在純化的最后階段，目標是蛋白質(zhì)的濃度為克每升水平，同時內(nèi)毒素的濃度為微克每升左右，這種情況常常會類似于大海撈針一樣的勞而無獲。

檢測這些低濃度的內(nèi)毒素也是一個問題，往往很難在納克每升水平應(yīng)用一般的常規(guī)方法直接檢測出來。據(jù)許多尚未正式報道的資料表明，許多檢測到的成分起先被認為是致熱性的新物質(zhì)，后來證實這些物質(zhì)的致熱活性的來源并不是這種物質(zhì)本身而是內(nèi)毒素。這是由于檢測技術(shù)的不敏感所造成的，所以要完全清除內(nèi)毒素顯然是不可能的。

用來檢測內(nèi)毒素的生化試驗有兔試驗、鱟試驗，雞胚致死性試驗和半乳糖氨預(yù)處理小鼠致死性試驗等。其中，鱟試驗(LAL)是最為敏感和經(jīng)濟的一種檢測方法。LAL試驗由Renrson于1985年創(chuàng)立，其原理是利用一種稱為鱟的海洋節(jié)肢動物的血凝集系統(tǒng)。運用這種方法在體外可檢測出0.02EU/ml水平的內(nèi)毒素。雖然LAL試驗被認為是檢測內(nèi)毒素的敏感而可靠的方法，但是許多物質(zhì)也會干擾凝聚過程而導致假陽性或假陰性結(jié)果。這些干擾通常與樣品的濃度有關(guān)，如果將所檢測的樣品溶解可以避免干擾，但是這樣又會降低試驗的敏感性。當然，有的時候?qū)τ谝恍碗s的液體如血液、陽離子蛋白質(zhì)溶液和脂質(zhì)體包被的內(nèi)毒素等檢測也會偶爾失效。因此，尋找一種可行的、敏感的生化試驗需要進一步的研究，全血刺激試驗是新近發(fā)展起來的一種檢測內(nèi)毒素的試驗﹐目前尚在德國進行有關(guān)方面的驗證。