一 RoseTTAFold簡介

官方介紹：RoseTTAFold能夠解決具有挑戰(zhàn)性的X射線晶體學(xué)和低溫電鏡建模問題，在缺乏實驗確定的結(jié)構(gòu)的情況下提供對蛋白質(zhì)功能的洞察力，并迅速生成準(zhǔn)確的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)復(fù)合體模型。用另一種方式來說，就是可以更精確的描繪復(fù)合物模型，從而加速了藥物開發(fā)。
二 調(diào)用

首先，介紹一下迷你服務(wù)器的linux配置吧
一張3060Ti的顯卡，?二十核心的CPU，系統(tǒng)是ubuntu-server20.04。顯卡的信息如下：

奇怪的是這里顯示的cuda版本是11.7，然而當(dāng)我安裝新版本的pytorch時卻顯示我的cuda版本是10.2。所以我接下來的安裝都是以10.2作為參考進(jìn)行后續(xù)的安裝。pytorch安裝的網(wǎng)址：

所以，當(dāng)你不確定你的cuda版本時，建議隨意安裝最新的pytorch版本，此時當(dāng)你進(jìn)行后續(xù)安裝的時候總會有一個環(huán)節(jié)告訴你正確的版本（哈哈，這是一個傻辦法）。

確定好版本之后，將配置設(shè)置好，后按照所給的pip提示命令進(jìn)行pytorch的安裝。如針對本電腦

安裝的命令如下

只是，奇怪的是，在清華源中似乎找不到1.8.2的版本，所以我最終選擇了1.8.1的版本進(jìn)行安裝。

之后，可以用python命令查看你的cuda版本以及當(dāng)前系統(tǒng)的pytorch和cuda版本是否匹配，如果為ture則表示匹配，可以正常使用。

需要注意的事，如果你安裝的pytorch版本錯誤，則很有可能出現(xiàn)以下報錯

接下來，開始運行我的RoseTTAFold程序

運行程序

這里會報錯

報錯的原因是因為你運行程序的時候并未指定輸出的路徑。

需要注意的是，這一步還需要安裝其他依賴才能實現(xiàn)，所以我這里選擇了一個簡單的一個測試程序嘗試如何使用GPU運行程序。這里我選擇的是predict_complex程序測試。

對了，運行這一程序以及安裝后續(xù)pytorch其他依賴包（需要編譯）的運行時，都需要提前安裝pytest-runner包，這里提前安裝上

報錯：

解決方法
nvcc?-version報錯：

這是因為你系統(tǒng)中本應(yīng)該在文件夾/usr/local/cuda-11.0/中的cuda現(xiàn)在在文件夾外（/usr/local/）

解決的辦法，將cuda移動到/usr/local/cuda-11.0/中即可

只是這樣安裝包會報錯

所以還需要用下面的安裝方式

查詢下載包的網(wǎng)址

卸載原有的包對相應(yīng)的包進(jìn)行安裝，其中以orch-spline-conv為例。注意，下載時會調(diào)用多個源。直到最后幾個源才能夠安裝

此時pip可能會查找相關(guān)源，并且前面幾個被墻，不過不要氣餒，后面會有一個源可以安裝對應(yīng)驅(qū)動。

需要注意，RoseTTAFold運行需要借助神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)包dgl，而我一開始則打算直接安裝對應(yīng)版本的dgl。

然而報錯。這是因為cuda版本和一般的dgl包安裝有差異。

查詢版本安裝的網(wǎng)址

需要重新安裝新版本

安裝后運行，仍然會報錯。這是因為動態(tài)庫并未鏈接到dgl中

解決辦法，查找所需的頭文件，接著鏈接到dgl庫中。

到了這一步，終于可以快樂的運行RoseTTAFlod了，然而，算力才是最大的限制

哎。。。。。。。。。。。。。。。。還是用CPU版本老老實實的跑吧?。?/span>

三 慣例小結(jié)

哎，雖說docker不會造成環(huán)境污染，但是想在docker上使用英偉達(dá)顯卡則著實有些不容易。不過看完的讀者相當(dāng)于重新踩過了這些坑，減少了時間的浪費，也不枉費我這記錄一場。

Multi-omics Hammer軟件下載地址：

https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer

Multi-omics Visual軟件下載地址：https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual/releases/tag/Multi_omics_Visual_v1.03

PS：因為本軟件是用python腳本撰寫，調(diào)用了部分依賴包，用戶首次使用需要安裝python以及對應(yīng)的包，安裝之后便可永久使用。

本公眾號開發(fā)的相關(guān)軟件，Multi-omics Hammer軟件和Multi-omics Visual軟件歡迎大家使用。文末是本公眾號在其他平臺的賬戶，也歡迎大家關(guān)注并多提意見。

簡書：WJ的生信小院

公眾號：生信小院

博客園：生信小院

最后，也歡迎各位大佬能夠在本平臺上：1傳播和講解自己發(fā)表的論文；2：發(fā)表對某一科研領(lǐng)域的看法；3：想要達(dá)成的合作或者相應(yīng)的招聘信息；4：展示自己以尋找博后工作或者博士就讀的機會;5:博導(dǎo)提供博后工作或者博士攻讀機會，都可以后臺給筆者留言。希望本平臺在進(jìn)行生信知識分享的同時，能夠成為生信分析者的交流平臺，能夠?qū)崿F(xiàn)相應(yīng)的利益互補和雙贏（不一定能實現(xiàn)，但是夢想總得是有的吧）。

另外，怎么說呢，投幣也可，不強求，但奢求。