“自下而上”是一種蛋白質(zhì)質(zhì)譜分析策略，“自下而上”策略中質(zhì)譜儀不直接檢測(cè)大分子蛋白質(zhì)，而是檢測(cè)蛋白質(zhì)酶解消化得到的小分子肽段，再通過(guò)肽段的信息推導(dǎo)整個(gè)蛋白質(zhì)的相關(guān)信息。簡(jiǎn)而言之，就是通過(guò)小分子肽段研究完整蛋白質(zhì)，是一種從部分到整體的分析方法。

代謝組是生物體生命活動(dòng)過(guò)程中產(chǎn)生的所有小分子內(nèi)源代謝物的集合，包括一些生物大分子的前體和降解產(chǎn)物，其分子質(zhì)量通常在1000Da之內(nèi)，如氨基酸、糖類、有機(jī)酸、脂質(zhì)、維生素、核苷、核苷酸、輔因子、乳酸、乙醇和抗生素等。由于代謝物通常不會(huì)繼續(xù)分解或者降解后變成性質(zhì)和結(jié)構(gòu)不相同另外的一種或多種物質(zhì)，所以進(jìn)行代謝組質(zhì)譜分析時(shí)直接檢測(cè)代謝物，而不適合利用“自下而上”的策略。