腫瘤的個體治療以及預后不良一直都是研究熱點，小云今天就在最新發(fā)表的文章里淘到了一份寶藏，（ps：最近才發(fā)表的熱乎乎的文章哦，小云可是立馬就想和大家分享了），下面小云就慢慢為大家解析這篇7＋的文章的研究思路。

首先小云發(fā)現(xiàn)作者緊緊抓住了熱點，選擇了一個在腫瘤研究上前不久才被證實與腫瘤增殖和侵襲有關的基因（CLDN6）（ps：所以大家還是需要時時了解新的研究成果的，如果大家平時時間不夠的話，可以關注小云哦，小云會時時分享一些最新發(fā)表的文章供大家學習的），研究思路上呢，其實算是比較經(jīng)典的分析思路，同時做了預后分析，但是利用的不是數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)，這篇文章是自有大隊列分析還結合了臨床的數(shù)據(jù)。整個文章雖然選擇的病癥不是熱門，但在研究思路上卻做出了創(chuàng)新不僅僅是利用了單基因的分析更是結合自有大隊列驗證與以及臨床的數(shù)據(jù)，這才妥妥的拿下了7+的分數(shù)?。╬s：對這個分析思路感興趣，但是復現(xiàn)分析有困難的粉絲，可以掃碼聯(lián)系小云，小云一直等候您哦）???

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• 文章題目：緊密連接蛋白claudin6是食管和胃腺癌患者個體化治療與預后不良的潛在靶標

• 發(fā)表雜志：Journal of Translational Medicine.

• 影響因子：IF=7.4

• 發(fā)表時間：2023年8月

公眾號回復123獲取原文，原文編號：231201研究背景食管腺癌（EAC）和胃腺癌（GAC）是上消化道最常見的兩種癌癥，EAC和GAC的預后仍然較差，目前迫切需要新的治療方法。Claudin 6（CLDN6）是一種癌胎抗原，已被確定為幾種癌癥的潛在治療靶點，且在GAC中，有研究首次表明，CLDN6的表達與腫瘤細胞增殖和侵襲性增加有關，這使CLDN6成為有希望的治療靶點。因此，研究CLDN6在GAC和EAC中腫瘤發(fā)生的生物學功能和預后影響十分重要。數(shù)據(jù)來源

表1 TCGA EAC和GAC患者數(shù)據(jù)????

表2 EAC和GAC免疫組化學患者數(shù)據(jù)

研究思路

從89例EAC和371例GAC的RNA-Seq數(shù)據(jù)中獲得癌癥基因組圖譜，并且基于生存分析通過CLDN6 mRNA表達對EAC / GAC病例進行分析。對于CLDN6表達高于或低于此臨界值的組，使用DESeq進行差異基因表達分析，并使用Enrichr工具鑒定失調的生物通路。此外，使用CLDN6特異性免疫組化抗體（克隆58-4B-2）鑒定了800多例EAC和近600例GAC中的CLDN6蛋白表達，以鑒定CLDN6陽性腫瘤患者。

主要結果

1. EAC和GAC中CLDN6 mRNA的預后分析EAC和GAC TCGA隊列根據(jù)CLDN6 mRNA表達的高低（TPM，RSEM標準化）進行分組比較兩組之間的總OS。當根據(jù)CLDN6表達中值對EAC和GAC隊列進行分組時，未檢測到OS的顯著差異（圖1C）。但對于EAC，利用Cutoff Finder工具確定了CLDN6 mRNA表達與OS相關的最佳臨界值（TPM=113.5）。按此值細分，CLDN6表達高于臨界值的患者（n=14）的OS明顯短于CLDN6 表達低于臨界值的患者（n= 75）（圖1B）。在EAC的TCGA隊列中，高水平的CLDN6在單變量分析中是一個不利的預后因素，但在多變量分析中不是（表3）。?? ?

圖1 EAC和GAC中CLDN6 的預后分析

表3 EAC和GAC中CLDN6?mRNA表達的多變量分析2. CLDN6 mRNA表達高和低的EAC和GAC病例差異基因的富集分析利用DESeq對CLDN6表達高于或低于最佳臨界值的EAC和GAC亞組進行差異基因表達分析。利用Enrichr平臺將CLDN6高表達或低的EAC和GAC亞組的差異基因進行富集分析（圖2和圖3）。發(fā)現(xiàn)GAC和EAC一樣，CLDN6水平較高的組中AFP和ERBB2（Her2）均發(fā)生了上調。CLDN6水平較低的組中，差異基因主要在分泌通路以及蛋白質代謝通路中下調，以及在調節(jié)脂肪代謝的基因和過氧化物酶體增殖激活受體通路中下調。

圖2 EAC生信分析?? ?

圖3 GAC生信分析3. 免疫組化

對EAC和GAC樣品進行CLDN6蛋白表達的免疫組化的染色，大多數(shù) EAC 和 GAC樣品對CLDN6呈陰性，只有67例EAC標本（8.3%）和18例GAC標本（3.0%）顯示有CLDN6表達（圖4，表5）。?? ?

在所有EAC以及GAC的分析中，無論是治療前或是治療后，作者發(fā)現(xiàn)CLDN6的表達與患者的年齡和性別無關，且CLDN6表達與腫瘤分期（pT）、淋巴結分期（pN）、淋巴管、血管和神經(jīng)周圍侵犯或新輔助治療的應用之間不存在任何相互依存關系。在 Her2狀態(tài)（ERBB）與CLDN6 表達之間未觀察到相關性。

（ps：這里作者加入了臨床上的數(shù)據(jù)，算是一個不錯的創(chuàng)新點了。）

圖4 免疫組化圖

表4 免疫組化數(shù)據(jù)統(tǒng)計表?? ??4. EAC和GAC中CLDN6蛋白表達的預后分析

在EAC和GAC中作者觀察到CLDN6陽性腫瘤患者的OS明顯短于 CLDN6陰性腫瘤患者（圖5A），在EAC中接受新輔助治療的患者結果與其也一致，但不同的是在GAC中在接受新輔助治療的患者群中，只有4個腫瘤表達CLDN6，且未顯示OS的統(tǒng)計學差異（圖5F）。經(jīng)過分析后作者得出了CLDN6的表達在單變量分析和多變量分析中也與較差的預后相關，在接受新輔助治療的EAC亞組中，結果也一致，但與EAC隊列不同的是，在單變量分析中，CLDN6的表達與治療無效患者的較差預后相關，而在預處理亞組中，它不是一個重要的預后因素。在多變量分析中CLDN6表達與治療前患者隊列的不良預后顯著相關（表6）。

ps：這里作者收集了大量的數(shù)據(jù)作為支撐，大家要想發(fā)高分文章盡量多收集數(shù)據(jù)哦。?

圖5 CLDN6蛋白表達與EAC和GAC中低OS的關系

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表5 EAC和GAC中 CLDN6表達的多變量分析?文章小結這篇文章在基因的選擇，分析思路，以及數(shù)據(jù)量上都有可借鑒之處，屬于經(jīng)典的分析思路，同時還有單基因分析，干濕結合，以及結合臨床數(shù)據(jù)這些優(yōu)點在的，而且這篇文章運用了自有大隊列進行驗證，數(shù)據(jù)量大，所以7分+的文章確是是名副其實了，有條件的朋友可以自己動手分析看看，沒有分析條件的朋友就可以咨詢小云了，小云隨時等候您哦。