【生信日?qǐng)?bào)】又更新啦?~

今天小記者帶來(lái)的是個(gè)新話題“臨床公共數(shù)據(jù)挖掘”

如果經(jīng)常關(guān)注最新文章，對(duì)科研發(fā)文趨勢(shì)比較敏感的話，你可能已經(jīng)察覺(jué)到了“臨床公共數(shù)據(jù)挖掘”的文章數(shù)據(jù)正在迅速增長(zhǎng)，掀起了一股發(fā)文熱潮（ps：沒(méi)有察覺(jué)到的小伙伴也不用擔(dān)心，只要每天來(lái)【生信日?qǐng)?bào)】這看看就可以啦，小記者會(huì)及時(shí)追蹤跟進(jìn)最近科研熱點(diǎn)和發(fā)文趨勢(shì)的）

那 “臨床公共數(shù)據(jù)挖掘”為什么火起來(lái)了呢？小記者認(rèn)為它是生信內(nèi)卷的一個(gè)強(qiáng)有力的突破口，只需要做純數(shù)據(jù)挖掘，不用加實(shí)驗(yàn)，還容易發(fā)高分。生信卷不動(dòng)了或者沒(méi)條件去卷了，那我們就換個(gè)競(jìng)爭(zhēng)小的跑道，利用臨床數(shù)據(jù)挖掘來(lái)實(shí)現(xiàn)換道超車！（ps：對(duì)這個(gè)問(wèn)題有不同意見(jiàn)的小伙伴歡迎在文末留言，與小記者和各位同道在線討論哦）

既然熱潮又起，我們就不能袖手旁觀，并且要做盡早上車的那波人，因?yàn)橹挥性缟宪嚥拍芟硎艿浆F(xiàn)在低投入高回報(bào)的發(fā)文紅利，該懂得都懂了吧

要開(kāi)展此類課題，第一步就是獲得公共數(shù)據(jù)，從哪里獲得呢？必須是公共數(shù)據(jù)庫(kù)呀！所以本期內(nèi)容小記者就給小伙們整理了文章常用的6大【臨床公共數(shù)據(jù)庫(kù)】，有需要的朋友快收藏吧！

p?SEER數(shù)據(jù)庫(kù)

n?數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介：SEER數(shù)據(jù)庫(kù)（Surveillance, Epidemiology, and End Results Program），是美國(guó)國(guó)家癌癥研究所監(jiān)測(cè)，流行病學(xué)和最終結(jié)果數(shù)據(jù)庫(kù)，是臨床常用的公共數(shù)據(jù)庫(kù)之一。它收錄了大量的臨床腫瘤回顧性研究資料，涵蓋了9大類部位腫瘤（乳腺腫瘤、結(jié)腸與直腸腫瘤、其他消化系統(tǒng)腫瘤、女性生殖系統(tǒng)腫瘤、淋巴系統(tǒng)腫瘤與血液系統(tǒng)腫瘤、男性生殖腫瘤、呼吸系統(tǒng)腫瘤、泌尿系統(tǒng)腫瘤及其他尚未確定的類型），數(shù)據(jù)記錄中包括患者的注冊(cè)編號(hào)、個(gè)人信息、原發(fā)病灶部位、腫瘤尺寸、腫瘤編碼、治療方案、死亡原因等信息。數(shù)據(jù)獲取便捷、公開(kāi)免費(fèi)（部分?jǐn)?shù)據(jù)需獲得權(quán)限后才可下載），因而以SEER數(shù)據(jù)庫(kù)為數(shù)據(jù)來(lái)源的SCI文章正逐年增長(zhǎng)。數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址為：https://seer.cancer.gov/SEER?

n?文獻(xiàn)應(yīng)用示例：?????

p?NHANES數(shù)據(jù)庫(kù)

n?數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介：國(guó)家健康與營(yíng)養(yǎng)調(diào)查（National Health And Nutrition Examination Survey，NHANES），是美國(guó)疾病控制和預(yù)防中心（CDC）旨在評(píng)估美國(guó)成人和兒童的健康和營(yíng)養(yǎng)狀況進(jìn)而執(zhí)行的一項(xiàng)基于人群的橫斷面調(diào)查研究計(jì)劃。項(xiàng)目每年調(diào)查約5000人的全國(guó)代表性樣本，收集了人群中慢性病患病率的數(shù)據(jù)，同時(shí)調(diào)查風(fēng)險(xiǎn)因素（即一個(gè)人的生活方式、體質(zhì)、遺傳、環(huán)境中可能增加患病機(jī)會(huì)的因素）。研究的疾病和健康指標(biāo)包括：貧血、心血管疾病、糖尿病、環(huán)境暴露眼疾、聽(tīng)力損失、傳染性疾病、腎臟疾病、營(yíng)養(yǎng)、肥胖、口腔健康、骨質(zhì)疏松、生育史和性行為、呼吸系統(tǒng)疾病、性病、視力等，研究結(jié)果可用于確定慢性疾病的患病率和危險(xiǎn)因素，便于研究者開(kāi)展流行病學(xué)研究，并為政府公共衛(wèi)生政策和衛(wèi)生服務(wù)計(jì)劃的制定提供依據(jù)。數(shù)據(jù)庫(kù)每?jī)赡赀M(jìn)行一次調(diào)查，兩年稱為一個(gè)cycle year。網(wǎng)址為：http://www.cdc.gov/nchs/nhanes/index.htm???

n?文獻(xiàn)應(yīng)用示例

p?UK biobank數(shù)據(jù)庫(kù)

n?數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介：UK Biobank（英國(guó)生物銀行）是一個(gè)大型生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)和研究資源，也是目前世界上規(guī)模最大的人類遺傳隊(duì)列樣本庫(kù)。它收集了2006年至2010年英國(guó)各地約50萬(wàn)人的遺傳、身體和健康數(shù)據(jù)，涵蓋了豐富的基本結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)、高通量的基因組學(xué)遺傳數(shù)據(jù)和多模態(tài)影像數(shù)據(jù)，覆蓋了各個(gè)年齡段、性別、地理區(qū)域和種族。數(shù)據(jù)包含了各種重大疾病，如各種癌癥、心血管疾病、中風(fēng)、癡呆、糖尿病、關(guān)節(jié)炎、骨質(zhì)疏松、眼部疾病、抑郁等，旨在研究遺傳因素、環(huán)境因素、生活習(xí)慣等與人類重大疾病的關(guān)聯(lián)。數(shù)據(jù)庫(kù)申請(qǐng)?jiān)S可后可以開(kāi)放使用，目前已經(jīng)很多人利用該數(shù)據(jù)庫(kù)產(chǎn)出孟德?tīng)栯S機(jī)研究的高質(zhì)量文章。網(wǎng)址：https://www.ukbiobank.ac.uk/??

n?文獻(xiàn)應(yīng)用示例

針對(duì)以上3個(gè)最常用的臨床公共數(shù)據(jù)庫(kù)，我們來(lái)淺淺對(duì)比下~

（對(duì)比信息來(lái)源：chatGPT）

p?CHARLS數(shù)據(jù)庫(kù)

n?數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介：中國(guó)健康與養(yǎng)老追蹤調(diào)查（China Health and Retirement Longitudinal Survey, CHARLS）是由北大國(guó)發(fā)院主持、北大中國(guó)社會(huì)科學(xué)調(diào)查中心與北大團(tuán)委共同執(zhí)行的大型跨學(xué)科縱向調(diào)查項(xiàng)目，旨在收集一套代表中國(guó)45歲及以上中老年人家庭和個(gè)人的高質(zhì)量微觀數(shù)據(jù)，CHARLS問(wèn)卷內(nèi)容包括：個(gè)人基本信息，家庭結(jié)構(gòu)和經(jīng)濟(jì)支持，健康狀況，體格測(cè)量，醫(yī)療服務(wù)利用和醫(yī)療保險(xiǎn)，工作、退休和養(yǎng)老金、收入、消費(fèi)、資產(chǎn)，以及社區(qū)基本情況等。用以分析我國(guó)人口老齡化問(wèn)題，推動(dòng)老齡化問(wèn)題的跨學(xué)科研究，為制定和完善我國(guó)相關(guān)政策提供更加科學(xué)的基礎(chǔ)。CHARLS全國(guó)基線調(diào)查于2011年開(kāi)展，覆蓋150個(gè)縣級(jí)單位，450個(gè)村級(jí)單位，約1萬(wàn)戶家庭中的1.7萬(wàn)人。這些樣本以后每?jī)傻饺曜粉櫼淮?，調(diào)查結(jié)束一年后，數(shù)據(jù)將對(duì)學(xué)術(shù)界公開(kāi)，目前已有4期數(shù)據(jù)2011（wave 1）、2013（wave2）、2015（wave 3）以及2018（wave 4）。網(wǎng)址：http://charls.pku.edu.cn/?

n?文獻(xiàn)應(yīng)用示例

p?MIMIC數(shù)據(jù)庫(kù)

n?數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介：MIMIC重癥系列主要包括MIMIC-II，MIMIC-III，MIMIC-IV數(shù)據(jù)庫(kù)等。其中，使用較多的是MIMIC-III數(shù)據(jù)庫(kù)，由麻省理工學(xué)院開(kāi)發(fā)，數(shù)據(jù)來(lái)自波士頓?BIDMC(Beth Israel Deaconess Medical Center，貝斯以色列女執(zhí)事醫(yī)療中心)的 ICU 患者（包括內(nèi)外科 ICU、CCU、心臟術(shù)后監(jiān)護(hù) CSRU 和創(chuàng)傷術(shù)后監(jiān)護(hù) TSICU，囊括了從 2001 年到 2012 年 53423 例次的住院病人信息。MIMIC 記錄了患者的生命體征、化驗(yàn)檢查、治療用藥等臨床數(shù)據(jù)（波形數(shù)據(jù)在另外單獨(dú)的數(shù)據(jù)庫(kù)中），它雖然只是?ICU 數(shù)據(jù)，但也是目前對(duì)全球研究者免費(fèi)開(kāi)放的最好的院內(nèi)治療及監(jiān)測(cè)的真實(shí)世界數(shù)據(jù)庫(kù)，資源非常豐富，既可以用傳統(tǒng)的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法研究治療與預(yù)后的關(guān)系，也可以用數(shù)據(jù)挖掘和機(jī)器學(xué)習(xí)算法進(jìn)行相應(yīng)課題的研究https://mimic.mit.edu/?

n?文獻(xiàn)應(yīng)用示例：。

p?eICU-CRD數(shù)據(jù)庫(kù)

n?數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介：eICU合作研究數(shù)據(jù)庫(kù)（eICU-CRD）是由飛利浦集團(tuán)與麻省理工學(xué)院計(jì)算生理學(xué)實(shí)驗(yàn)室（LCP ）合作創(chuàng)建的大型公共數(shù)據(jù)庫(kù)，是從美國(guó)境內(nèi)的大量醫(yī)院收集的完全獨(dú)立的數(shù)據(jù)集。eICU-CRD的發(fā)布旨在 MIMIC-Ⅲ成功建立的基礎(chǔ)之上，通過(guò)從多個(gè)中心提供數(shù)據(jù)來(lái)擴(kuò)大研究范圍。該數(shù)據(jù)庫(kù)由來(lái)自美國(guó)?大陸的許多重癥監(jiān)護(hù)病房的數(shù)據(jù)組成，目前的版 本是v2.0，于2018年5月17日發(fā)布，涵蓋了2014年和2015年入住重癥監(jiān)護(hù)病房的200000多例患者的常規(guī)數(shù)據(jù)，收集了大量高質(zhì)量的臨床信息，包括生命體征，護(hù)理計(jì)劃文件，疾病嚴(yán)重程度，診斷信息，治療信息等。數(shù)據(jù)的免費(fèi)可用性將支持許多應(yīng)用，包括機(jī)器學(xué)習(xí)算法，決策支持工具和臨床研究的開(kāi)發(fā)等。網(wǎng)址：https://eicu-crd.mit.edu/??

n?文獻(xiàn)應(yīng)用示例

小云話生信

本次數(shù)據(jù)庫(kù)分享就到這里了，想做臨床公共數(shù)據(jù)挖掘方向的小伙伴可以嘗試使用一下這些數(shù)據(jù)庫(kù)哦，有問(wèn)題也可以在留言區(qū)與小記者討論溝通！【生信日?qǐng)?bào)】可以提供特色數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建、免費(fèi)思路評(píng)估、付費(fèi)生信分析和方案設(shè)計(jì)以及實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目實(shí)施等服務(wù)，對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建和生信分析感興趣的朋友可以咨詢小記者哦！