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l?題目：ALDH2作為肺腺癌中潛在的干細(xì)胞相關(guān)生物標(biāo)志物:綜合多組學(xué)分析

l?雜志：Comput Struct Biotechnol J.

l?影響因子：IF=6.155

l?發(fā)表時(shí)間：2023年2月

研究背景

乙醛脫氫酶2 (ALDH2)是乙醛脫氫酶基因(ALDH)超家族的成員，其編碼對(duì)乙醛具有最高親和力的線粒體ALDH，在乙醇代謝中至關(guān)重要。多種研究表明ALDH2在肺癌中的重要性，但導(dǎo)致ALDH2在LUAD中異常表達(dá)的表觀遺傳學(xué)特征和信號(hào)通路仍然知之甚少。

數(shù)據(jù)來源

研究思路

首先分析LUAD患者中ALDH2基因和蛋白的表達(dá)，KM生存分析評(píng)估不同臨床病理因素下ALDH2的預(yù)后價(jià)值。隨后研究了ALDH2的DNA甲基化狀態(tài)和參與ALDH2激活的信號(hào)通路。最后分析ALDH2活性與干細(xì)胞相關(guān)因子和免疫細(xì)胞的相關(guān)性。

主要結(jié)果

1. ALDH2的基因和蛋白表達(dá)分析

利用UALCAN分析ALDH2在24種不同癌癥類型中的表達(dá)（圖1A）。在TCGA-LUAD隊(duì)列分析ALDH2在正常和LUAD樣本中的差異表達(dá)（圖1B）。使用CPTAC-LUAD數(shù)據(jù)集并通過UALCAN分析?ALDH2蛋白在LUAD組織中的表達(dá)（圖2A）。從HPA數(shù)據(jù)庫(kù)收集LUAD組織中ALDH2的IHC圖像和蛋白質(zhì)譜，分析ALHD2蛋白在LUAD中表達(dá)強(qiáng)弱（圖2B, C）。（ps：多組學(xué)分析中利用CPTAC數(shù)據(jù)做蛋白組分析的比較少，是個(gè)亮點(diǎn)，CPTAC數(shù)據(jù)庫(kù)是NCI建立的蛋白組數(shù)據(jù)庫(kù)，需要做多組學(xué)或表達(dá)驗(yàn)證的小伙伴可以用起來啦）

圖1?ALDH2的基因表達(dá)分析

圖2 ALDH2的蛋白表達(dá)分析

2. LUAD中ALDH2表達(dá)與預(yù)后價(jià)值的相關(guān)性分析

KM生存曲線分析不同臨床病理因素LUAD患者ALDH2 mRNA表達(dá)與臨床預(yù)后的相關(guān)性（表2），結(jié)果顯示，ALDH2的低表達(dá)顯著影響患者的存活率，并且ALDH2表達(dá)與LUAD患者生存時(shí)間之間的關(guān)系與各種臨床病理因素（癌癥分期、吸煙習(xí)慣、性別和治療策略）相關(guān)。（ps：生存分析也可以用小云新開發(fā)的零代碼生信分析小工具實(shí)現(xiàn)，云生信分析工具平臺(tái)包含超多零代碼小工具，上傳數(shù)據(jù)一鍵出圖，感興趣的小伙伴歡迎來參觀喲，網(wǎng)址：http://www.biocloudservice.com/home.html）。?

表2 預(yù)后分析

3. ALDH2基因甲基化分析和參與通路分析

基于TCGA數(shù)據(jù)，使用SMART首先進(jìn)行了基因甲基化水平泛癌分析（圖3B），然后比較LUAD腫瘤和正常組織之間的ALDH2各探針的甲基化和聚集水平差異（圖3C）?；?/span>CPTAC-LUAD數(shù)據(jù)集，利用UALCAN研究了LUAD中潛在的ALDH2信號(hào)通路（圖3D），結(jié)果顯示ALDH2蛋白質(zhì)組表達(dá)與HIPPO途徑、mTOR途徑、MYC/MYCN途徑、RTK途徑和SWI-SNF復(fù)合體之間有很強(qiáng)的相關(guān)性。

圖3 ALDH2基因甲基化分析和參與通路分析

4.?ALDH2與干細(xì)胞因子和免疫細(xì)胞的相關(guān)性分析

由于ALDH2表達(dá)在兩個(gè)關(guān)鍵的干細(xì)胞相關(guān)途徑(WNT途徑和p53途徑)中顯著下調(diào)，所以使用TIMER數(shù)據(jù)庫(kù)分析LUAD中ALDH2水平與干細(xì)胞因子（包括TP53和APC）的相關(guān)性（圖4A）。并使用TIMER評(píng)估了ALDH2和各種免疫細(xì)胞活性之間的相關(guān)性（圖4C），結(jié)果表明，?LUAD中ALDH2與B和T細(xì)胞活性相關(guān)。（ps：免疫浸潤(rùn)分析也可以用云生信平臺(tái)分析工具實(shí)現(xiàn)哦，網(wǎng)址：http://www.biocloudservice.com/home.html，歡迎朋友們來探索~?~）

圖4?ALDH2與干細(xì)胞因子和免疫細(xì)胞的相關(guān)性分析

文章小結(jié)

這個(gè)文章對(duì)單個(gè)基因ALDH2進(jìn)行轉(zhuǎn)錄+蛋白+表觀多組學(xué)分析，蛋白組學(xué)分析在文章中非常加分，是個(gè)大亮點(diǎn)（ps：文中用的蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)——CPTAC非常適合做多組學(xué)分析或表達(dá)驗(yàn)證，建議小伙伴們也用起來哦）。最后進(jìn)行干細(xì)胞和免疫細(xì)胞相關(guān)性分析，創(chuàng)新性疊加，純生信就能直接拿下6分+，太超值了！手握目標(biāo)基因，想做單基因分析的小伙伴，不要猶豫啦，用上這個(gè)思路行動(dòng)起來吧！