高分文章中的圖為什么都那么美觀(guān)？今天小云教你用代碼一鍵生成展示信息量大、圖形復(fù)雜且美觀(guān)的Circos圖。

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Circos圖是在基因組相關(guān)的分析結(jié)果展示中非常常見(jiàn)的一類(lèi)圖型。由于Circos圖中展示的信息量大，圖形復(fù)雜且美觀(guān)，很多高分文章中都會(huì)繪制類(lèi)似的圖形。今天我們來(lái)一步步解析下該圖形的內(nèi)容，Circos圖實(shí)際是將多個(gè)類(lèi)型的圖片，包括散點(diǎn)圖、直方圖、折線(xiàn)圖、熱圖等，經(jīng)過(guò)變形以后疊加顯示在染色體上。本質(zhì)上是多個(gè)圖形的組合。

本期我們將分享如何通過(guò)R包Circos來(lái)繪制這個(gè)基因組分布復(fù)雜圈圖，示例數(shù)據(jù)用的是R包內(nèi)置數(shù)據(jù)，如果大家要用自己的數(shù)據(jù)繪圖的話(huà)，可將自己的數(shù)據(jù)格式整理成和示例一致即可作圖。具體數(shù)據(jù)格式和每步出圖如下：

數(shù)據(jù)格式介紹：

RCircos.Gene.Label.Data：

# 第一列 染色體編號(hào)，需要與第一步導(dǎo)入的染色體數(shù)據(jù)一致;

# 第二列 基因在染色體片段起始位點(diǎn);

# 第三列 基因在染色體片段結(jié)束位點(diǎn);

# 第四列 基因名。

RCircos.Heatmap.Data：

# 這個(gè)數(shù)據(jù)集中是6個(gè)不同樣本的基因表達(dá)量數(shù)據(jù),

# 第一列 染色體編號(hào)，需要與第一步導(dǎo)入的染色體數(shù)據(jù)一致;

# 第二列 基因在染色體片段起始位點(diǎn);

# 第三列 基因在染色體片段結(jié)束位點(diǎn);

# 第四列 基因名;

# 第五列及以后 基因在不同樣本中的表達(dá)量

# 指定以第6列數(shù)據(jù)生成熱圖

RCircos.Scatter.Data：

# 拷貝數(shù)變異的數(shù)據(jù)第一列染色體編號(hào)；

# 第二列 突變位點(diǎn)在染色體片段起始位點(diǎn)；

# 第三列 突變位點(diǎn)在染色體片段結(jié)束位點(diǎn)；

# 第四列 突變位點(diǎn)拷貝數(shù)；

# 第五列 突變平均置信度

RCircos.Line.Data：格式與上述一致

RCircos.Histogram.Data：

# 這個(gè)數(shù)據(jù)集是染色體片段突變頻率的數(shù)據(jù)

# 第一列 染色體編號(hào)；

# 第二列 染色體片段起始位點(diǎn)；

# 第三列 染色體片段結(jié)束位點(diǎn)；

# 第四列 染色體片段突變頻率；

# 指定以第4列數(shù)據(jù)做為圖形中直方的縱坐標(biāo)

RCircos.Tile.Data：

# 第一列 染色體編號(hào)；

# 第二列 需要繪制的網(wǎng)格在染色體片段的起始位點(diǎn)；

# 第三列 需要繪制的網(wǎng)格在染色體片段的結(jié)束位點(diǎn)

# 指定圖形在第9個(gè)環(huán)形生成

如需代碼及示例數(shù)據(jù)等文件，請(qǐng)掃碼聊天框回復(fù) “B17”領(lǐng)??！