獨(dú)木成林,小果教您用genemania把少量基因做成PPI網(wǎng)絡(luò)圖/SCI論文/科研/研究生/生信分

PPI網(wǎng)絡(luò)圖是生信分析中的常見圖,它可以反應(yīng)一些基因蛋白之間的相互關(guān)系,但一般來(lái)講,做網(wǎng)絡(luò)圖,需要足夠多的基因,正所謂獨(dú)木難成林嘛。但事無(wú)絕對(duì),自己手里基因少,可以從數(shù)據(jù)庫(kù)里找啊,今天小云要介紹的這個(gè)網(wǎng)站,就是可以使用簡(jiǎn)單幾個(gè)基因就可以構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)的genemania數(shù)據(jù)庫(kù)。
網(wǎng)址為http://genemania.org/
界面很簡(jiǎn)潔,就長(zhǎng)這樣

左上角有個(gè)人的標(biāo)志,表示現(xiàn)在物種是人,可以點(diǎn)擊選擇更換

這里可以選擇大鼠小鼠果蠅斑馬魚等,都是一些常見的模式生物。
后面的搜索框可以寫入一些基因,這里我們可以看一下示例,點(diǎn)擊e.g.就出現(xiàn)了一些基因

點(diǎn)擊搜索,就可以查到相互作用基因并自動(dòng)構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)了。

這樣看上去有點(diǎn)亂??梢渣c(diǎn)擊一下左上角的圓圈標(biāo)志,一鍵整理

中間的是我們輸入的基因,周圍是數(shù)據(jù)庫(kù)中預(yù)測(cè)出的結(jié)果。
左下角有個(gè)餅圖的標(biāo)志,點(diǎn)擊可以選擇這些基因參與的功能并在途中表示出來(lái)。

這里小果就選擇了前七個(gè),當(dāng)然小伙伴們可以選擇其他的功能,要注意的是這里小果選擇了七個(gè)功能就不能再選擇了,說(shuō)明是有個(gè)數(shù)上限的。但這七種功能是可以組合的。

點(diǎn)擊左側(cè)的三個(gè)點(diǎn)的標(biāo)志,可以導(dǎo)出結(jié)果,一般我們選擇pdf就可以了。
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好了,小伙伴們,今天的內(nèi)容就是這些了,小伙伴們有什么問題的話都可以來(lái)和小果分享討論啊。
