Alpha多樣性是指一個特定環(huán)境或生態(tài)系統(tǒng)內(nèi)的多樣性，主要用來反映物種豐富度和均勻度以及測序深度。Alpha多樣性主要關(guān)注局域均勻生境下的物種數(shù)目，因此也被稱為生境內(nèi)的多樣性（within-habitat diversity）。

Alpha多樣性主要通過Chao1、Observed species、Goods_coverage、shannon、Simpson和pielou-e等指數(shù)來反映豐富度和均勻性。

其中：

Chao1和observed_species主要是估計群落中包含物種的數(shù)目；

Goods _coverage是指微生物覆蓋率，其數(shù)值越高，則樣本中新物種沒有被測出的概率越低，該指數(shù)實際反映了本次測序結(jié)果是否代表樣本的真實情況；

Shannon指數(shù)來源于信息熵，Shannon指數(shù)越大，表示不確定性大。不確定性越大，表示這個群落中未知的因素越多，也就是多樣性高；

Simpson數(shù)值范圍在0-1之間，當群落里只有一種物種的時候，此時Simpson值最小為0，同時也是我們直觀理解的多樣性最小。當物種種類無限多（豐富度最高），并且每個物種數(shù)目都一致（均勻度最高）的時候，Simpson值為最大為1；

pielou-e指數(shù)即Shannon’s evenness，僅反映均勻度，數(shù)值越大，越均勻。