自下而上蛋白質(zhì)組學(xué)策略是一種將蛋白質(zhì)/酶的大片段混合物分解成小片段肽以進(jìn)行分析的傳統(tǒng)蛋白質(zhì)組學(xué)分析策略。廣泛應(yīng)用于蛋白質(zhì)組學(xué)研究的質(zhì)譜技術(shù)。

自中而下蛋白質(zhì)組學(xué)策略使用不同的酶來獲得較長的肽。它可以分析和識別較長的肽鏈上同時發(fā)生的幾種翻譯后修飾。與自下而上的方法相比，它可以分析的肽的長度范圍更大。

自上而下的蛋白質(zhì)組學(xué)策略不需要酶水解的過程，而是直接分析完整的蛋白質(zhì)。該技術(shù)可以提供更準(zhǔn)確和更豐富的完整蛋白質(zhì)的生物學(xué)信息。

自下而上

1. 將蛋白質(zhì)水解成肽段；

2. 成熟的蛋白質(zhì)定量方法；

3. 通量更高；

4. 自然信息丟失導(dǎo)致無法識別蛋白質(zhì)變異；

5. 無法正確分析PTMs之間的關(guān)系。

自中而下

1. 該法針對通過有限的蛋白質(zhì)酶解產(chǎn)生的分子量為5-20kDa的多肽；

2. 可分析并鑒定較長多肽鏈上同時存在的幾種翻譯后修飾。與自下而上法相比，該法可分析更長的肽段。；

3. 組蛋白翻譯后修飾鑒定。

自上而下

1. 無需化學(xué)消化或酶水解；

2. 100%序列覆蓋率，可獲得蛋白質(zhì)的完整形態(tài)特征；

3. 整個蛋白質(zhì)通過質(zhì)譜分析，可獲得最佳PTM特征；

4. 通量較低。