.3 LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版編譯安裝——掌握LAMMPS的編譯方法，針對(duì)自己體系編譯可執(zhí)行文件。

2.4 LAMMPS的in文件結(jié)構(gòu)格式、基本語(yǔ)法及常用命令講解、data文件格式。

2.5 LAMMPS實(shí)例講解。

:?實(shí)例操作：在linux系統(tǒng)編譯安裝自己的LAMMPS可執(zhí)行程序。

三、LAMMPS進(jìn)階學(xué)習(xí)

3. LAMMPS各種參數(shù)計(jì)算

3.1 顆粒模擬

3.2 可視化快照

3.3 彈性常數(shù)模擬

3.4 計(jì)算熱導(dǎo)率

3.5 計(jì)算粘度

3.6 計(jì)算均方位移

3.7 計(jì)算徑向分布函數(shù)

3.8 計(jì)算擴(kuò)散系數(shù)

3.9 計(jì)算能量數(shù)據(jù)

3.10 Lammps常見(jiàn)錯(cuò)誤及解決途徑

:?實(shí)例操作：學(xué)員結(jié)合自己的科研方向，選擇運(yùn)行契合自己研究方向的例子

四、Lammps的建模

4 ??LAMMPS建?！莆栈静僮髁鞒?/p>

4.1 ?掌握l(shuí)attice命令建立晶體模型

4.2 ?Packmol建模語(yǔ)法學(xué)習(xí)及實(shí)操

4.3 ?Material Studio建模學(xué)習(xí)及實(shí)操?

4.4 ?VMD建模學(xué)習(xí)及實(shí)操

:?實(shí)例操作：把上述實(shí)操模型轉(zhuǎn)換成lammps的data文件

五、從examples的簡(jiǎn)單例子，到完成自己的科研課題

5 通過(guò)examples中的例子，理解要模擬對(duì)象的物理意義

5.1 ?運(yùn)行examples\flow 到建立水分子在石墨烯片層(碳納米管)內(nèi)的流動(dòng)模擬

5.2 ?運(yùn)行examples\shear 到石墨烯力學(xué)性質(zhì)模擬

5.3 ?運(yùn)行examples\friction 到金屬/合金的摩擦模擬

5.4??特殊結(jié)構(gòu)的模擬建模（C60系列模型）

:?實(shí)例操作：學(xué)員探索由簡(jiǎn)單例子到自己科研課題的模擬過(guò)程

六、環(huán)氧樹(shù)脂在二氧化硅表面吸附建模(CVFF力場(chǎng))

6 環(huán)氧樹(shù)脂在二氧化硅表面吸附吸能的影響

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模擬過(guò)程

6.1 創(chuàng)建構(gòu)型文件

6.2 建立輸入腳本

6.3 運(yùn)行能量最小化及體系的預(yù)松弛

6.4 壓縮盒子達(dá)到指定的密度（針對(duì)不同研究體系掌握壓縮方法的不同，并掌握判斷方法和依據(jù)）

6.5模擬步驟：包括能量最小化-NVT平衡-NPT平衡-對(duì)研究目標(biāo)的性質(zhì)進(jìn)行長(zhǎng)時(shí)間軌跡平衡-輸出研究所關(guān)心的性質(zhì)。

6.6. 查看動(dòng)態(tài)軌跡和特殊幀的圖片顯示(采用VMD軟件做出漂亮的圖片和視頻，學(xué)會(huì)用tcl腳本控制輸出)

6.7 數(shù)據(jù)分析（origin軟件的使用）

6.7.1 MSD分析

6.7.2 計(jì)算RDF

6.7.3 計(jì)算密度分布

七、LAMMPS高級(jí)研修，自建分子力場(chǎng)參數(shù)文件和金屬有機(jī)框架材料晶體模型

7?LAMMPS分子力場(chǎng)文件創(chuàng)建及MOFs材料建模

7.1??介紹固體材料單晶包試驗(yàn)數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，掌握基本的材料幾何特征

7.2 ?利用MS軟件構(gòu)建MOFs材料單晶包模型和H2和CO2分子模型

7.3??分子作用勢(shì)能函數(shù)，編寫(xiě)MS軟件中的力場(chǎng)參數(shù)文件（off文件）

7.4 ?巨正則系綜Monte Carlo方法

7.5 ?利用Sorption模塊將H2和CO2分子插入到MOFs材料

7.6??編寫(xiě)LAMMPS力場(chǎng)文件（frc文件），并通過(guò)lammps程序生成data文件

7.7 ?運(yùn)行能量最小化及體系的預(yù)松弛

7.8 ?模擬步驟：包括能量最小化NVT平衡，對(duì)研究目標(biāo)的性質(zhì)進(jìn)行長(zhǎng)時(shí)間軌跡平衡-輸出研究所關(guān)心的性質(zhì)。

:?實(shí)例操作：金屬有機(jī)框架（MOFs）儲(chǔ)氫和碳捕集模擬

八、分子篩納米膜分離H2/CO2混合氣體模擬

（模擬文獻(xiàn)Science 346 (6215), 1356-1359）

8?研究H2/CO2在ZIF-7膜材料中分離性能

模擬文獻(xiàn)Science 346 (6215), 1356-1359的分離過(guò)程

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8.1??利用MS軟件構(gòu)建ZIF-7膜材料單晶包

8.2??設(shè)計(jì)H2/CO2與ZIF-7體系模型，模擬文獻(xiàn)“Science 346 (6215), 1356-1359”的實(shí)驗(yàn)過(guò)程

8.3 ?自定義分子力場(chǎng)文件（frc文件），并通過(guò)lammps程序生成data文件

8.4 ?運(yùn)行能量最小化及體系的預(yù)松弛

8.5 ?模擬步驟：包括能量最小化-NVT平衡，對(duì)研究目標(biāo)的性質(zhì)進(jìn)行長(zhǎng)時(shí)間軌跡平衡-輸出研究所關(guān)心的性質(zhì)

8.6 ?采用VMD查看動(dòng)態(tài)軌跡

8.7??數(shù)據(jù)分析，計(jì)算RDF，MSD，密度分布，選擇性等

:?實(shí)例操作：包括在VMD中查看可視化的動(dòng)態(tài)軌跡，計(jì)算密度分布，分子的MSD等，抽取軌跡的動(dòng)能、勢(shì)能、總能量等相關(guān)數(shù)據(jù)，對(duì)軌跡進(jìn)行初步分析

九、輔助課程

1.其他相關(guān)軟件的功能介紹，如 GROMACS、VASP、NAMD、MS 等

2.建立微信群 QQ 群，建立長(zhǎng)期技術(shù)問(wèn)題答疑平臺(tái)

六、頒發(fā)證書(shū)：

參加相關(guān)培訓(xùn)并通過(guò)考試的學(xué)員，可以獲得： 北京軟研國(guó)際信息技術(shù)研究院培訓(xùn)中心頒發(fā)的《LAMMPS 分子動(dòng)力學(xué)模擬技術(shù)與應(yīng)用》專業(yè)技能結(jié)業(yè)證書(shū)。

七、聯(lián)系方式：

咨詢電話：18618288284? ? ? ? ? 聯(lián) 系 人:? ?唐老師 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

報(bào)名郵箱：13167390675@163.com? ? 報(bào)名QQ:? 2720927402?微信：17800209174

【注】開(kāi)課前一周會(huì)務(wù)組統(tǒng)一通知；開(kāi)課前一天會(huì)將直播鏈接及上機(jī)賬號(hào)發(fā)至您郵箱或微信。如未收到請(qǐng)及時(shí)電話咨詢！

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