1. 在蛋白質(zhì)中磷酸化位點分析時應該注意些什么問題？

覆蓋率：覆蓋率越高，檢測和鑒定含有修飾基團的肽幾率就越大。 修飾位點的占有率：被修飾的蛋白質(zhì)的百分比低，則檢測到修飾肽的機會會隨之減少。如果百分比較高（> 30％），則有助于識別修飾位點。

2. 如何增加覆蓋范圍以定位磷酸化或甲基化位點？

首先，請注意，由于蛋白質(zhì)序列的獨特性，每種蛋白質(zhì)在高序列覆蓋率下都有不同的定位潛力。 蛋白質(zhì)的覆蓋率可通過以下方式增加： a）有數(shù)量相對較多的蛋白質(zhì)（最好> 5μg蛋白質(zhì)）用于質(zhì)譜分析； b）確保蛋白質(zhì)是高純度的； c）可通過使用多種質(zhì)譜儀器/技術進行分析； d）可使用TiO2柱對磷酸化蛋白進行富集

3. 糖基化位點會抑制蛋白質(zhì)樣品的鑒定嗎？

在蛋白質(zhì)的純度和濃度很高的情況下，基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)鑒定仍然是最佳選擇。但是，糖鏈（CHO）會通過以下機制破壞基于質(zhì)譜的鑒定： a）糖鏈可阻斷胰蛋白酶裂解； b）多變的糖鏈分子量，會降低對糖肽的檢測； c）解決方式：在凝膠上樣和質(zhì)譜分析之前，用N-聚糖酶（如PNGaseF）對N-linked糖鏈進行水解。

4. 我想對蛋白質(zhì)中潛在的磷酸化位點進行初步分析。您公司費用最低的先關服務是什么？ 有哪些限制？您有合適的建議嗎？

我們成本最低的初步分析是對來自凝膠或高純度制劑的純蛋白質(zhì)使用MALDI-TOF/TOF的方法進行分析。 局限性：如果蛋白質(zhì)很大，蛋白質(zhì)不純或產(chǎn)量低（<500 ng），蛋白質(zhì)的覆蓋率也會很低。 建議：如果能夠提供高質(zhì)量的樣品，可大大降低初步分析的成本。（詳情請咨詢）