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CUT&Tag技術(shù):研究組蛋白乳酸化修飾調(diào)控心肌梗死后修復(fù)機(jī)制

2022-12-07 14:45 作者:上海歐易生物  | 我要投稿


心梗,也稱心肌梗死,也就是給心臟供血的血管被血栓堵死從而導(dǎo)致心肌缺血、壞死。心肌梗死已經(jīng)是人類心血管疾病中的“頭號殺手”, 往往在短時(shí)間內(nèi)對人體造成巨大的傷害,上至八九十歲,下至二十歲都有可能發(fā)病。

有研究表明,單核細(xì)胞-巨噬細(xì)胞中修復(fù)信號的早期激活對于及時(shí)恢復(fù)免疫穩(wěn)態(tài)和心梗后修復(fù)過程的啟動至關(guān)重要。然而,目前尚不清楚在心梗的早期炎癥階段,骨髓(BM)和循環(huán)單核細(xì)胞是否在心臟募集前被預(yù)先教育以啟動修復(fù)性轉(zhuǎn)錄反應(yīng)。此外,參與外周血單核細(xì)胞早期遠(yuǎn)程修復(fù)基因激活的機(jī)制和分子線索仍有待完全闡明。


組蛋白乳酸化最早報(bào)道于2019年,通過在組蛋白賴氨酸殘基上添加乳酰基來調(diào)節(jié)組蛋白,并促進(jìn)特定的基因轉(zhuǎn)錄。研究發(fā)現(xiàn)組蛋白乳酸化在腸道炎癥、敗血癥、肺纖維化和其他免疫相關(guān)病理?xiàng)l件中的調(diào)節(jié)作用。那么在心肌梗死中組蛋白乳酸化又具有什么作用呢?


近日,哈爾濱醫(yī)科大學(xué)附屬第二醫(yī)院心內(nèi)科于波、張毛毛、吳健教授課題組在Circulation Research (IF=23.213)上在線發(fā)表了題為“Histone Lactylation Boosts Reparative Gene Activation Post Myocardial Infarction”的研究論文,研究揭示組蛋白乳酸化可通過促進(jìn)修復(fù)基因的轉(zhuǎn)錄來調(diào)節(jié)單核-巨噬細(xì)胞的抗炎和血管生成的雙重活性,促進(jìn)單核細(xì)胞修復(fù)轉(zhuǎn)錄的早期遠(yuǎn)程激活。對心肌梗死后免疫穩(wěn)態(tài)的建立、修復(fù)環(huán)境的形成和改善心肌梗死后的心臟功能以及及時(shí)激活心臟修復(fù)過程起到了重要作用。



研究結(jié)果


1.心臟復(fù)張前骨髓和循環(huán)單核細(xì)胞中修復(fù)基因的早期和遠(yuǎn)程激活

分析不同時(shí)間點(diǎn)的心肌梗死小鼠的骨髓和循環(huán)單核細(xì)胞的單細(xì)胞RNA-seq測序數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)細(xì)胞大致被定義為5個大的類群,7個組(圖1A-1C)。GO分析顯示單核細(xì)胞除了上調(diào)和放大心肌梗死后的炎癥反應(yīng)外,還迅速啟動修復(fù)過程,包括對血管生成和傷口愈合的反應(yīng)(圖1D)。同時(shí)會啟動一系列經(jīng)典修復(fù)基因的表達(dá),包括心肌梗死后早期的Anxa6、F10、Lrg1和Tgfbi(圖1E)。心梗后單核細(xì)胞發(fā)育過程的擬時(shí)序分析表明,BM和循環(huán)單核細(xì)胞中的修復(fù)基因早期激活,并隨著時(shí)間的推移逐漸積累(圖1F和1G)。對假手術(shù)或第1天心肌梗死小鼠的循環(huán)單核細(xì)胞的RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,鑒定了心肌梗死后650個上調(diào)基因和203個下調(diào)基因,這表明循環(huán)單核細(xì)胞在到達(dá)受損心臟之前經(jīng)歷了早期和不同的轉(zhuǎn)錄組學(xué)變化(圖1H)。GO富集分析證實(shí),修復(fù)基因的表達(dá),包括參與血管系統(tǒng)發(fā)育、傷口愈合和細(xì)胞外基質(zhì)組織的基因,被廣泛和遠(yuǎn)程激活(圖1I)。在基于MCC方法的網(wǎng)絡(luò)中具有最高優(yōu)先級的10個基因中,修復(fù)基因Vegf-a和IL-10被鑒定為心梗后早期修復(fù)網(wǎng)絡(luò)中的潛在中樞基因(圖1J)。上述這些結(jié)果顯示單核細(xì)胞在轉(zhuǎn)錄水平上修復(fù)活性會及時(shí)啟動,并通過炎癥和修復(fù)基因的早期精細(xì)調(diào)節(jié)實(shí)現(xiàn)對免疫環(huán)境的動態(tài)調(diào)節(jié)。



2. 心肌梗死后骨髓和循環(huán)單核細(xì)胞中的組蛋白乳酸化迅速升高

為了探討乳糖基化在心肌梗死后單核細(xì)胞修復(fù)基因的早期和遠(yuǎn)程激活中的作用,作者檢測了心肌梗死早期骨髓細(xì)胞和循環(huán)單核細(xì)胞以及心臟浸潤巨噬細(xì)胞中乳糖基的變化。Western印跡分析顯示,與對照小鼠相比,心梗小鼠的骨髓細(xì)胞和循環(huán)單核細(xì)胞中的總?cè)樗峄斤@著升高,并且在17kDa附近出現(xiàn)了一條主要的帶,這可能代表組蛋白H3(圖2A和2B)。免疫印跡實(shí)驗(yàn)顯示在小鼠心梗后4-24小時(shí)內(nèi),不同時(shí)間點(diǎn)的單核細(xì)胞乳糖基化水平顯著上調(diào),并在72小時(shí)前保持高水平的乳糖基化。相反,乙酰化水平在早期增加,并在MI后72小時(shí)內(nèi)迅速下降至基線水平(圖2C至2F)。作者檢測了先前鑒定的組蛋白H3K18乳酸化(H3K18la)的水平,其顯示出與總體乳酸化水平相似的趨勢(圖2G至2J)。且H3K18la水平維持在高水平達(dá)7天,并在心梗后14天恢復(fù)到基線水平。與此一致,心梗后3天梗死心臟的免疫熒光染色顯示,整體乳糖基化和H3K18la水平顯著升高,激光共聚焦圖像顯示乳糖基在梗死區(qū)域巨噬細(xì)胞的細(xì)胞核中定位(圖2K和2L)。

這些數(shù)據(jù)表明,心肌梗死后梗死心臟局部和遠(yuǎn)端外圍的單核細(xì)胞巨噬細(xì)胞表現(xiàn)出組蛋白乳酸化增加。



3.組蛋白乳酸化促進(jìn)心肌梗死后修復(fù)基因Lrg1、Vegf-a和IL-10的激活


為了篩選心梗中組蛋白乳酸化的候選靶基因,研究者使用H3K18la或抗H3K18la抗體對心梗后24小時(shí)的假手術(shù)小鼠和心梗小鼠中分選的循環(huán)單核細(xì)胞進(jìn)行CUT&Tag測定。數(shù)據(jù)顯示,H3K18la在基因的啟動子區(qū)和上游區(qū)富集(圖3A)。H3K17la修飾相關(guān)基因與心梗后的H3K18 ac顯著不同。這些基因中只有14%(4168個基因中的566個)顯示H3K18la和H3K118ac顯著增加,而63%的H3K19la標(biāo)記基因未顯示H3K18ac的明顯增加(圖3B和3C)。

此外,基因集富集分析表明,H3K18la結(jié)合的基因在很大程度上與血管生成和傷口愈合有關(guān)(圖3D)。為了鑒定心梗后單核細(xì)胞中H3K18la的靶基因,作者結(jié)合CUT&TagRNA-seq數(shù)據(jù),根據(jù)基因的表達(dá)和H3K118la修飾將基因分為4類:上調(diào)基因有或無差異H3K17la,下調(diào)基因有或沒有差異H3K18la(圖3E)。通過對兩類H3K18la修飾基因的從頭基序搜索,作者發(fā)現(xiàn)H3K118la的上調(diào)和下調(diào)基因具有不同的富集DNA序列(圖3F)。GO分析顯示,心梗期間H3K18la修飾增加的上調(diào)基因參與血管生成的正調(diào)控(圖3G)。

RNAseq數(shù)據(jù)的熱圖地表明,參與血管生成過程的許多代表性基因(如Vegf-a、Lrg1和IL-10,它們也是H3K18la修飾升高的基因)在心梗后顯著上調(diào)(圖3H)。篩選具有上調(diào)的H3K18la修飾的前30個基因,并根據(jù)轉(zhuǎn)錄上調(diào)進(jìn)行排序;Lrg1是最顯著上調(diào)的(圖3I)。因此,作者將Vegf-a、IL-10和Lrg1作為乳糖基化的潛在靶基因(圖3J)。RT-qPCR和ChIP-qPCR分析表明Vegf-a、IL-10和Lrg1啟動子區(qū)中的表達(dá)增加和H3K18la富集相關(guān)(圖3K和3L)。



4. H3K18la調(diào)節(jié)巨噬細(xì)胞靶基因的轉(zhuǎn)錄和修復(fù)活性

為了研究H3K18la對修復(fù)基因表達(dá)的直接影響,作者通過添加外源乳酸鹽或乳酸脫氫酶抑制劑FX-11處理細(xì)胞來控制骨髓源性巨噬細(xì)胞(BMDMs)中的組蛋白乳酸化水平。用脂多糖(LPS)刺激BMDMs導(dǎo)致H3K18la水平升高(圖4A)。添加外源性乳酸鹽后,細(xì)胞內(nèi)乳酸鹽水平和組蛋白H3K18la水平升高(圖4B和4C)。ChIP qPCR表明靶基因啟動子區(qū)H3K18la富集增加,RT-qPCR結(jié)果證實(shí)了乳酸處理后靶基因表達(dá)上調(diào)(圖4D和4E)。同時(shí),F(xiàn)X-11顯著抑制BMDM中的細(xì)胞內(nèi)乳酸和H3K18la水平(圖4F和4G)。ChIP qPCR和RT-qPCR表明FX-11治療后H3K18la強(qiáng)度和靶基因表達(dá)降低(圖4H和4I)。


乳酸鹽處理組的促炎M1巨噬細(xì)胞的百分比顯著降低,而FX-11處理組促炎M1巨噬細(xì)胞的百分比則升高(圖4J和4K)。用乳酸鹽處理的BMDMs的條件培養(yǎng)基與小鼠主動脈內(nèi)皮細(xì)胞增殖增加(圖4L)并且遷移到小室或傷口區(qū)域(圖4M和4N)以及形成更有組織的分支和更長的管長度(圖4O)有關(guān),表明H3K18la升高的單核細(xì)胞具有增強(qiáng)的內(nèi)皮細(xì)胞管形成能力??傊?,這些數(shù)據(jù)表明H3K18la促進(jìn)Lrg1、Vegf-a和IL-10的轉(zhuǎn)錄,并改善BMDM的抗炎和促血管生成雙重修復(fù)活性。



5.組蛋白乳酸化升高有利于修復(fù)環(huán)境并改善心肌梗死后的心臟功能

圖5A顯示了乳酸鈉治療心梗小鼠的實(shí)驗(yàn)方案。循環(huán)單核細(xì)胞和浸潤巨噬細(xì)胞中的H3K18la水平顯著升高(圖5B和5C),乳酸鈉處理的小鼠中Lrg1、Vegf-a和IL-10的mRNA水平升高(圖6D)。乳酸鈉治療后H3K18la的增加抑制了炎性細(xì)胞因子IL-6和TNF-α(腫瘤壞死因子)的表達(dá)(圖5E)。升高的H3K18la抑制Ly6Chi炎性巨噬細(xì)胞和中性粒細(xì)胞浸潤(圖5F和5G)。蘇木精和伊紅染色證實(shí),H3K18la增加導(dǎo)致炎性細(xì)胞浸潤減少(圖5H)。CD31和α-SMA(α-平滑肌肌動蛋白)的免疫熒光染色表明,乳酸鈉誘導(dǎo)的H3K18la增加促進(jìn)了MI后的血管生成(圖5I,5J)。Masson三色染色顯示,乳酸鈉誘導(dǎo)的H3K18la增加抑制了過度的心肌纖維化和病理性心臟重塑(圖5K)。與對照組相比,H3K18la的增加改善了心梗后的射血分?jǐn)?shù)和縮短分?jǐn)?shù),表明H3K18la除了其抗炎和促血管生成作用外,還改善了心梗后的心臟功能障礙(圖5L至5N)。

總之,這些結(jié)果表明,心肌梗死后早期單核細(xì)胞巨噬細(xì)胞的組蛋白乳酸化增強(qiáng)有利于修復(fù)環(huán)境,有助于改善心肌梗死后的心臟功能。



6.心肌梗死后循環(huán)單核細(xì)胞內(nèi)源性糖酵解重編程部分增加H3K18la的水平

研究表明,巨噬細(xì)胞糖酵解通過提供乳酸作為底物來調(diào)節(jié)組蛋白乳酸化。然而,心肌復(fù)張前單核細(xì)胞的代謝轉(zhuǎn)變及其在心肌梗死后調(diào)節(jié)乳糖化水平中的作用仍不清楚。因此,本文研究結(jié)果表明心肌梗死小鼠單核細(xì)胞糖酵代謝能力提高,基礎(chǔ)氧化磷酸化和備用呼吸能力降低,最大呼吸強(qiáng)烈降低,這意味著外周單核細(xì)胞更強(qiáng)烈地依賴于糖酵解,而不是心梗后的氧化代謝(圖6A至6D)。這些數(shù)據(jù)表明,單核細(xì)胞在MI后經(jīng)歷代謝重編程,這可能對依賴糖酵解的組蛋白乳酸化至關(guān)重要。


為了驗(yàn)證細(xì)胞內(nèi)代謝模式和細(xì)胞外代謝產(chǎn)物對乳酰化和乳?;嚓P(guān)基因表達(dá)的調(diào)節(jié),作者使用二氯乙酸鈉(DCA,丙酮酸脫氫酶激酶抑制劑)和魚藤酮(線粒體呼吸鏈復(fù)合物I的抑制劑)調(diào)節(jié)參與糖酵解途徑和線粒體呼吸鏈的關(guān)鍵酶的活性(圖6E)。用魚藤酮處理24小時(shí)后,BMDM中的細(xì)胞內(nèi)乳酸和H3K18la水平顯著升高,而在乳酸脫氫酶抑制劑FX-11的存在下則降低(圖6F和6G)。


ChIP-qPCR和RT qPCR結(jié)果表明,魚藤酮顯著增加了乳?;揎椇腿轷;谢騆rg1、Vegf-a和IL-10的表達(dá)(圖6H和6I)。相反,DCA處理后,BMDMs的細(xì)胞內(nèi)乳酸和H3K18la水平降低。向DCA處理的細(xì)胞中重新添加乳酸鹽成功地恢復(fù)了細(xì)胞內(nèi)乳酸鹽、組蛋白乳酸化水平和H3K18la修飾基因的表達(dá)(圖6J至6M)。為了進(jìn)一步驗(yàn)證細(xì)胞外乳酸鹽在組蛋白乳酸化中的作用,使用了乳酸鹽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白MCT1(單羧酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白1)抑制劑AZD-3965。外源乳酸鹽的添加顯著增加了BMDM中的組蛋白乳化水平和靶基因表達(dá),而MCT1抑制顯著抑制了外源乳酸鹽、,這表明細(xì)胞外環(huán)境中的乳酸鹽需要至少部分通過MCT1運(yùn)輸?shù)郊?xì)胞中,然后才能參與乳酸化(圖6N至6P)。



研究結(jié)論


本研究首先確了心肌梗死后小鼠的骨髓和循環(huán)單核細(xì)胞中的修復(fù)基因早期激活,而且發(fā)現(xiàn)兩種細(xì)胞中的組蛋白乳酸化會迅速升高,而組蛋白乳酸化的升高促進(jìn)心肌梗死后修復(fù)基因如Lrg1、Vegf-a和IL-10的激活。證明了H3K18la調(diào)節(jié)巨噬細(xì)胞靶基因的轉(zhuǎn)錄和修復(fù)活性,組蛋白乳酸化升高有利于修復(fù)環(huán)境并改善心肌梗死后的心臟功能,還證明了心肌梗死后循環(huán)單核細(xì)胞的H3K18la的水平增加部分是由內(nèi)源性糖酵解重編程導(dǎo)致的。


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