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科研代碼大全|根據(jù)腫瘤突變負(fù)荷TMB進(jìn)行KM生存分析尋找最佳的cutoff

2022-05-27 16:49 作者:爾云間  | 我要投稿


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腫瘤突變負(fù)荷(tumor mutation burden,TMB)被定義為每百萬(wàn)堿基中被檢測(cè)出的,體細(xì)胞基因編碼錯(cuò)誤、堿基替換、基因插入或缺失錯(cuò)誤的總數(shù),它反映了腫瘤細(xì)胞所攜帶的突變總數(shù)。

很多時(shí)候,當(dāng)我們對(duì)關(guān)心的變量(比如單個(gè)基因表達(dá)量、樣本風(fēng)險(xiǎn)值riskScore、腫瘤突變負(fù)荷TMB)在用中位數(shù)為截點(diǎn)時(shí),生存分析往往沒(méi)有差異。當(dāng)我們關(guān)心的變量KM曲線差異不顯著時(shí),應(yīng)該怎么辦?這個(gè)時(shí)候常常需要找到一個(gè)最佳截點(diǎn)使得生存分析有差異,我們的分析才有實(shí)際意義。

這些都是基于survminer 包的surv_cutpoint()函數(shù)完成的,surv_cutpoint計(jì)算的統(tǒng)計(jì)量是基于maxstat包的maxstat.text函數(shù)計(jì)算出的Maximally selected rank statistics,通過(guò)這個(gè)R包,可以獲得直接用于文章中的最佳截?cái)嘀颠x取圖、生存差圖,以及分組信息。

1.????? 使用surv_cutpoint()函數(shù)找到最優(yōu)的cutoff值:

2.????? 生存差異分析:

3.????? 分組結(jié)果文件:

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