R腳本的傳參

2023-04-14 11:07 作者:小云愛生信 0人讀過 | 我要投稿

爾云間 ?一個(gè)專門做科研的團(tuán)隊(duì)

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今天小果為大家?guī)淼氖荝腳本的傳參。一個(gè)R腳本要在linux上運(yùn)行時(shí)不可避免的要使用到參數(shù)傳遞這一功能。坦率得講，R語言自帶的commandArgs()函數(shù)完全可以勝任大多數(shù)的參數(shù)傳遞任務(wù)，但是為了更方便觀察更推薦使用getopt包。

函數(shù)commandArgs()的使用：

例如，腳本文件名為foot.R, 可以這樣寫：

arg=commandArgs(T)
input1<-arg[1]
Input2<-arg[2]
...

函數(shù)中有一個(gè)布爾型參數(shù)TRUE，這個(gè)意思是讓函數(shù)可以將接收到的所有輸入依次存儲(chǔ)進(jìn)arg列表中。那么參數(shù)是如何傳入腳本的呢？

在使用commandArgs()函數(shù)時(shí)，參數(shù)是沒有名字的，只需：

Rscript ?foot.R ?1 ?2

即可將1與2傳入腳本，按照順序1將被存入arg[1]，2將被存入arg[2]那么如果檢驗(yàn)輸入?yún)?shù)的數(shù)目呢？可以這樣寫：

If(length(arg)!=2){
cat(“you shoudl in put 1. input2 2.input2”)
break
}

但是，這種寫法有兩個(gè)弊端：

一是如果你需要的是一個(gè)字符串1，那么很幸運(yùn)直接用就可以。但如果你需要的是一個(gè)數(shù)值型的1，那你是無法直接傳入的，需要在腳本中轉(zhuǎn)化才行，很不方便。

二是如果我輸入了，但是輸錯(cuò)了，你需要的是數(shù)字，但我輸入的是一個(gè)蘋果和一個(gè)栗子，函數(shù)會(huì)照單全收全部吃進(jìn)arg列表中，這也會(huì)帶來麻煩。所以，我們有一個(gè)單獨(dú)用來傳參的getopt包可以使用，更方便。

library(getopt)

首先創(chuàng)建一個(gè)列數(shù)為5的矩陣。第一列參數(shù)名；第二列參數(shù)名簡(jiǎn)寫；第三列0，1或2依次表示不接收變量，可以接收變量與必須接受變量；第四列為變量的類型又logical、integer、double、complex、character、numeric可供選擇；第5列為變量的說明。而矩陣的每一行就是一個(gè)參數(shù)。

spec <- matrix(
c("expr",? "e", 1, "character", "This is path of gene expr!",
"help",?? "h", 0, "logical",? "This is Help!"),
byrow=TRUE, ncol=5)
opt <- getopt(spec=spec)

這里的opt存儲(chǔ)了輸入的全部的參數(shù)，若要調(diào)用只需opt$參數(shù)名即可

if( !is.null(opt$help) || is.null(opt$expr) ){
cat(paste(getopt(spec=spec, usage = T), "\n"))
quit()
}

這一個(gè)檢驗(yàn)參數(shù)的步驟，如果想偷懶的話，藍(lán)字不用變，只要根據(jù)自己的參數(shù)數(shù)量對(duì)is.null部分進(jìn)行增改就可以。