小果教你用blast批量比對(duì)蛋白核酸，不費(fèi)勁
爾云間? 一個(gè)專門(mén)做科研的團(tuán)隊(duì)
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接觸序列的小伙伴基本都會(huì)遇到比對(duì)問(wèn)題，比對(duì)的話基本就離不開(kāi)blast這個(gè)軟件了，但網(wǎng)頁(yè)的和本地的都只能做單個(gè)的比對(duì)，想要批量比對(duì)一般就要進(jìn)linux系統(tǒng)，使用命令行進(jìn)行操作，小果今天就給大家講一下如何使用命令行進(jìn)行blast比對(duì)。
要進(jìn)行比對(duì)的話就要先建立索引，建立索引的方法如下：
makeblastdb -in transcript.fa -input_type fasta -dbtype nucl?-parse_seqids -out transcript.fa
makeblastdb是建所以要用到的工具。-in這個(gè)參數(shù)后面要跟著輸入文件，相對(duì)的，-out后面要跟著輸出文件，這里輸入和輸出文件可以是同一個(gè)文件，-input_type是輸入文件的格式，這里是fasta格式。-dbtype nucl表示要建立核酸序列的索引，如果是要建立蛋白序列的索引，就要把nucl換成prot，這個(gè)一定要記得換哦，小果就曾經(jīng)因?yàn)橥藫Q折騰了一下午才反應(yīng)過(guò)來(lái)，可要命了。
運(yùn)行會(huì)顯示如下界面:
生成索引后會(huì)出現(xiàn)一堆文件:
如果是建蛋白索引，索引文件的后綴里的第一個(gè)n會(huì)變成p比對(duì)的話一個(gè)命令就行了
蛋白比對(duì)要使用blastp，要注意確保蛋白索引在場(chǎng)。
比對(duì)結(jié)果就是輸出文件，這里是RALF_seq.blast，結(jié)果主要看前三列，第一列是目標(biāo)序列，第二列是轉(zhuǎn)錄本或蛋白序列文件中比對(duì)到的序列ID，第三列是比對(duì)分?jǐn)?shù)，分?jǐn)?shù)越高說(shuō)明比對(duì)結(jié)果越好。
好了，這就是今天的主要內(nèi)容了，小伙伴們有什么問(wèn)題歡迎來(lái)和小果分享討論哦。
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