波動遺傳學(xué)，對遺傳密碼理論分析模型的另一種理解。DNA全息解釋，姜堪政生物場發(fā)展
摘要
目前，M. Nirenberg和F. Crick在近50年前提出的遺傳密碼模型（蛋白質(zhì)生物合成密碼）已經(jīng)受到嚴(yán)重侵蝕。從戰(zhàn)術(shù)上講，三重性和同義詞的退化確實(shí)是明確無誤的。但是Nirenberg-Crick假設(shè)氨基酸的明確編碼，即該策略提出了合理的懷疑。懷疑的理由很早就出現(xiàn)了：事實(shí)證明，三胞胎UUU同時編碼苯丙氨酸和亮氨酸，這與蛋白質(zhì)中氨基酸的DNA-RNA編碼的明確性聲明不一致。另一方面，歧義自動源于F. Crick關(guān)于密碼子中第三個核苷酸擺動的擺動假說（隨機(jī)的，未確定的行為），這意味著3'-5'密碼子-反密碼子對不參與編碼，并代表“空間位阻拐杖”。事實(shí)上，氨基酸不是由三元組編碼的，而是由三元組中核苷酸的雙聯(lián)體編碼的，根據(jù)Ulf Lagerkvist的“三分之二”規(guī)則。從這個角度來看，密碼子家族分為兩類：32個密碼子同義詞三元組和32個密碼子三元組，具有不確定的編碼函數(shù)，這是32個密碼子UUU之一所固有的。這些“未確定”的密碼子稱為同音異義詞。它們是模棱兩可的，因?yàn)樗鼈兛赡芡瑫r編碼兩種不同的氨基酸，或氨基酸和停止函數(shù)。然而，在真正的蛋白質(zhì)生物合成中克服了歧義。這是由于mRNA環(huán)境中核糖體的符號取向。這就是密碼子同音異義詞的語義發(fā)生的方式，與人類語言中的意識工作完全相似，充滿了同音異義詞。這種對蛋白質(zhì)代碼的理解的轉(zhuǎn)變，作為實(shí)際的文本形成，導(dǎo)致了基因組作為活細(xì)胞的準(zhǔn)智能生物計算機(jī)結(jié)構(gòu)的強(qiáng)烈想法。忽視這一點(diǎn)會導(dǎo)致基因工程的錯誤和危險工作，最重要的結(jié)果是合成基因組和轉(zhuǎn)基因食品的合成細(xì)菌。蛋白質(zhì)生物合成是染色體的關(guān)鍵，但不是唯一的基本信息功能。還有其他同樣重要的全息和量子非定位功能與形態(tài)發(fā)生有關(guān)。在這個平面上，基因組作為量子生物計算機(jī)的工作發(fā)生在波級上。這里的主要功能是使用相干光子DNA輻射及其非線性振動狀態(tài)（聲音）在細(xì)胞間，組織和生物體水平上調(diào)節(jié)遺傳代謝信息的量子廣播。DNA信息以動態(tài)偏振全息圖以及幻影DNA結(jié)構(gòu)的形式呈現(xiàn)。在對基因組量子工作的解釋中，幾乎所有東西都是假設(shè)的。盡管如此，我們已經(jīng)創(chuàng)造了一種激光技術(shù)，在某種程度上模擬了基因組的“符號波”狀態(tài)，并且能夠傳遞遺傳和遺傳代謝信息?；糜癉NA的表現(xiàn)特別有趣，我們在1984年設(shè)法檢測到，但直到1991年才發(fā)表[Gariaev等人，1991]?，F(xiàn)在，我們可以用我們的激光技術(shù)生產(chǎn)fDNK，并將其具體化為PCR系統(tǒng)中的材料結(jié)構(gòu)[Gariaev等人，2014（a）Gariaev等人，2014（b）]，就像之前所做的那樣，但以他們自己的方式，由諾貝爾獎獲得者Luc Montagnier教授[Montagnier等人，2012]。然而，早在2007年和2009年，我們就展示了遺傳信息的遠(yuǎn)距離量子傳輸大鼠胰腺再生[Gariaev等人，2007;加里亞耶夫，2009 年]。這些數(shù)據(jù)是語言波遺傳學(xué)（LWG）的基礎(chǔ)。LWG原則的實(shí)際應(yīng)用可能很大。到目前為止，我們已經(jīng)開創(chuàng)了牙齒、胰腺和視網(wǎng)膜再生的先例，完全恢復(fù)了視力，治愈了囊性纖維化和唐氏綜合癥，并使癱瘓者恢復(fù)了活動能力。LWG提供了一種對干細(xì)胞進(jìn)行編程的方法。LWG能夠以環(huán)保的方式有選擇地消滅農(nóng)業(yè)中的致病細(xì)菌和病毒、害蟲和雜草。LWG為量子計算而不是數(shù)字計算奠定了基礎(chǔ)。
關(guān)鍵字：
遺傳密碼、簡并、同音異義、語言學(xué)、全息學(xué)、量子非局域性
一、遺傳密碼模型創(chuàng)建的背景
當(dāng)遺傳蛋白密碼及其衍生物被錯誤地解釋時，我們今天看到越來越多的證據(jù)，它就會適得其反和危險。我們已經(jīng)可以看到這樣做的后果，這導(dǎo)致了轉(zhuǎn)基因食品和細(xì)菌（所謂的“Synthia”）的創(chuàng)造和廣泛使用，具有人工合成的基因組。Synthia殺死墨西哥灣甚至其區(qū)域以外的所有生物
2. 遺傳密碼模型不準(zhǔn)確原因分析
讓我們轉(zhuǎn)向遺傳（蛋白質(zhì)）密碼的諾貝爾模型，該模型的基礎(chǔ)直到現(xiàn)在仍然完好無損，并且通過一些小的戰(zhàn)術(shù)補(bǔ)充，反映了我們上世紀(jì)六十年代過時的知識水平。這是馬歇爾·尼倫伯格在1968年獲得諾貝爾獎的模型。我引用了作者的重要聲明，其中提出的遺傳密碼模型中的錯誤實(shí)際上得到了承認(rèn)，但被忽略了：
“Poly-U（Gariaev：聚尿苷RNA）主要編碼苯丙氨酸。由poly-U mRNA合成的蛋白質(zhì)不僅包括亮氨酸，還包括苯丙氨酸，其比例為一個亮氨酸分子與~20-30個苯丙氨酸分子。如果溶液中沒有苯丙氨酸，poly-U使用亮氨酸的量等于通常苯丙氨酸量的一半。對這種模糊性的分子解釋并不存在”。這“僅在”所謂的無細(xì)胞蛋白質(zhì)生物合成系統(tǒng)的情況下被接收。在這里，為了破譯遺傳密碼，確定哪些氨基酸和哪些序列包含在生長的肽鏈中，人工合成的RNA分子被用作代碼模板，具有尋求氨基酸的密碼。當(dāng)時核苷酸（密碼子）三重態(tài)形式的所有氨基酸密碼（代碼）都已成功確定。根據(jù)上述引文，唯一令人討厭的例外是UUU（尿苷-尿苷-尿苷）密碼子，其中密碼子的模板是聚尿苷酸。代碼模型的作者展示了對這樣一個基本事實(shí)的原始方法，他們說“這種現(xiàn)象的分子性質(zhì)對他們來說是不清楚的”。但發(fā)現(xiàn)的苯丙氨酸和亮氨酸編碼歧義現(xiàn)象的意義遠(yuǎn)遠(yuǎn)超出了分子相互作用。在忽略了這一發(fā)現(xiàn)的現(xiàn)象之后，作者仍然假設(shè)了一個明確的氨基酸編碼論點(diǎn)（一個密碼子等于一個精確選擇的氨基酸（或停止位置）），這在幾十年內(nèi)導(dǎo)致了最壞的后果，即所謂的轉(zhuǎn)基因工程及其轉(zhuǎn)基因食品，Synthia等。
事實(shí)上，不需要實(shí)驗(yàn)來證明編碼的明確模型是錯誤的，查看常規(guī)表格并考慮到3'-5'密碼子-反密碼子對，根據(jù)F. Crick擺動假說，不參與氨基酸編碼[2]。因此，編碼 64 個氨基酸的 20 個密碼子自動分成兩個相等的部分，即 32 個密碼子同義詞和 32 個具有雙重編碼的密碼子。例如，我們將看到，UU家族的三重態(tài)（密碼子）編碼苯丙氨酸和亮氨酸等氨基酸，同時編碼它們，這與根據(jù)Nirenberg-Crick模型關(guān)于它們明確性的假設(shè)相矛盾?！凹易濉币辉~用于第1和第2核苷酸密碼子（doublets），反映了密碼子的第3個核苷酸不參與編碼的事實(shí)。密碼子雙聯(lián)體組合成家族，以明確或模棱兩可的方式編碼氨基酸。在這種情況下，UU家族模糊地編碼兩種不同的氨基酸。
UUU―編碼苯丙氨酸;
UUC―編碼苯丙氨酸;
UUA―編碼亮氨酸;
UUG―編碼亮氨酸。
（U-尿苷，С-胞嘧啶，А-腺嘌呤，G―鳥嘌呤，mRNA的氮堿基，一旦核糖體讀取，三胞胎就會被解碼為氨基酸）。
換句話說，如果人們相信傳統(tǒng)的表格，那么無細(xì)胞蛋白質(zhì)合成系統(tǒng)（以及生物體）中的poly-U RNA（相當(dāng)于信使RNA）應(yīng)僅編碼苯丙氨酸或亮氨酸，這實(shí)際上并非如此，因?yàn)閮煞N不同的氨基酸同時被編碼并摻入生長的肽中。換句話說，我們得到了同音異義的情況，這應(yīng)該由遺傳設(shè)備以某種方式正確處理。如果我們沒有明確的決定選擇一種，并且體內(nèi)只有一種氨基酸，這就會威脅到生物體的代謝異常。作者沒有解釋這個問題的核心是如何解決的，因此自相矛盾。這一切足以證明他們的代碼模型顯然是矛盾的。現(xiàn)在是時候記住F. Crick的突出聲明了，關(guān)于密碼子中的第三個核苷酸不參與構(gòu)成蛋白質(zhì)的氨基酸的編碼。F. Crick提出的第三個核苷酸“搖擺”，即它可以成為四種可能核苷酸中的任何一種[2]。如果是這樣，那么作者關(guān)于蛋白質(zhì)遺傳密碼氨基酸編碼的明確性的假設(shè)就成了問題。即使從對遺傳密碼表的簡單邏輯分析中也很明顯 - 三胞胎自動分成兩個相等的部分，其中前半部分明確而豐富地編碼氨基酸（同義詞），而后半部分則模棱兩可。需要注意的重要一點(diǎn)是，盡管遺傳密碼具有一定的規(guī)律性 - 在某些情況下，編碼一個氨基酸的是前兩個堿基，第三個堿基的性質(zhì)無關(guān)緊要 - 但它的結(jié)構(gòu)在其他方面沒有明顯的意義[3]。當(dāng)然，這并不意味著整個模型完全不正確。它的一些陳述是正確的，它是一個三重代碼（核苷酸的三重子編碼蛋白質(zhì)氨基酸），框架的重疊（（多順反子）移位，讀取三重，提供另一種蛋白質(zhì)的代碼），以及同義的退化代碼。這種代碼退化可以通過密碼子的數(shù)量（64）和編碼氨基酸的數(shù)量（20）來觀察，即32個密碼子是同義詞，這可以通過異受體轉(zhuǎn)移RNA（tRNA）的存在來證實(shí)。同義詞意味著相同的氨基酸可以被幾個同義密碼子編碼，并且可以被幾個異受體tRNA的反密碼子正確無誤地讀取。第二個非同義和難以理解的剩余密碼子的功能是什么？代碼模型之父對這個問題也沒有答案。這表明他們對基因組操作策略的理解是不完整的。正是在這里，代碼的一個基本屬性在被Nirenberg和Crick遺漏或誤解后顯露出來，即其50%的同音異義詞。它與代碼模型的規(guī)范主要規(guī)定相矛盾，即其明確性。當(dāng)然，代碼是明確的，但只有在添加了mRNA和核糖體的一些功能和特性之后。但他們對poly-U RNA的實(shí)驗(yàn)似乎與這一經(jīng)典相矛盾。如果核糖體誤讀了單個UUU密碼子，那足以證明代碼模型的失敗，即代碼將起作用，今天它有效，但不是根據(jù)Nirenberg和Crick如何看待這個過程，許多遺傳學(xué)家今天仍然看到它。在UUU鱈魚的情況下在上，一半代碼的同義性和歧義是顯而易見的。并且有 32 個這樣的密碼子同音異義詞，包括 UUU。上述文章中的這種矛盾[4]削弱了他們的模型。Nirenberg和Crick都錯過了這個問題，或者誤解了它，誤導(dǎo)了其他人，說“這種不一致的分子性質(zhì)對他們來說是不清楚的”。分子性質(zhì)與它無關(guān)。蛋白質(zhì)代碼一半的同源現(xiàn)象中有一些基本的東西，即蛋白質(zhì)基因的語音相似性，但它不是比喻，因?yàn)樗淮蠖鄶?shù)人認(rèn)為，而是真實(shí)的。只有當(dāng)mRNA蛋白質(zhì)合成系統(tǒng)理解上下文時，密碼子同音異義詞mRNA才能被tRNA的正確反密碼子精確讀取，該同音異義詞是其中的一部分，這是基因組生物計算機(jī)的基本意識智能的證明。因此，我們在DNA，RNA和蛋白質(zhì)中發(fā)現(xiàn)了語音相似性的證據(jù)，它們包含相同的準(zhǔn)語音結(jié)構(gòu)，但語言不同。蛋白質(zhì)基因（也許還有所謂的小調(diào)節(jié)RNA或microRNA的基因）的書面遺傳語言在沒有意識智能的情況下是不可想象的，這允許甚至迫使我們接受一個強(qiáng)烈的想法，即基因組的準(zhǔn)意識智能的存在是意識智能的一個小分形維度，類似于大腦皮層的水平。這里可以看到生物學(xué)家和哲學(xué)家沒有意識到的關(guān)于蛋白質(zhì)代碼的雙邊同義詞同義詞退化的新興問題的“神經(jīng)”。這種蛋白質(zhì)代碼的雙邊簡并性的理論和實(shí)踐意義極高。讓我們問一個自然的問題。生物系統(tǒng)及其遺傳裝置如何處理半三胞胎的同音問題，即當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)合成裝置遇到密碼子同音異義詞時，準(zhǔn)確明確地選擇氨基酸（或停止位置）的問題？在這種情況下，錯誤的代價非常高，導(dǎo)致蛋白質(zhì)的正確或不正確合成，其中一些（酶）特別重要。同時，眾所周知，蛋白質(zhì)的生物合成是一個非常準(zhǔn)確的過程。因此，遺傳裝置“知道”密碼子同音異義詞的危險歧義的出路。第一個理解這種潛在的遺傳同音異義詞危害的人（盡管他沒有使用這個術(shù)語）是著名的分子生物學(xué)家Ulf Lagerkvist [5]。他合理地假設(shè)，在蛋白質(zhì)生物合成過程中，核糖體的核苷酸讀取密碼子中的“三分之二”規(guī)則（第1和第2，第3“擺動”）可能導(dǎo)致生化災(zāi)難，除非“tRNA-mRNA-核糖體系統(tǒng)”正確讀取模棱兩可的密碼子?！叭种币?guī)則自動源于克里克擺動假說關(guān)于密碼子中第三個核苷酸的“擺動”，這意味著3'-5'密碼子-反密碼子對的核苷酸不參與編碼過程。這也意味著編碼是由雙聯(lián)體（密碼子的前兩個核苷酸）而不是三元組完成的。早在1978年，Lagerkvist在上述出版物中就避免將模棱兩可的“危險”密碼子稱為同音異義詞。此外，他不合理地認(rèn)為這種奇怪的密碼子在基因組生物化學(xué)中并不常見，這就是為什么它們并不危險。這過去是，現(xiàn)在仍然是一個巨大的錯誤。讓我們來瞧瞧好的遺傳密碼表（附錄），它標(biāo)記和分類同音異義詞和同義詞密碼子。
3.?遺傳密碼表
如我們所見，它們是按照陰陽模式表示的。這并非偶然。這個古老的符號曼陀羅象征著兩個相反的起點(diǎn)的相互滲透，它們的團(tuán)結(jié)和斗爭，并且令人驚訝地符合蛋白質(zhì)氨基酸密碼的運(yùn)作。一方面，生物系統(tǒng)必須在遺傳和形態(tài)方面穩(wěn)定且自同，必須在地質(zhì)學(xué)的漫長時期內(nèi)保持其結(jié)構(gòu)和主要功能。然而，另一方面，生物系統(tǒng)有能力并且必須適應(yīng)環(huán)境的長期變化。這正是這種蛋白質(zhì)遺傳密碼分為三胞胎同義詞和同音異義詞的目的。同義詞提供了氨基酸編碼的豐富性和準(zhǔn)確性，而同義詞提供了適當(dāng)?shù)撵`活性和適應(yīng)性，這發(fā)生在試驗(yàn)型或探索型每種新蛋白質(zhì)形式的生物合成中。一個很好的例子是免疫系統(tǒng)，它積累了大量的試驗(yàn)免疫球蛋白，并通過它們的選擇，從而保護(hù)生物體免受病原微生物、病毒和污染的侵害。三重蛋白密碼模型的作者遺漏或忽略了一半遺傳密碼的同義現(xiàn)象，是這些過程在遺傳水平上的基礎(chǔ)。蛋白質(zhì)生物合成過程中遺傳信息的同義現(xiàn)象因其理論和哲學(xué)理解而變得極為重要，原因如下。同音是含義的一個因素，準(zhǔn)確地說，是人造書面文本和口頭語言的多重含義。這同樣適用于遺傳文本。基因文本不是隱喻的，而是真實(shí)的，并且可能是用某種通用世界語加密的——基因組理解的語言，但暫時不被人類意識理解。遺傳文本方面的要點(diǎn)是，密碼子同音異義詞的歧義可能會消失，就像一個人閱讀帶有單詞同音異義詞的常用文本時發(fā)生的那樣，例如，band，spring，box，bank等。我們看到這些詞的完全正確的語義，這取決于上下文，即考慮到整個文本的內(nèi)容。從哲學(xué)的觀點(diǎn)來看，更一般的原則在這里發(fā)揮了作用，即部分和整體的范疇。沒有整體，部分就無法理解和完全理解。應(yīng)用于基因文本和蛋白質(zhì)生物合成過程，它看起來如下：核糖體讀取mRNA，作為基因的復(fù)制品，在那里它遇到密碼子同音異義詞。核糖體必須正確解釋每個同音異義詞，找到其確切含義并將其解碼為這個或那個氨基酸，或作為終止密碼子，即停止蛋白質(zhì)生物合成的信號。DNA的語言模型還有一個額外的理論依據(jù)?；蛭谋镜恼Z言語法結(jié)構(gòu)和詞典與俄語相匹配[6]。
4. 從上述觀點(diǎn)對遺傳密碼的不同理解，我們會得到什么？
同音異義詞的確切含義是在核糖體納米生物計算機(jī)（具有思想意識的雛形）感知整個mRNA（上下文）的文本時確定的。這是語言波遺傳學(xué)（LWG）的關(guān)鍵假設(shè)點(diǎn)。從這個角度來看，以下內(nèi)容至關(guān)重要。當(dāng)我們超越了對遺傳過程作為純粹物理和化學(xué)過程的理解的狹隘界限，并意識到它們也具有思想意識的品質(zhì)時，這是對基因組作為量子生物計算機(jī)的更深層次理解的飛躍，它讀取并將基因視為真正的文本程序。誰或什么創(chuàng)建了這些程序？這是一個非常特殊的問題。V.I. Shcherbak [7] 進(jìn)行了出色的研究。在某種程度上，它與我們的研究很接近，因?yàn)樗粌H證明了基因組的準(zhǔn)智能，而且從物理數(shù)學(xué)和哲學(xué)的角度來看，證明了遺傳信息創(chuàng)造中的意識智能起源，這是至關(guān)重要的和戰(zhàn)略上的重要。V.I. Shcherbak分析了編碼氨基酸的原子核和遺傳密碼的密碼子的核子組成的定量關(guān)系，表明在蛋白質(zhì)的生物合成中發(fā)生了算術(shù)運(yùn)算系統(tǒng)，這也是基因組準(zhǔn)智能某些方面的證明。在蛋白質(zhì)代碼V.I.Shcherbak中發(fā)現(xiàn)了遺傳計算系統(tǒng)，該系統(tǒng)使用零函數(shù)。他說這很重要，因?yàn)榱闶且粋€完全認(rèn)知的，最終是抽象的概念，它產(chǎn)生了對外部環(huán)境的定量測量的協(xié)調(diào)意識。然后，這些測量結(jié)果由內(nèi)部生物體的遺傳計算意識解釋。結(jié)果，數(shù)字（連同字母）成為遺傳（蛋白質(zhì)）密碼的組成部分。因此，根據(jù) V.I. Shcherbak 的說法，語言（文本）遺傳學(xué)中的算術(shù)控制是真實(shí)的。
Eidelman所做的實(shí)驗(yàn)研究提供了一些證據(jù)，他將DNA片段的“粘性末端”的快速重新結(jié)合作為體外人工DNA處理技術(shù)的基本因素，以演示解決所謂的“旅行推銷員問題” [8]。然而，這不是最好的例子。實(shí)際上，今天，Eidelman的DNA計算是由人執(zhí)行的，從數(shù)十億個潛在的“解決方案”中決定最終選擇，他通過重新關(guān)聯(lián)粘端DNA片段來模擬它[9]。V.I. Shcherbak進(jìn)一步發(fā)展了他的想法，他寫道：“如果是這樣的話，一些細(xì)胞器應(yīng)該像生物計算機(jī)一樣工作。因此，我們必須發(fā)現(xiàn)它們使用的數(shù)字系統(tǒng)”。然后他繼續(xù)說：“遺傳密碼似乎與抽象的算術(shù)概念比與物理學(xué)或化學(xué)概念的聯(lián)系更緊密。染色體連續(xù)體本身就是一種生物計算機(jī)，同時它不能自給自足，它使用額外的細(xì)胞器被納入細(xì)胞和組織計算中。V.I. Shcherbak認(rèn)為基因組數(shù)字計算的二元邏輯是其運(yùn)行的決定性因素。然而，將數(shù)字DNA-RNA的“理解”翻譯成類似物形式被他視為次要或從屬。如果這是真的，這只是部分正確的。基因組功能的一組戰(zhàn)略是全息和文本圖像的管理。在普通計算機(jī)中，所有信息都以一和零變化的組合學(xué)的形式記錄。這是信息的編碼，它的密碼，它代表被密碼化的財富，將被破譯成文字和圖像。染色體量子生物計算機(jī)在沒有這種原始密碼的情況下工作，它使用全息處理信息的原理，以細(xì)胞，組織和器官內(nèi)部狀態(tài)的現(xiàn)成圖像的形式，從基因組全息圖接收的狀態(tài)是生物體實(shí)現(xiàn)其內(nèi)在自我視覺和自我調(diào)節(jié)的手段。二進(jìn)制數(shù)字邏輯并沒有完全廢除。例如，在打開和關(guān)閉蛋白質(zhì)和RNA基因時，這是必需的，這也很重要，特別是對于構(gòu)建蛋白質(zhì)短語或文本。此外，V.I. Shcherbak的研究是基礎(chǔ)性的，具有意識形態(tài)的重要性，它首次提供了嚴(yán)格而明確的數(shù)學(xué)證據(jù)，證明蛋白質(zhì)代碼是一個準(zhǔn)智能系統(tǒng)，同時也是宇宙語義本質(zhì)的一個小展示。蛋白質(zhì)代碼的起源可以理解為一種有意識的行為，而不是達(dá)爾文進(jìn)化的結(jié)果。
讓我們回到對代碼一部分的同義現(xiàn)象的分析。F. Crick試圖借助他提出的“擺動假說”來解釋3'-5'密碼子-反密碼子對核苷酸的奇怪非常規(guī)行為[2]。它介紹了編碼蛋白質(zhì)中密碼子與氨基酸間歇性模糊對應(yīng)的概念，并解釋了tRNA反密碼子的5'核苷酸與mRNA中密碼子的3'核苷酸在翻譯成蛋白質(zhì)過程中非常規(guī)隨機(jī)配對的可能性。換句話說，在蛋白質(zhì)生物合成過程中，實(shí)現(xiàn)了密碼子-反密碼子核苷酸弱對應(yīng)的機(jī)會，這意味著產(chǎn)生了非常規(guī)的堿基對（鳥嘌呤-尿苷等）。根據(jù)擺動假說以及代碼的一般模型，可以自動得出這樣的結(jié)論：在一個基因的密碼子中，只有前兩個核苷酸（雙聯(lián)體）編碼蛋白質(zhì)鏈中的氨基酸序列。3'-密碼子核苷酸不參與蛋白質(zhì)中氨基酸序列的編碼。
這些3'-核苷酸由DNA分子嚴(yán)格決定，但它們允許與tRNA中反密碼子的5'-核苷酸進(jìn)行意外的、隨機(jī)的非獨(dú)木舟化配對以轉(zhuǎn)移氨基酸。因此，反密碼子的這些5'-核苷酸可以是四種可能的核苷酸中的任何一個。因此，3'-5'-密碼子-反密碼子對不攜帶任何基因符號特征，代表填充密碼子-反密碼子對中“空白空間”的“空間位阻拐杖”。拐杖是一個隱喻，強(qiáng)調(diào)3'-5'密碼子-反密碼子核苷酸對維持mRNA-tRNA復(fù)合物穩(wěn)定性的機(jī)械作用。但是這個角色還有第二個非常重要的功能：從反密碼子讀取密碼子的一般含義從同義模式切換到同義并返回。這導(dǎo)致理解密碼子同音異義詞的確切含義，并防止在選擇氨基酸和停止位置時出現(xiàn)潛在錯誤。如果由于克里克的隨機(jī)擺動，我們接受了“空間位阻拐杖開關(guān)”的想法，那么很明顯，mRNA同名密碼子（以及同義詞）上的3'-核苷酸不參與蛋白質(zhì)合成的氨基酸編碼。乍一看，這是某種基因語義濫用，三重代碼模型似乎失去了任何邏輯和明顯意義。
為了證實(shí)這一點(diǎn)，讓我們引用三重密碼模型理論的合著者弗朗西斯·克里克（Francis Crick）在他的自傳書[3]中： “需要注意的重要一點(diǎn)是，盡管遺傳密碼具有某些規(guī)律性 - 在某些情況下，編碼一個氨基酸的是前兩個堿基，第三個堿基的性質(zhì)無關(guān)緊要 - 但它的結(jié)構(gòu)在其他方面沒有明顯的意義。 F·克里克觀察到代碼的同義退化， 但是他沒有看到同名的那個。雖然，他的短語“...它的結(jié)構(gòu)在其他方面沒有明顯的意義“告訴我們，F(xiàn). Crick的天才智慧意識到了他的模型的局限性及其模糊性，這與擺動的5'-反密碼子核苷酸有關(guān)。當(dāng)mRNA與tRNA一起按照“三選二”規(guī)則逐個密碼子讀取時，這種“核糖體-mRNA-tRNA”復(fù)合物必然會破解一個典型的具有語言意義的同音異義問題。否則，蛋白質(zhì)生物合成過程中的錯誤就不可避免了。
在他的回憶錄中，F(xiàn).克里克似乎在他的模型中看到了“沒有明顯的意義”，也許意味著不明顯的同義詞含義。但再往下，他寫道：“...盡管遺傳密碼具有某些規(guī)律”。為什么確定？因?yàn)樗鼈冎慌c一半的密碼子相關(guān)，即密碼子同義詞，由相同的前兩個核苷酸分組（第三個是任何一個），即它只與所有密碼子家族的一半相關(guān)，即CT，GT，TC，CC，AC，GC，CG，GG同義核苷酸雙聯(lián)家族。它們中的每一個都編碼二十種不同氨基酸中的一種，或者是終止密碼子。同時密碼子的3'-核苷酸與反密碼子的5'-核苷酸配對不參與編碼，以確保同義。然而，非常重要的是，F(xiàn). Crick沒有具體說明雙峰密碼子家族的后半部分，無論是在這里還是在他的擺動假說中。它們是TT，AT，TA，CA，AA，GA，TG，AG家族，其中每個家族編碼兩種不同的氨基酸或氨基酸和終止功能。在這里，我們已經(jīng)可以看到克里克和尼倫伯格對錯誤假設(shè)的破壞——編碼的明確性。而3'-5'-密碼子-反密碼子對在這些家族中的作用并沒有被F. Crick評論?？磥?，這些奇怪家庭中編碼的模糊性使F. Crick感到困惑，并促使他提到他和Nirenberg的模型中缺乏明顯的含義。他從不談?wù)撛谶@些同義詞“某些情況”之外發(fā)生的事情。也就是說，在這些密碼子之外，還有一個奇怪的“晦澀密碼子家族”，它們是TT，AT，TA，CA，AA，GA，TG，AG。在F.克里克的論文中找不到這方面的任何內(nèi)容。
通過這種方式，F(xiàn). Crick含蓄地提出了一個“晦澀的家庭”內(nèi)部的編碼問題——但它是如何發(fā)生的呢？他沒有回答他的問題。當(dāng)代研究者基本上也沒有解決這個問題。答案就在與模糊（同名）密碼子家族進(jìn)行操作期間遺傳密碼（核糖體作為量子生物計算機(jī)）的上下文參考假設(shè)中，僅在此處提出，以前在[10] [11]中提出。
5. “三分之二”密碼子是基因組準(zhǔn)智能的標(biāo)志
讓我們問以下問題：“搖擺”可能是隨機(jī)性的同義詞嗎？“搖擺”本身是隨機(jī)的嗎？看來“擺動”是偽隨機(jī)性。讓我們證明這個或那個5'-核苷酸在核糖體合成蛋白質(zhì)過程中同調(diào)情況下反密碼子中存在的偽隨機(jī)性的根本重要性。一對3'-5'密碼子-反密碼子核苷酸在同義的情況下，從表面上看都是“故意的”，而不是隨機(jī)放入的，作為mRNA“讀取”核糖體技術(shù)的基因符號特征的元素。原因是蛋白質(zhì)代碼是一種準(zhǔn)智能結(jié)構(gòu)。它涉及mRNA文本，這不是隱喻性的（這就是為什么短語遺傳文本不在引號中），而是真實(shí)的文本，帶有思想文本和有意義的命令文本。捕獲的“偽”隨機(jī)性在生物學(xué)上是必要的。它使代碼變得靈活，允許生物系統(tǒng)進(jìn)行適應(yīng)性探索性蛋白質(zhì)搜索，并在自然選擇過程中合成試驗(yàn)蛋白質(zhì)，從而適應(yīng)不斷變化的環(huán)境。蛋白質(zhì)代碼是慷慨、豐富和豐富的代名詞。然而，與此同時，它通過其同調(diào)性在mRNA的文本水平上成長為其他有意義的遺傳編碼領(lǐng)域，并且可能，
前 mRNA。
因此，我們有兩種蛋白質(zhì)代碼簡并策略，它們是同義詞和同義詞。第一個確保有關(guān)氨基酸選擇的豐富信息。第二個有助于在相關(guān)選擇過程中避免模棱兩可的情況，當(dāng)生物體必須通過加入試驗(yàn)氨基酸來適應(yīng)環(huán)境，從而適應(yīng)蛋白質(zhì)時。這取決于遺傳信息的基本屬性——其客觀的文本和語言內(nèi)容，即意義。如果生物體在其規(guī)范框架內(nèi)自動遵循尼倫伯格-克里克的遺傳密碼模型，那么地球上的生命是不可能的，盡管在這方面一切都相對和平。蛋白質(zhì)的合成是一個足夠準(zhǔn)確的過程，因?yàn)樗捎昧丝梢苑Q為語言學(xué)和邏輯學(xué)（即意識）的實(shí)踐。核糖體裝置和整個基因組是一個準(zhǔn)智能系統(tǒng)，逐個三元組（局部，部分逐個部分）讀取mRNA文本三聯(lián)體，同時將其作為一個整體讀取，即連續(xù)和非局部。特別是，這種閱讀的非局部性，對整個遺傳文本含義的上下文感知消除了密碼子同音異義的問題。它是如何發(fā)生的？
再一次，讓我們回到Ulf Lagerkvist的那篇被遺忘和低估的文章，但不是一遍又一遍地批評蛋白質(zhì)代碼的三重模型，因?yàn)樗谶z傳學(xué)和整個生物學(xué)的發(fā)展中發(fā)揮了重要作用。我們回到這篇文章的目的是將蛋白質(zhì)代碼理解為一個二元符號系統(tǒng)，一方面基于盲物理和化學(xué)，另一方面使用有意義的DNA和RNA文本結(jié)構(gòu)作為基因組的準(zhǔn)智能功能。然而，三重代碼只是編碼的眾多子系統(tǒng)之一，用于創(chuàng)建未來生物體的動態(tài)圖像，也許是最低的子系統(tǒng)。更高的是其他程序 - 全息[12]。
Ulf Lagerkvist是第一個宣布蛋白質(zhì)代碼三重態(tài)模型不一致的人，但他不明白其原因[7]。他試圖將模型帶出死胡同，但失敗了。他無法對一個明顯且潛在危險的事實(shí)提出任何異議，即在體內(nèi)條件下，核糖體翻譯機(jī)同樣遵守“三分之二”規(guī)則，“具有不容忽視的規(guī)律性”。然后Lagerkvist寫道：“我想說，'三分之二'方法的誤讀可能會對細(xì)胞中蛋白質(zhì)合成的保真度構(gòu)成重大威脅。Lagerkvist沒有解釋他對“不恰當(dāng)?shù)厥褂?#39;二選三'方法”的想法，這是一個沒有答案的問題。為什么“不是所有”密碼子家族？不是“全部”，而是特別是同義詞而不是同義詞。拉格克維斯特也不明白這一點(diǎn)。雖然，他看到了代碼模型中的矛盾，但留下了以以下方式刪除它的錯覺：“......代碼中那些“三分之二”方法可能導(dǎo)致翻譯錯誤的地方（Gariaev：在mRNA中）完全被低概率密碼子占據(jù)。代碼的這種組織以及與具有能夠讀取密碼子所有三個位置的反密碼子的tRNA的競爭將有效地防止在可能損害翻譯保真度時使用“三分之二”的方法。
這個摘要與實(shí)際情況相矛盾，因?yàn)?0%的密碼子是同義的。但是作者只解釋了那些密碼子“讀取密碼子中核苷酸的所有3個位置”，即同義詞，這是不完整的，因?yàn)榱硪话朊艽a子（同音異義詞）被留在了他的分析后面。剩下的一半，密碼子同音異義詞不能假設(shè)很少發(fā)生。顯然，閱讀UUU密碼子同音異義詞能夠給蛋白質(zhì)合成帶來混亂。簡而言之，該模型的邏輯矛盾，即使是肉眼可見的，即使在今天，拉格克維斯特和科學(xué)界也完全無視。這種忽視是由虛構(gòu)的舒緩和眾所周知的事實(shí)所鼓勵的，即核糖體在選擇氨基酸時幾乎沒有錯誤。所有這些都導(dǎo)致了人們認(rèn)為遺傳/蛋白質(zhì)密碼的三重模型是正確的誘惑。盡管如此，在客觀分析下，傳統(tǒng)代碼模型的突出缺點(diǎn)太明顯了。
為了克服同義詞的死胡同，需要一個簡單但戰(zhàn)略性的想法：回到語言學(xué)并獲得上下文的概念，這將消除代碼的這個問題。同音異義詞僅在上下文中失去歧義，即當(dāng)一個部分被視為整體的一部分時，它就會變得清晰。在這方面，mRNA上下文（全文）的概念絕不是隱喻性的。漸漸地，追溯性分子生物學(xué)家和遺傳學(xué)家承認(rèn)使用“次要遺傳密碼”的概念[13]。讓我們引用最杰出的分子生物學(xué)家之一L.P. Ovchinnikov的話：“引發(fā)密碼子只能在特定的背景下看到。如果我們問一個問題，即是否有可能通過具有該mRNA的核苷酸序列，遺傳密碼表以及知道m(xù)RNA翻譯從5'端到3'端進(jìn)行，而蛋白質(zhì)鏈從N端到C端生成，從而編寫mRNA中編碼的蛋白質(zhì)的氨基酸序列， 那么我們必須對這個問題給出否定的答案。要將密碼子識別為起始子，不僅密碼子本身很重要，而且上下文將起始子的角色分配給該密碼子。真核生物的啟動發(fā)生...主要來自第一個AUG，但僅在AUG處于最佳上下文的情況下：在它之前必須有兩個核苷酸的嘌呤（A或G），并且它之后必須有G。如果真核mRNA中的第一個AUG超出最佳環(huán)境，則錯過它，并在下一個AUG中發(fā)生啟動。在真核生物中開始翻譯的過程中，掃描mRNA序列以在其最佳環(huán)境中定位AUG密碼子。
正如我們從這個漫長但極其重要的引文中看到的那樣，以RAS院士L.P. Ovchinnikov為代表的經(jīng)典分子生物學(xué)為了處理遺傳密碼模型的問題，被迫在同名密碼子的情況下借用這種上下文的概念。他從本文的作者（然而，沒有提到他）和語言學(xué)那里借用了這個想法，不幸的是，在隱喻意義上完成了這個想法。他介紹了第二個同樣重要的一點(diǎn)，即在mRNA的遠(yuǎn)處位點(diǎn)上，某些mRNA阻斷（帽，poly-А和UTR（未翻譯區(qū)域））存在遠(yuǎn)程影響因素，其中核糖體將第一個氨基酸整合到合成的蛋白質(zhì)鏈中。這種“讀取-掃描”整個mRNA的想法，即mRNA上下文，是必需的。P.P. Gariaev之前已經(jīng)預(yù)測了所有這些解釋因素，包括通過RNA和DNA的孤子激發(fā)進(jìn)行多核苷酸掃描的機(jī)制[10]。這里應(yīng)該注意的另一個重要方面是，根據(jù)上下文重新解釋密碼子，這不適合規(guī)范三重態(tài)模型的Procrustes床，而且核糖體讀取mRNA幀移位的因素早已為人所知。
很明顯，這種mRNA幀移不能僅用物理和化學(xué)來解釋，也不能用導(dǎo)致密碼子重新解釋的遠(yuǎn)程上下文影響來解釋。所需要的是承認(rèn)基因組的其他符號方面，超越其作為量子計算機(jī)的邏輯操作[14]，以及使用終極的，純粹的智力操作來超越其數(shù)學(xué)邏輯，這些操作采用零的抽象概念[15]，現(xiàn)在是理解生物學(xué)和遺傳學(xué)的重要新方法。這是指示性的[13]：“...單個順子中mRNA的讀取并不總是連續(xù)的。最初假設(shè)mRNA中的核苷酸序列總是從起始密碼子連續(xù)讀取到終止密碼子。然而，事實(shí)證明，在噬菌體T4基因60 mRNA的翻譯過程中，可以繞過相當(dāng)長的序列。在這種情況下，核糖體沿著mRNA從位于UAG終止密碼子之前的一個GGA甘氨酸密碼子跳到另一個GGA甘氨酸密碼子。這種現(xiàn)象的機(jī)制尚不完全清楚。這是基因組操作的眾多例子之一，超越了現(xiàn)有的規(guī)范和教條。果然，這種核糖體“跳躍”應(yīng)該源于對mRNA含義的真實(shí)而不是隱喻的閱讀和理解（人們應(yīng)該知道從哪里跳躍）。這在這里不再有寓言或隱喻的機(jī)會。所有這些與三胞胎模型L.P.奧夫欽尼科夫的規(guī)范的偏差稱為“次要遺傳密碼” [50]。
這是什么類型的代碼？它基于什么原則？一定是關(guān)鍵機(jī)制被基因組用作DNA和RNA分子的語言潛力，而DNA和RNA分子實(shí)際上是生物全息程序的真正智力結(jié)構(gòu)和/或組成部分。只有在這種情況下，我們才能理解從mRNA文本翻譯遺傳信息的“一般”定律的例外的真正含義和含義。在DNA中尋找不同密碼的積極而強(qiáng)烈的愿望已經(jīng)使遺傳學(xué)家假設(shè)基因組中有數(shù)十種密碼。愛德華·特里福諾夫（Eduard Trifonov）以一種有趣而尖銳的方式寫下了第二遺傳密碼的混亂：[http://trv-science.ru/2012/01/17/stolpotvorenie-vtorykh-geneticheskikh-kodov/]。這是對染色體編碼困難的困惑的宣言，因?yàn)榧词故沁@里討論的第一個遺傳密碼也尚未完全理解。讓我們在第一個尼倫伯格-克里克遺傳密碼模型的框架內(nèi)對這些新基本現(xiàn)象的發(fā)現(xiàn)做一個中間總結(jié)，這些現(xiàn)象被官方科學(xué)陳述（但尚未理解）：
a）不同遠(yuǎn)程mRNA序列對核糖體讀取的密碼子的精確理解及其重新編碼的遠(yuǎn)距離上下文影響，
b） 長 mRNA 序列的非局部掃描，
c） 有意義的 mRNA 閱讀幀偏移，
d）長距離核糖體沿著mRNA“跳躍”，
e） 密碼子的重新編碼。
6.“基因組思維”方法
讓我們試著理解在上下文情況下會發(fā)生什么，包括同名的情況，編碼雙峰，同時記住Lagerkvist的“三分之二”規(guī)則，該規(guī)則源于克里克關(guān)于密碼子中3'-核苷酸擺動的想法（假設(shè)）。承認(rèn)基因組準(zhǔn)智能的論點(diǎn)，我們應(yīng)該以與語言學(xué)相同的方式解釋遺傳同音異義詞。也就是說，只有在閱讀和理解整個文本（或足夠大的一部分）之后，即上下文，無論是人類文本還是遺傳文本，同音異義詞的信息內(nèi)容才會變得清晰。例如，如果不了解整個短語或句子，我們就無法理解“樂隊(duì)”和“春天”等同音異義詞的含義。類似地，核糖體翻譯準(zhǔn)智能系統(tǒng)必須閱讀和理解整個mRNA文本或其大部分，以做出準(zhǔn)確的決定，選擇密碼子同音異義詞的這個或那個含義（代碼），或者做出關(guān)于核糖體沿著mRNA鏈在嚴(yán)格定義的距離上“跳躍”的決定。這適用于重新編碼三元組的情況。在這里，上下文的概念可能具有更大的參考，超越了語言框架。例如，在氨基酸饑餓或熱休克的情況下，生物系統(tǒng)將關(guān)鍵的生態(tài)生化緊急情況視為“情境”，需要立即或耗時的進(jìn)化適應(yīng)，隨后注入新的情境選擇氨基酸，隨后合成新的試驗(yàn)蛋白。一般來說，遺傳學(xué)家和分子生物學(xué)家對蛋白質(zhì)合成的態(tài)度可以而且必須發(fā)生相當(dāng)大的變化。這個過程不能再被看作是DNA，RNA，酶，核糖體蛋白質(zhì)，氨基酸和其他代謝物的純粹物理化學(xué)相互作用。我們有許多關(guān)于整個生物體及其部分（tis-sues，細(xì)胞和整個基因組）的多維智能的例子。
從歷史上看，與蛋白質(zhì)代碼相關(guān)的語言術(shù)語已經(jīng)應(yīng)用了很長時間，并且無處不在。也就是說，從上世紀(jì)60年代初開始，當(dāng)F. Crick和M. Nirenberg開始稱DNA分子為文本時。這是一個絕佳的期待;然而，F(xiàn). Crick和其他大多數(shù)人，直到現(xiàn)在都使用這個術(shù)語，將DNA，RNA和蛋白質(zhì)的文本方面理解為隱喻，借用或租賃語言學(xué)的知識淵源。讓經(jīng)典遺傳學(xué)家暫時假設(shè)這些應(yīng)用于染色體裝置的術(shù)語不是隱喻。然后邏輯將強(qiáng)烈表明蛋白質(zhì)合成系統(tǒng)和基因組具有次要的意識和智力或生物計算形式的等價物[14] [16]，承認(rèn)自然意識將真實(shí)的物理化學(xué)和量子行為結(jié)合在一個超級復(fù)雜的蛋白質(zhì)合成代謝網(wǎng)絡(luò)中。
雖然體內(nèi)基因組計算的想法只不過是一個模型，而且這個模型比僅僅將蛋白質(zhì)生物合成僅僅視為化學(xué)物理和生物化學(xué)要發(fā)達(dá)得多?；蚪M是智能的，在自己的規(guī)模和自己的范圍內(nèi)。這種意識形態(tài)的起源可以追溯到亞里士多德的預(yù)言[http://www.bibliotekar.ru/brokgauz-efron-ch/166.htm]和德里施[http://vikent.ru/author/2259/][17]。對于這個轉(zhuǎn)折點(diǎn)，即回到“因果結(jié)局”公式的新水平，經(jīng)典遺傳學(xué)還沒有準(zhǔn)備好。這限制了生物學(xué)家的思維，這是適得其反的。它是停滯的，我們都看到了它的結(jié)果：傳統(tǒng)的遺傳學(xué)和醫(yī)學(xué)不能也不會用舊的理論基礎(chǔ)戰(zhàn)勝癌癥、肺結(jié)核、艾滋病、衰老等。但是有一條出路。它在于認(rèn)真考慮基因組的新生物符號學(xué)或表觀遺傳學(xué)模型，這是本研究的主題。在這個方向上已經(jīng)做了很多工作。遺傳學(xué)的生物符號學(xué)方面在謝多夫和切巴諾夫的著作以及一些外國研究人員中得到了很好的代表[http://www.zanoza.lv/blog/gordon/430]。他們不僅看到了基因組的文本方面，還看到了它的美學(xué)方面：“在DNA的許多區(qū)域，他們發(fā)現(xiàn)了副歌，這是”帶有變化的曲調(diào)“，有節(jié)奏和有意義的迭代，類似于同音異義詞，詩歌押韻和音樂主題”。
DNA蛋白音樂現(xiàn)象值得特別注意。在西方世界，這種DNA和蛋白質(zhì)“音樂”的生產(chǎn)和銷售已經(jīng)達(dá)到了大規(guī)模。DNA和蛋白質(zhì)序列中的核苷酸和氨基酸根據(jù)特定算法用注釋指定。結(jié)果，他們得到的不是一堆混亂的聲音，而是和諧和音樂般的東西。嘗試將這些聲音用于治療目的。互聯(lián)網(wǎng)上任何現(xiàn)有的搜索引擎都會提供“DNA音樂”或“蛋白質(zhì)音樂”的鏈接列表。商人無視遺傳科學(xué)，不負(fù)責(zé)任地利用對遺傳結(jié)構(gòu)的波浪、音樂和符號功能的不完整理解來牟利。聽這種沒有適當(dāng)控制并預(yù)見可能的后果的“音樂”非常危險，因?yàn)檫@可能會將幾乎不為人知的波信息載體引入我們的代謝“DNA-蛋白質(zhì)反應(yīng)器”。
在自然突變過程（隨機(jī)場）中可以觀察到基因組的一些智能，其中混沌，隨機(jī)過程被認(rèn)為占主導(dǎo)地位，盡管混沌的概念，因?yàn)榻^對隨機(jī)性已成為過去。在DNA被發(fā)現(xiàn)之前，混沌突變過程據(jù)稱構(gòu)成了進(jìn)化的基礎(chǔ)，而“生物特征的模糊變異性”，根據(jù)達(dá)爾文的說法是進(jìn)化的“原材料”。值得記住的是，達(dá)爾文在他生命的盡頭意識到并承認(rèn)，將隨機(jī)變異性視為進(jìn)化的基礎(chǔ)是虛構(gòu)的。如果蛋白質(zhì)代碼包含并使用嚴(yán)格的智力結(jié)構(gòu)，如文本、閱讀、識別、確定、數(shù)理邏輯等，那么承認(rèn)似乎是很自然的，至少在其假設(shè)形式中：基因組和蛋白質(zhì)代碼都是用思想意識創(chuàng)造的，基因組是智能的。
染色體DNA操作中的隨機(jī)過程得到了優(yōu)化，也許隨機(jī)過程和決定論之間存在妥協(xié)?；蚪M突變的隨機(jī)性已經(jīng)得到了很好的研究。如果這種DNA突變影響蛋白質(zhì)和RNA編碼染色體區(qū)域（真染色質(zhì)），或者在據(jù)稱“非編碼”染色體DNA（異染色質(zhì)）突變的情況下，它們是中性的，則主要是有害的。令人驚訝的是，如果細(xì)胞控制語義方面，突變就會變得有益，并有助于智能的非達(dá)爾文進(jìn)化[18]。這種突變，由生物系統(tǒng)本身特別選擇和實(shí)施，很難說是隨機(jī)的。這些突變不一定為長期進(jìn)化提供原材料，或者它們可以在生物系統(tǒng)的單個生命周期內(nèi)快速參與。這些組合是有機(jī)體故意設(shè)定的。從免疫遺傳學(xué)研究的結(jié)果中可以清楚地看出;其中抗體的氨基酸序列，稱為Wu-Kabat序列（圖），由B淋巴細(xì)胞有意識地，深思熟慮地和預(yù)防性地選擇[14]。Wu-Kabat氨基酸序列多樣性是免疫球蛋白抗體抗原結(jié)合區(qū)V（D）J基因超變異性的結(jié)果。正如人們所假設(shè)的那樣，這種超變異性是由基因組有目的地（有意識地）和初步設(shè)置的，以在分子水平上“識別”抗原。首先，細(xì)胞及其基因組以某種神秘的方式掃描抗原，然后確定一組V（D）J基因的重組，用于定向選擇參與免疫球蛋白抗原結(jié)合序列的編碼氨基酸。V（D）J基因的行為與新達(dá)爾文主義的教條相矛盾，即種系中基因變異性的全部甚至在選擇發(fā)生之前就已經(jīng)存在。但請記住，在V（D）J基因的操作過程中，沒有關(guān)于氨基酸選擇的確切和即時的“決定”（沒有完全確定性），但是，也沒有絕對的隨機(jī)過程，因?yàn)橥蛔兪怯缮矬w本身控制的（設(shè)置）。換句話說，試驗(yàn)突變集與免疫球蛋白中的抗原結(jié)合結(jié)構(gòu)之間存在直接和反向關(guān)系。隨機(jī)性和規(guī)律性在這里是平衡的。
蛋白質(zhì)遺傳密碼是由智能創(chuàng)建的。讓我們跟隨斯賓諾莎和納利莫夫，考慮宇宙是自身的原因（“causa sui”）以及語言學(xué)的，即智能[19] [20]。然后免疫感受態(tài)細(xì)胞及其基因組有目的地、智能地利用隨機(jī)性，創(chuàng)建具有某些語義的相關(guān)遺傳文本，從而產(chǎn)生足夠的免疫反應(yīng)。
自然，這種基因組智能在給定和有限的免疫問題范圍內(nèi)運(yùn)作，其范圍是人類大腦的智能無法比擬的。因此，這證明了生物系統(tǒng)分形的一般概念，包括基因 - 細(xì)胞 - 組織 - 器官和生物體智能。我們看到同一智力、意識和心態(tài)現(xiàn)象在不同尺度上的非線性、分形迭代，這取決于生物系統(tǒng)組織的考慮水平。這些水平是生物體，器官，組織，細(xì)胞和基因組。智力、意識和心態(tài)可以看作是生物系統(tǒng)與環(huán)境進(jìn)行自我調(diào)節(jié)的方式，以確保其完整性、生存和進(jìn)化。言語手段（大腦/大腦皮層）和準(zhǔn)言語（基因組）智力是實(shí)現(xiàn)這一目標(biāo)的方法。
人們會受到泛神論的啟發(fā)，并認(rèn)為遺傳裝置和所有生物體都是造物主行為的結(jié)果。因此，有機(jī)體中的一切都是智能的。我們可以把它留在那里。但這是極端的，因?yàn)檫@樣我們就對一切有一個答案，但沒有詳細(xì)的東西。這是一個通用的“黑匣子”。任何問題都可以被要求輸入，并提供與輸出相同的所謂正確通用答案。這是不正確的。需要基于語言波遺傳學(xué)（LWG）對染色體操作進(jìn)行真正的研究。已經(jīng)取得了有希望的結(jié)果，這些結(jié)果將在?www.wavegenetics.org?簡要介紹。例如，已經(jīng)進(jìn)行了眼睛視網(wǎng)膜的再生，恢復(fù)了視覺，從現(xiàn)在開始，將受傷的脊髓和大腦再生到其全部功能是可行的。所有這些成就都有相同的核心——基于對遺傳裝置運(yùn)作的完全不同的理解，對干細(xì)胞基因組進(jìn)行編程。前景遠(yuǎn)遠(yuǎn)超出了醫(yī)學(xué)：推出量子生物計算機(jī)，通過染色體的準(zhǔn)智能運(yùn)行;創(chuàng)建生物互聯(lián)網(wǎng);深空通信等的發(fā)展所有這些成就和機(jī)會都是可能的，不僅因?yàn)檫z傳信息的語言方面，而且由于其量子，波的維度。這些屬性是生物系統(tǒng)的染色體裝置所固有的，作為一種作為DNA和RNA的波當(dāng)量（幻影）作為基因組量子生物計算機(jī)的最高信息系統(tǒng)的能力[21]。
7. 新型核酸記憶——遺傳編碼的新策略
7.1. DNA 和 RNA 幻影
DNA幻影形成現(xiàn)象是由P. P. Gariaev于1984年在蘇聯(lián)科學(xué)院物理和技術(shù)問題研究所發(fā)現(xiàn)的[7] [12]。這種現(xiàn)象是關(guān)于DNA在機(jī)械移動到另一個位置后留下的痕跡。痕跡留在物理DNA的原始位置。關(guān)聯(lián)激光光譜的方法允許通過記錄不僅來自DNA分子的光擴(kuò)散，而且從DNA痕跡（所謂的DNA模型）中記錄光擴(kuò)散來檢測其。這些DNA痕跡 - 幻影顯示出對試圖用純氮“吹走”的抵抗力，它們消失了，但在5-7分鐘后再次回來。他們“活”了大約40天。40 天后，設(shè)備無法再注冊它們。使用同樣的方法，1990年，斯坦福大學(xué)的R. Pecora團(tuán)隊(duì)在DNA的短限制性片段溶液中發(fā)現(xiàn)了相同的現(xiàn)象。這種DNA制劑的光擴(kuò)散與物理學(xué)和數(shù)學(xué)的經(jīng)典術(shù)語所期望的有所不同。作者注意到了這種區(qū)別，但沒有解釋，然后被命名為“模仿塵埃效應(yīng)” [22]。在這些實(shí)驗(yàn)中，當(dāng)激光束掃描時，只有沒有任何雜質(zhì)的DNA限制性片段溶液表現(xiàn)出一種奇怪的行為，就好像它含有一些外來的塵埃狀顆粒一樣。
這種模仿的灰塵使作者感到困惑，他們未能找到任何合理的解釋來解釋這種異常。也許，與我們在這種情況下相同的解釋也適合他們。在DNA片段在水中的布朗運(yùn)動過程中，它們會留下痕跡 - 幻影，這為光擴(kuò)散提供了這種額外的異常貢獻(xiàn)。
類似的東西是典型的RNA分子。馬克斯普朗克研究所的一個研究小組在諾貝爾獎獲得者M(jìn). Eigen和其他研究人員的指導(dǎo)下發(fā)現(xiàn)，酶Qb復(fù)制酶（RNA依賴性RNA聚合酶噬菌體Qb）能夠在沒有RNA模板的情況下以100-300個核苷酸（所謂的6S RNA）的短片段形式合成RNA分子[23]。從分子生物學(xué)和物理學(xué)的角度來看，這基本上是不可能的。對RNA雜質(zhì)的嚴(yán)格控制表明它們完全不存在。重要的是，RNA的異常合成不會像使用通常的RNA模板時那樣立即開始，而是在8小時的滯后期之后。也許，在這種情況下，RNA幻影的功能與所謂的DNA幻影相似。這種無模板的幻影6S RNA合成尚未得到解釋。
這種DNA和RNA幻影的自然和生物學(xué)作用是什么？已經(jīng)根據(jù)全息術(shù)原理進(jìn)行了解釋這一點(diǎn)的首次嘗試[24]。將這些現(xiàn)象視為偶然的副作用是不合理的。DNA幻影具有強(qiáng)大的調(diào)節(jié)功能也有直接的實(shí)驗(yàn)證明。當(dāng)光譜儀中的天然DNA制備物通過暴露于熱（~90攝氏度）而變性以誘導(dǎo)其特殊的動態(tài)行為時 - 然后逐漸冷卻到20攝氏度然后去除，然后DNA模型誘導(dǎo)位于同一冷卻光譜儀中的相同天然DNA的另一種制備，表現(xiàn)得好像該制劑也經(jīng)歷了變性[12] .由于天然生成的DNA模型的多態(tài)性和可預(yù)測性很小，因此很難使用它們。
我們已經(jīng)開發(fā)了激光生成DNA模型和伴隨二次輻射的技術(shù)，使用特殊的氦氖激光器掃描DNA制備[11] [24]。二次輻射被命名為調(diào)制寬帶電磁輻射（MBER）。發(fā)現(xiàn)MBER-DNA-Phantoms可以長距離傳輸活躍的形態(tài)發(fā)生信息。在莫斯科（2000），多倫多（2001）和下諾夫哥羅德（2007），這種現(xiàn)象使我們能夠成功地在人工Alloxan毒素誘導(dǎo)的糖尿病后進(jìn)行大鼠胰腺的遠(yuǎn)程再生[25] [26]。這是由一個獨(dú)立的研究小組認(rèn)證的[27]。
2010年，諾貝爾獎獲得者呂克·蒙塔尼耶（Luc Montagnier）的團(tuán)隊(duì)進(jìn)行了DNA模型的生成和遠(yuǎn)程傳輸，但是，他們使用了自己的方法[28]。Luc Montagnier等人從DNA的短片段（102個核苷酸對）中讀取一些電磁信息并將其傳輸?shù)郊兯校髞硭麄兪褂煤塑杖姿猁}對DNA的原始短片段進(jìn)行了復(fù)制和擴(kuò)增反應(yīng)，沒有DNA的材料模板。與Qb-repli-case無模板RNA合成相比，這是基于其電磁模型的DNA無DNA模板PCR合成。Luc Montagnier等人沒有提供他們檢測物化DNA模型的方法的任何細(xì)節(jié)，據(jù)我們所知，沒有人重復(fù)他們的實(shí)驗(yàn)。我們已經(jīng)提供了獲取MBER-DNA-Phantom的技術(shù)方法及其在DNA無模板PCR合成中的應(yīng)用[29]。L. Montagnier團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)的DNA幻影的性質(zhì)從物理學(xué)的角度來看仍然不完全清楚。我們生產(chǎn)的MBER-DNA幻影可以從全息術(shù)的角度進(jìn)行解釋[14]。也許，DNA和RNA幻影是一種染色體的表觀遺傳量子衍生物，就像古爾維奇的生物場理論一樣;這可能是遺傳信息的主要儲存庫。MBER-DNA-幻影的生物（遺傳）活性已被我們和其他獨(dú)立研究人員證明[26] [30]。值得注意的是，M. Pitkanen的觀點(diǎn)是，遺傳密碼和DNA幻影可以從幾何拓?fù)鋭恿W(xué)的角度解釋為宇宙計算的表現(xiàn)[31]。
7.2. DNA、核糖體和膠原蛋白的非線性動力學(xué)
1984年，在蘇聯(lián)科學(xué)院物理和技術(shù)問題研究所，應(yīng)用激光相關(guān)光譜，P. Gariaev發(fā)現(xiàn)了DNA，核糖體（大腸桿菌的50S亞粒）和膠原蛋白的反復(fù)記憶現(xiàn)象[7] [12]。具有嚴(yán)格周期性的DNA，核糖體和膠原蛋白的體外制備產(chǎn)生了時間自相關(guān)函數(shù)形式的同構(gòu)振動譜。事實(shí)上，這些準(zhǔn)備工作輻射出具有迭代頻譜內(nèi)容的聲場，與非迭代交替。非線性振動系統(tǒng)中的這種行為被稱為“費(fèi)米-意大利面-烏拉姆復(fù)發(fā)”（FPU），以物理學(xué)家的名字命名，他們在1956年發(fā)現(xiàn)了這種現(xiàn)象[32]。這是至關(guān)重要的，被認(rèn)為是非線性系統(tǒng)初始激勵模式的記憶，并且是孤子類型（非耗散孤立波，既不先于也不在另一個此類擾動之后）。在長距離輸電線路、神經(jīng)沖動、電磁發(fā)生器、DNA、核糖體和膠原蛋白的振動動力學(xué)以及許多其他波過程中都可以觀察到 FPU 復(fù)發(fā)。
我們設(shè)計了一種電磁發(fā)生器，其輻射光譜發(fā)生FPU復(fù)發(fā)。有了這個，我們成功地實(shí)現(xiàn)了從非洲爪蟾胚胎的形態(tài)發(fā)生信息的遠(yuǎn)程傳輸?shù)椒侵拮冈缙谠c外胚層的制備，隨后發(fā)生了一組神經(jīng)和中胚層衍生物的形態(tài)發(fā)生 - 神經(jīng)管，肌肉和腸的前身[7] [10]。事實(shí)上，這是早期原腸胚層全能細(xì)胞的第一次遠(yuǎn)程電磁編程，也是以物理場形式存在遺傳信息的證明之一，正如 A.G. Gurvich 在上世紀(jì) 20 秒至 40 秒預(yù)測的那樣。染色體DNA水平上的FPU復(fù)發(fā)可以被認(rèn)為是循環(huán)波表觀遺傳記憶的一種形式，它被生物系統(tǒng)用來再生器官和組織 - 人類肝臟，蟹爪，頭足類動物的觸手，渦蟲的身體，植物再生等。
7.3. 微核糖核酸（miRNA）。潛在角色
存在相當(dāng)大的一類所謂的miRNA[http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA]，它們長21-22個核苷酸。這種短的聚核糖核苷酸本身幾乎無法承載任何信息。但盡管如此，miRNA的重要性仍然非常高，并且可以對基因表達(dá)產(chǎn)生積極和消極的影響，這取決于miRNA-mRNA配對如何影響mRNA的二級結(jié)構(gòu)，從而也直接或間接地控制其他調(diào)控因素的結(jié)合。一些miRNA可以調(diào)節(jié)非編碼RNA的活性。MicroRNA也可能在不與核酸靶標(biāo)配對的情況下發(fā)揮作用，例如，通過與其他RNA競爭蛋白質(zhì)結(jié)合。微RNA是一大組結(jié)構(gòu)元件，其功能通常是眾所周知和重要的，但調(diào)控miRNA本身的戰(zhàn)略機(jī)制尚不清楚。盡管具有微小的尺寸，miRNA執(zhí)行重要的調(diào)節(jié)工作，例如抑制mRNA翻譯而不會破壞其穩(wěn)定性。今天，關(guān)于miRNA強(qiáng)大調(diào)控功能的新實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)正在迅速增加。這對研究人員來說是一個問題，因?yàn)槟壳吧胁磺宄iRNA是如何，什么或由誰調(diào)節(jié)的，因?yàn)楸举|(zhì)上它們執(zhí)行調(diào)節(jié)生物系統(tǒng)中代謝的準(zhǔn)智能工作。這是關(guān)于小成分如何調(diào)節(jié)新陳代謝的無數(shù)戰(zhàn)術(shù)變體的偉大理論問題的一部分。在這方面，miRNA也不例外。
與miRNA本身的調(diào)控問題類似，是移動遺傳元件的準(zhǔn)確轉(zhuǎn)位，tRNA準(zhǔn)確而遙遠(yuǎn)地易位到相關(guān)密碼子，抗原抗體識別，限制性內(nèi)切酶識別結(jié)合位點(diǎn)，病毒受體在細(xì)胞膜上尋找結(jié)合位點(diǎn)，以及p53蛋白靶向其多個操作位點(diǎn)的含義， 等。我們可以舉出無數(shù)在細(xì)胞內(nèi)液晶基質(zhì)空間內(nèi)準(zhǔn)智能組織相互作用的例子。這是分子尺度的。然而，在群體行為的層面上也可以看到同樣的情況，例如蜜蜂在建造梳子時互動，螞蟻創(chuàng)造巢穴，白蟻創(chuàng)造山丘等。這是某種“集體無意識”或高級組織智能原則的表現(xiàn)嗎？不知道。也許，對這種現(xiàn)象的簡單解釋在于語言波遺傳學(xué)的原理。通過假設(shè)遺傳文本的短語不是隱喻，我們自然而然地必須接受這種文本的語法概念，不一定與人類語言相似，根據(jù)N.Khomskiy的說法，人類語言是普遍的。
[http://www.textfighter.org/raznoe/Linguist/homsk/homskii_n_aspekty_teorii_sintaksisa_lingvistiki.php]。遺傳文本的語法就像“通用世界語”一樣，有其自身的特定特征，將它們與自然語言區(qū)分開來，但與之相關(guān)[28]。我們可以假設(shè)miRNA代表了一個復(fù)雜的遺傳文本標(biāo)點(diǎn)符號和其他符號符號生成系統(tǒng)，這為意義設(shè)定了新的領(lǐng)域，這取決于DNA和RNA的文本靶標(biāo)如何受到miRNA的影響。如果我們將基因組視為量子生物計算機(jī)，執(zhí)行意識智能和語音（文本）的基本行為，這是合理的[21]。
7.4. 三胞胎蛋白密碼簡并同義策略的存在能否通過實(shí)驗(yàn)證明？
本研究的主要思想是，蛋白質(zhì)合成（遺傳密碼）的經(jīng)典模型包含對蛋白質(zhì)三重密碼的雙重同義-同義簡并的誤解的戰(zhàn)略錯誤。在科學(xué)文獻(xiàn)中，沒有關(guān)于密碼子-密碼子mRNA共線性以及由它們編碼的所得蛋白質(zhì)組成中的相應(yīng)氨基酸和終止位置的詳細(xì)證據(jù)。如果有詳細(xì)的證據(jù)，就可以明確非同義密碼子（同音異義詞）的作用。唯一已知的病例是鐮狀細(xì)胞性貧血中血紅蛋白（HbS）蛋白中的密碼子和氨基酸替代，盡管已經(jīng)進(jìn)行了許多關(guān)于密碼子替代的工作，但根據(jù)現(xiàn)有的科學(xué)文獻(xiàn)，尚未進(jìn)行共線性的比較分析。
有了一定程度的置信度，我們可以預(yù)測不同蛋白質(zhì)的相同密碼子同音異義詞，甚至在大蛋白質(zhì)的mRNA中，會（以一定百分比）編碼不同的氨基酸或終止位置，這取決于mRNA的背景。這將是蛋白質(zhì)代碼模糊簡并的理論論據(jù)之一。雖然，蛋白質(zhì)代碼模型的作者從一開始就通過實(shí)驗(yàn)證明了同義編碼的模糊性，因?yàn)樗麄冏C明了UUU密碼子同時密碼苯丙氨酸和亮氨酸，這與他們明確編碼蛋白質(zhì)氨基酸的教條相反。最近有進(jìn)一步的證據(jù)，UGA密碼子可能同時編碼一種變形蟲中的硒代半胱氨酸和半胱氨酸，并且作為同音異義詞，它破譯了動物細(xì)胞中的停止位置[33]。此類出版物的數(shù)量將不可避免地繼續(xù)增長。
一半密碼子的同義可以間接證明，無需昂貴的實(shí)驗(yàn)，遵循以下邏輯。具有小上下文大小的短mRNA將編碼的不是單個肽，而是幾個肽，因?yàn)殡S著mRNA的縮短，其上下文歧義也會增加，例如，對于像“條帶”這樣的詞。如果沒有上下文，這個同音詞將有幾個潛在的含義。如果您添加字母“ha”并具有“ha...band“——語境太短，含義不會被揭示，歧義會保留，但如果你有”發(fā)帶“，含義的歧義就會消失，讓我們有明確的意義——我們說的是哪個樂隊(duì)變得很清楚。
根據(jù)[34]的研究結(jié)果，作者使用兩個七密碼子RNA模板實(shí)現(xiàn)了額外肽級分的生物合成。也就是說，使用了兩個生物學(xué)功能（上下文）不清楚的短人工mRNA序列。他們預(yù)先確定了兩種以上肽的生物合成，這是不尋常的。合成的體外肽獲得的質(zhì)譜圖的展寬增加證明了這一點(diǎn)，這證明了具有可變氨基酸組成的額外“計劃外”肽的合成。除此之外，在質(zhì)譜中還發(fā)現(xiàn)了其他峰，顯示質(zhì)量偏差。這也證實(shí)了“計劃外”肽的合成。這也說明了關(guān)鍵點(diǎn) - 多種肽的上下文依賴性合成。在具有已知生物學(xué)功能的純肽的對照光譜中未觀察到類似的質(zhì)量偏差。這種方法可能是證明蛋白質(zhì)（遺傳）密碼簡并的同義策略的關(guān)鍵。
證明基因組其他表觀遺傳功能的另一種策略是由Lolle等人的研究[35]提出的。這項(xiàng)研究在遺傳學(xué)上引起了很大的干擾，因?yàn)樗陌l(fā)現(xiàn)質(zhì)疑了孟德爾看似無可爭辯的定律。關(guān)于這個問題的討論已經(jīng)進(jìn)行了十多年。作者的觀點(diǎn)是，“擬南芥”植物是隱性突變基因HOT HEAD5（HTH）的純合子，可以遺傳等位基因特異性信息，這些信息在其父母的基因組中不存在，但在前幾代中已經(jīng)存在。這證明了一個早期的未知過程，它發(fā)生在所考慮的DNA序列的所有多態(tài)性中，因此，似乎是額外基因組遺傳的通用機(jī)制。作者假設(shè)“這些恢復(fù)的遺傳現(xiàn)象是使用序列模板的神秘存儲”RNA緩存假說“（”隱藏RNA“）的模板定向機(jī)制的結(jié)果。請注意，這種“隱藏的RNA”尚未被發(fā)現(xiàn)。
從語言波遺傳學(xué)的角度來看，這種現(xiàn)象有兩種解釋。第一個是突變基因的位點(diǎn)包括基因本身，被可變核苷酸組成的DNA序列包圍。這些序列為 mRNA 提供了不同的上下文，包括那些改變同音異義三元組含義的序列，盡管該同音異義三元組在編碼雙聯(lián)體的 mRNA 序列中具有核苷酸穩(wěn)定性。因此，與初始突變體相比，該基因的蛋白質(zhì)產(chǎn)物將包括另一種氨基酸（或觸發(fā)停止位置）。這將是另一種可能導(dǎo)致植物表型恢復(fù)到其祖先形式的蛋白質(zhì)。不幸的是，作者沒有給出HOTHEAD基因的密碼子逐個分解，并且不知道突變的密碼子是代表同義詞還是同音詞。尚未對突變體和祖先基因的蛋白質(zhì)產(chǎn)物進(jìn)行比較測序，這可以顯著幫助確定同音異義詞在代碼中的作用。擬南芥表型逆轉(zhuǎn)的另一種解釋是，祖先基因以幻影DNA或RNA的形式存在，并通過植物的復(fù)制系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)，因?yàn)樗l(fā)生在體外[29] [36] [37]。重要的是，DNA模型在時間和空間上是穩(wěn)定的，并且可以通過PCR系統(tǒng)（未發(fā)表的數(shù)據(jù)）一致地復(fù)制（具體化）。
8. 結(jié)論
在其存在的 50 年中，F(xiàn). Crick-M 的教條化被封圣。Nirenberg的蛋白質(zhì)遺傳密碼三重模型，與基因組操作的新實(shí)驗(yàn)事實(shí)和新的理論分析相矛盾。以前的代碼模型的主要缺點(diǎn)是誤解和否認(rèn)代碼的模棱兩可的同義詞-同義詞退化，即真正的語言方面，即準(zhǔn)智能。實(shí)際上，這導(dǎo)致了“基因工程”——對染色體DNA文本的災(zāi)難性操作。現(xiàn)在我們有對人類有危險的產(chǎn)品——轉(zhuǎn)基因食品，以及具有人工基因組的Synthia。過時的遺傳學(xué)和分子生物學(xué)的另一個局限性是，即使是對三重蛋白密碼的正確解釋也只是冰山一角。還有其他層次的“額外基因組編碼”，稱為表觀遺傳學(xué)，然而，這些也保留在舊的和不正確的蛋白質(zhì)代碼模型的Procrustean床中，尋找相同的，不太了解的蛋白質(zhì)合成設(shè)備的新調(diào)節(jié)機(jī)制。
彼得·彼得羅維奇·加里亞耶夫（21，60）“>21]。這里的未來是研究DNA和RNA的幻影功能。遺傳學(xué)的未來在于探索DNA操作的量子非局域性原理，揭示自己為FPU，全息和幻影類型的DNA記憶，這些是生物系統(tǒng)起源及其再生能力的主要指令。現(xiàn)在是時候更深入地研究基因組的這些特殊的、新的、反射性的功能了。這是對人類進(jìn)化的全新水平的超越。
附錄：遺傳密碼表
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