群星之戰(zhàn)結束后，暮光公主決意和朋友們一起退隱，拒絕了繼續(xù)統(tǒng)治小馬國。轉而由白一所在的十二月黨為執(zhí)政黨建立新的小馬利亞公民代表大會執(zhí)政，并將國號改為小馬利亞聯(lián)邦共和國。雖是如此，但小馬利亞境內卻仍有右翼?；逝删芙^共和，力圖讓天角獸公主復位。一些極右翼?；逝沙蓡T控制了水晶帝國市，并在那里找到了風雪之心，且以武力脅迫前國防部部長銀甲閃閃支持他的女兒繼任小馬利亞皇位，但遭到銀甲閃閃拒絕。

為了確保小公主安全，暮光閃閃只身一馬前往由水晶帝國，試圖對他們曉以利害，共和乃是大勢所趨。然而卻遭到?；逝傻目垩汉土枞琛Ｔ谑盏饺鹑鸬锐R的求助之后，白一當即派遣軍隊重新控制了水晶帝國，解散?；庶h，救出了暮光閃閃和風雪之心以及前國防部部長銀甲閃閃。

可即使保皇黨已經被解散和取締，小馬利亞全境依然有許多?；视帱h打著公主的旗號反對共和并不斷發(fā)動叛亂。因此，十二月黨中占黨內多數(shù)的極左翼小馬們主張?zhí)帥Q所有公主，以平叛亂。許多地方的軍隊在十二月黨極左翼小馬們的煽動下開始蠢蠢欲動，準備捕殺還活著的四位天角獸（音韻已去了星族）。即使白一是十二月黨黨首，卻無能為力占黨內多數(shù)的極左翼分子，無法保護公主們的安全。

小馬利亞太空軍在群星之戰(zhàn)中，除第九艦隊外均已經被幻形靈太空軍全殲。而僅存的第九艦隊在艦隊司令明曦少將的率領下幾乎已經脫離了小馬利亞聯(lián)邦共和國中央的控制，儼然成為了一個獨立王國，只是名義上隸屬于小馬利亞聯(lián)邦共和國。在聽聞小馬利亞大地上到處都在搜捕公主時，明曦果斷宣布自己退出十二月黨，并派馬試圖將公主們接到星艦上，卻遭到由極左翼小馬們所控制新組建的三支小馬利亞太空軍艦隊遏制。

小馬利亞科學技術在余暉從人類世界帶來的科技成果的幫助下進一步發(fā)展的同時，在光年之外，人類世界和小馬世界兩個平行宇宙的接觸逐漸擴大，宇宙中出現(xiàn)了多個平行宇宙的通道。于此，小馬利亞平行宇宙和人類世界的平行宇宙之間聯(lián)系不僅僅局限于在兩個平行宇宙地球上的某些通道。在邪繭女王戰(zhàn)敗自殺，幻諾威爾被小馬利亞國防軍和反幻形靈盟軍攻克的前一天，出于向小馬，亞克，龍，獅鷲等復仇的心理，在一個神秘組織的幫助下告知人類小馬利亞所在地球準確的星系坐標，因此人類也徹底知曉了小馬利亞平行宇宙的存在。

美國國家安全顧問布熱津斯基在得知小馬利亞的存在之后，促成地球—艦隊聯(lián)合政府通過多項法案，試圖在小馬利亞平行宇宙躲過人類即將面臨的中子星危機（即“卡爾維拉”危機）。俄羅斯太空軍的“萊昂諾夫號事件”，使人類漸漸開始掠過并進入通道，進入第二平行宇宙（人類將自己的平行宇宙自詡為第一平行宇宙）。面對這些兩腳獸，小馬利亞聯(lián)邦共和國左派認為應當迎敵，保衛(wèi)家園，而少數(shù)小馬卻認為逃亡才是正理。因為他們已經敏銳意識到，小馬利亞的太空軍科技水平遠遠落后于他們的老師人類，根本無力抵抗。可是卻無法阻攔左派們一意孤行，白一最終孤注一擲派出小馬利亞所有新組建的太空軍行駛三百小馬年，前往五光年之外攔截人類并迎戰(zhàn)，最后卻只有兩艘恒星級戰(zhàn)艦逃了回來。

明曦少將率領的老第九艦隊拒絕參戰(zhàn)，他先派兩艘成功逃離的恒星級戰(zhàn)艦前往小馬利亞聯(lián)邦共和國迎接幾位公主和其他小馬們，之后便和這兩艘星艦一起以最大功率逃離小馬利亞所在太陽系。接著，明曦和第九艦隊的其他艦長一同組建了星艦小馬利亞，銀河紀年開始，銀河系小馬誕生。白一自知已經無法阻止人類的推進，便將所有的希望寄托在星艦小馬利亞上，將聯(lián)邦共和國（此時也可稱之為小馬利亞地球國際）所能控制的所有太空艦船都載滿了小馬，駛向星艦小馬利亞。然而，在人類占領小馬利亞所在地球之后，在金牛座旋臂追上了充滿難民的星艦小馬利亞。星艦小馬利亞的英雄們和百姓們，十不存一，或陣亡，或失蹤。只有三艘戰(zhàn)艦逃到了目標星系，戰(zhàn)斗異常慘烈，以至于星艦小馬利亞的幸存小馬們將這場戰(zhàn)役稱之為第二次末日之戰(zhàn)（第一次末日之戰(zhàn)是小馬利亞地球國際被人類覆滅之時）。

新任星艦小馬利亞總裁蘭開斯特上校在抵達目標星系后，和自己的伴侶索寧一起率領其他幸存小馬，努力建設新世界。然而，在一次偶然的地質探險中，星光熠熠和石灰派卻偶然發(fā)現(xiàn)這個星系上竟然有更多的平行宇宙同道。這被隨艦科學家認為可能是高維平行宇宙的入口，不光有可能通向人類所在的平行宇宙，也有可能通往其他不同維度的平行宇宙。

為了防止再失去更多的小馬們，蘭開斯特發(fā)布總裁令，嚴明禁止任何小馬進入通道，同時派出太空軍陸戰(zhàn)隊嚴密看守通道入口。

但是，蘭開斯特和索寧的小女兒，卻違背了父母的命令。她借助總裁女兒的身份，騙過了看守通道的士兵，和茉蕊兒，星夢，太空軍艦隊武器發(fā)射系統(tǒng)執(zhí)行官瑩風上校，明曦的姐姐明玥一同進入了通道……

在得知女兒和部分星艦小馬利亞要員冒險進入通道之后，索寧和蘭開斯特對自己女兒和其他小馬的安全憂心如焚，不得不和其他一些精英小馬們組成調研團隊，一起進入通道。不曾想卻遇到了他們意想不到的事情，看到了他們意想不到的景象……

——詳見《歲月成碑》（番外終章導讀）