小編寫過有關(guān)基因名的坑的推文，總結(jié)了有關(guān)基因名的十大坑，見：。今天為大家推薦一款很不錯的基因名轉(zhuǎn)化在線服務(wù)器 – GeneToList

隨著高通量組學技術(shù)的日益流行，處理它們所產(chǎn)生的數(shù)據(jù)集變得越來越困難，因此需要借助于編程語言或者在線服務(wù)器，將一個數(shù)據(jù)庫中的基因名轉(zhuǎn)換成另一個數(shù)據(jù)庫中的基因名，例如：biomaRt，MyGene （http://mygene.info）和org.Hs.eg.db；DAVID在線服務(wù)器（https://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp），g:Convert（https://biit.cs.ut.ee/gprofiler）以及bioDBnet（https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php）。

然而，遇見別名，或者是廢棄的IDs時就不行了。因此作者使用Python Plotly Dash包開發(fā)了一個ID轉(zhuǎn)換網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器GeneToList

（https://www.genetolist.com/）。可以批量轉(zhuǎn)換，并且能夠處理別名，廢棄名字等情況。

GeneToList從NCBI中收集了超過3.4萬個物種的基因信息，支持的數(shù)據(jù)庫包括：NCBI Gene symbol，NCBI gene IDs（Entrez IDs），OMIM IDs，HGNC IDs，Ensembl IDs等。

1，基因別名

作者使用了10個基因名進行測試。

圖1. 建議功能

10個基因名中4個基因名完美匹配（綠色），5個是suggestion accepted，1個是自動接收建議，均可以匹配到響應(yīng)基因。

2，ID轉(zhuǎn)換

由于GeneToList具有suggestion功能，因此比其他轉(zhuǎn)換工具的轉(zhuǎn)換準確性更高。

圖2. 不同工具比較

3，測試

這里，我們以Ensembl數(shù)據(jù)庫ID為例。

1）打開GeneToList網(wǎng)站。

圖3. GeneToList網(wǎng)站

2）選擇物種

默認列了3個物種：人、小鼠、大鼠?？筛鶕?jù)自己的物種情況點擊“Other (select from >34,000 taxa!”，然后在下面輸入框中鍵入物種名或者taxaid進行搜索（帶有提示）。

圖4. 選擇物種

4，粘貼待轉(zhuǎn)換IDs

將待轉(zhuǎn)換的基因IDs粘貼到

圖5. 粘貼待轉(zhuǎn)換基因id

5，提交并下載結(jié)果

點擊“Start New List”后會在右側(cè)出現(xiàn)轉(zhuǎn)換結(jié)果，點擊“Save as CSV”即可下載結(jié)果。與其他數(shù)據(jù)庫相比，轉(zhuǎn)換結(jié)果包括非常多的列（主要是來自NCBI geneinfo數(shù)據(jù)庫），例如常見的GeneID，Description，基因類型等均有列出，極大地方便了我們對基因的研究。

圖6. 轉(zhuǎn)換結(jié)果

優(yōu)點：

1，物種眾多，超過3.4w種

2，帶基因名建議功能，可手工確定

3，輸出信息列較多

4，轉(zhuǎn)換效率高，準確

缺點：

1，ID類型較少，例如不支持affy探針

2，沒有外部數(shù)據(jù)庫的信息，例如GO數(shù)據(jù)庫，KEGG數(shù)據(jù)庫等。

然而，該網(wǎng)站是目前發(fā)現(xiàn)的比較好的在線基因名轉(zhuǎn)換網(wǎng)站，微生信強烈推薦給大家使用！

地址：https://www.genetolist.com/