DDA（data-dependent acquisition）和PRM（parallel reaction monitoring）是質(zhì)譜不同的數(shù)據(jù)采集模式。DDA主要用于非靶向蛋白質(zhì)組學的研究，PRM則用于靶向蛋白質(zhì)組學的研究。百泰派克生物科技提供基于質(zhì)譜的DDA、MRM/PRM和DIA蛋白質(zhì)組學分析服務(wù)。

DDA

DDA（data-dependent acquisition）即數(shù)據(jù)依賴型掃描模式，是最早和最簡單的質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集模式，主要用于以采樣和發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)為主要目標的蛋白質(zhì)組學的研究中。在DDA數(shù)據(jù)依賴型掃描模式中，MS1掃描期間到達質(zhì)譜檢測器的豐富最高的離子的子集在MS2序列掃描中被單獨隔離并碎片化，每一個MS2掃描都可以用生物信息學來分析。DDA數(shù)據(jù)依賴型掃描模式通?？梢澡b定出數(shù)千種蛋白質(zhì)。但是，如果有太多的肽段共洗脫并在一次MS1掃描中出現(xiàn)，DDA數(shù)據(jù)依賴型掃描模式只會隨機采樣最豐富的肽段而忽略其余的，會降低分析的重現(xiàn)性并阻礙了低豐度肽段的測定。因此，當以精確定量、重現(xiàn)性和驗證為主要目標的蛋白質(zhì)組學研究需求出現(xiàn)，MRM和PRM靶向蛋白質(zhì)組學應(yīng)運而生。

PRM

PRM（parallel reaction monitoring）是一種基于高分辨率和高精度質(zhì)譜的數(shù)據(jù)采集技術(shù)，衍生于MRM（multiple reaction monitoring），可用于靶向定量蛋白組學中目標蛋白分子的研究。與DDA模式下儀器根據(jù)豐度選擇前體離子不同，在MRM和PRM中，要分析的前體離子由用戶固定。MRM和PRM通過將MS1和MS2掃描僅集中在一小組預(yù)先確定和識別的肽上，避免了DDA的不精確性和不可重復性。雖然DDA存在缺陷，但它的檢測范圍廣、設(shè)置和分析簡便，是PRM靶向蛋白質(zhì)組學分析前用于篩選感興趣的目標蛋白質(zhì)的主要方法, 如iTRAQ、TMT、Label-free和SILAC蛋白質(zhì)組學等，都是基于DDA的技術(shù)。