在1999年，人們就已經(jīng)認(rèn)為大鱷龜屬中可能存在3個(gè)演化支系，最終由托馬斯等人的團(tuán)隊(duì)在2014年時(shí)，在同時(shí)依靠形態(tài)測(cè)量學(xué)、種族遺傳學(xué)以及化石等各方面的證據(jù)將這3個(gè)演化支系拆分為3個(gè)品種：

西部大鱷——普通大鱷龜（Macrochelys temminckii，分布于下面地圖上的西部綠色區(qū)域）

中部大鱷——阿帕拉契科拉河大鱷龜（Macrochelys apalachicolae sp，分布于下面地圖上的中部橙色區(qū)域）

東部大鱷——薩萬尼大鱷龜（Macrochelys suwanniensis sp，后來被音譯為蘇旺尼大鱷龜，分布于下面地圖上的東部藍(lán)色區(qū)域）

大鱷龜三個(gè)品種分布圖如下

可到了2015年，布萊恩·福爾特和克雷格·蓋耶證實(shí)了在2014年時(shí)將這3個(gè)演化支系分為3個(gè)不同的品種其實(shí)是不準(zhǔn)確的。由于原定的普通大鱷龜和阿帕拉契科拉河大鱷龜無論是外觀差異還是基因差異都太小了，因此這兩個(gè)演化支系不足以被認(rèn)定是兩個(gè)不同的物種從而被合并在了一起，而薩萬尼大鱷龜坐穩(wěn)了獨(dú)立種的位置（合并之后這兩個(gè)演化支系并沒有作為亞種保留，所以最多只能當(dāng)作同一種龜?shù)牟煌N群）。這種分類方式得到了眾多研究機(jī)構(gòu)的采信，成為了主流體系并沿用至今。所以直到目前為止，大鱷龜屬獲得承認(rèn)的獨(dú)立種只有兩個(gè)：普通大鱷龜和薩萬尼大鱷龜。

三個(gè)演化支系的背甲尾盾中間缺口形狀對(duì)比，最右為薩萬尼大鱷龜。

三個(gè)演化支系的頭骨鱗狀骨對(duì)比，最右為薩萬尼大鱷龜。