雖然biogeobears（后面簡(jiǎn)稱(chēng)為bgb）還沒(méi)摸透，但是RASP一摸基本上就上手了。

bgb使用示例持續(xù)補(bǔ)充中（https://www.bilibili.com/read/cv18805296）

軟件可以在余巖老師開(kāi)的網(wǎng)頁(yè)下獲取最新版本：http://mnh.scu.edu.cn/soft/blog/RASP/index.html

網(wǎng)頁(yè)提供最新版本軟件，同時(shí)還有使用方法的詳細(xì)說(shuō)明，下面用bgb里面的示例數(shù)據(jù)（也就是exdata里夏威夷島的那組數(shù)據(jù)）進(jìn)行簡(jiǎn)單的演示。

打開(kāi)rasp后點(diǎn)擊File →Load tree 導(dǎo)入樹(shù)文件，還可以點(diǎn)擊add tree進(jìn)行添加（比如ML樹(shù)和BI樹(shù)都添加進(jìn)去，是否能更精確個(gè)人還沒(méi)測(cè)試，誰(shuí)知道撅我一下）

然后點(diǎn)擊File→Load states 導(dǎo)入分布信息，rasp對(duì)文件格式的包容度略低，這里將文件后綴從.data改為.txt后再導(dǎo)入。也可以直接在數(shù)據(jù)欄里直接編輯，但是需要注意的是，只能使用從A開(kāi)始的連續(xù)的字母來(lái)代表區(qū)域。

點(diǎn)擊CHECK STATUS，顯示那些模型可以使用。

點(diǎn)擊Reconstruction→Model test → compare models using biogeobears

range constraints大多數(shù)情況默認(rèn)，需要調(diào)整的一般只有max areas這個(gè)參數(shù)，

time-stratified部分設(shè)定約束條件，根據(jù)情況進(jìn)行設(shè)定。

點(diǎn)OK開(kāi)始運(yùn)算

完成后，點(diǎn)擊Graphic→tree view 查看結(jié)果

保存略。

與bgb相比，窗口界面和相對(duì)更加自動(dòng)化的操作流程使得rasp的入手門(mén)檻大大降低，使用難度總體來(lái)說(shuō)不高，相對(duì)的，可操作空間被壓縮，能夠?qū)崿F(xiàn)的模型模擬上限遠(yuǎn)不如bgb。在bgb中可以通過(guò)外加各種自設(shè)的矩陣去賦予擴(kuò)散速率權(quán)重，可以設(shè)置更多的自由參數(shù)去模擬歷史進(jìn)程，此外，bgb中有BSM功能，可以推測(cè)生物地理事件。但是bgb實(shí)在是太難用了……

ps：同一套數(shù)據(jù)、相同的參數(shù)，rasp調(diào)用bgb計(jì)算的Lnl被拉平了，參數(shù)e相對(duì)來(lái)說(shuō)出奇高，目前還沒(méi)弄明白是什么原因，對(duì)更大的數(shù)據(jù)是否會(huì)產(chǎn)生質(zhì)變影響也不清楚，個(gè)人水平有限，先在這里標(biāo)記一筆，誠(chéng)心請(qǐng)教

22.9.24加筆：

有文章提出過(guò)滅絕速率在很多模型計(jì)算中被低估了，滅絕可能解釋一些間斷分布，但是這個(gè)過(guò)程是難以被證實(shí)的，因?yàn)槿鄙倩C據(jù)。創(chuàng)始事件同樣也能解釋間斷分布，且較低的速率便可有較大的解釋力。很容易想象，物種1原先分布在AB區(qū)域，分化出了物種2和3，物種3擴(kuò)散到C區(qū)域然后在AB區(qū)域絕滅了，使得現(xiàn)有分布為2：AB、3：C，但這一結(jié)果可以簡(jiǎn)單地由物種1在C創(chuàng)始事件形成3這一步完成。上面兩個(gè)軟件的e參數(shù)差異問(wèn)題還沒(méi)弄明白……

22.9.28加筆：

弄明白力，RASP直接使用了DEC*等一系列修正模型，通過(guò)禁止躍遷到零范圍，更好的模擬推斷局部范圍內(nèi)滅絕

在bgb中需要將所有的? ?include_null_range = TRUE? 設(shè)置改為 FALSE

參考? ? doi: https://doi.org/10.1101/026914