經(jīng)過漫長的課題設(shè)計、樣本收集、組織解離和建庫測序之后，單細胞實驗環(huán)節(jié)終于落下帷幕?？蒲芯齻兘K于長長地松了一口氣，念崢嶸歲月，嘆課題多艱。然而，他們很快發(fā)現(xiàn)，前方會面臨下一個更艱巨的問題：?這單細胞數(shù)據(jù)這么多，要怎么分析?。?我是不是得學(xué)?Linux、Python、R…. ??這個?Seurat?的包要怎么用？？我畫的圖怎么沒有文獻上的好看？？？

在此情急之刻，博奧晶典強勢推出了無代碼一鍵式單細胞數(shù)據(jù)可視化及高級分析的軟件?——?CellScope。

于是乎，有科研君驚呼：吾盼無代碼一鍵式單細胞分析，如大旱望甘霖！

1. 什么是CellScope？??

CellScope 是博奧晶典用于單細胞生物信息學(xué)分析的交互式云平臺，可輕松實現(xiàn)單細胞高級分析，自由調(diào)整結(jié)果圖的顏色風(fēng)格，輸出發(fā)文級精美圖片。從此單細胞數(shù)據(jù)分析無需敲代碼，打開網(wǎng)頁一鍵點擊即可搞定。

圖1.? CellScope 登錄頁面，輸入賬號和密碼，即可開啟分析

2. 為什么用 CellScope？??

在自己進行生信分析或者與生信分析人員溝通的過程中，通常會遇到各種各樣的問題，令人頭大。CellScope 就是針對單細胞測序數(shù)據(jù)分析的難點和痛點來研發(fā)的一鍵式無代碼分析平臺，將難點一一擊破，致力于將單細胞分析向標準化、簡單化、個性化發(fā)展。?

1. 單細胞分析難點：需要學(xué)習(xí) Linux、R、Python 等語言

CellScope 解決方案：無代碼一鍵式分析，操作簡單，方便快捷

將單細胞表達矩陣數(shù)據(jù)上傳至 CellScope，即可開啟一鍵分析模式。CellScope 網(wǎng)頁界面友好，操作簡便，分析內(nèi)容多樣，查看結(jié)果方便。您無需費力學(xué)習(xí)各類語言，不必掌握大量生信代碼即可放心實現(xiàn)單細胞數(shù)據(jù)的高級分析。

Linux 系統(tǒng)

CellScope 網(wǎng)頁

圖2? CellScope 界面友好，操作簡便，不需要學(xué)習(xí)代碼

2.?單細胞分析難點：每種個性化分析都要重新學(xué)習(xí)對應(yīng)的軟件包

CellScope 解決方案：不需要學(xué)習(xí)對應(yīng)軟件，只需一鍵點擊即可

單細胞的分析軟件往往是由多個軟件包構(gòu)成，即使您在已經(jīng)掌握大量生信代碼的前提下，也需要耗費大量精力研究清楚每個分析語句的具體含義、更改參數(shù)引起的結(jié)果變化以及出現(xiàn)報錯時候的 Bug 來源等。CellScope 針對每個分析軟件設(shè)置獨立的分析流程，您無需理解每個軟件包和每個分析語句的含義即可順利開展單細胞生信分析。

使用 Seurat 進行細胞聚類

使用 CellScope 進行細胞聚類

圖3 CellScope 只需一鍵點擊即可開始分析

3.?單細胞分析難點：與生信人員溝通困難，所得非所需

CellScope 解決方案：想要什么自己來點，規(guī)避無效溝通

在單細胞數(shù)據(jù)分析過程中，經(jīng)常會碰到針對某個亞群進行單獨分析的情況，此時需要與生信分析人員仔細溝通所用的細胞類群，一旦沒有溝通到位，使用的數(shù)據(jù)出錯，即便已得出結(jié)果也不能使用，還需要重新返工。使用 CellScope 自主分析就繞過了繁瑣的溝通過程，一鍵分析，不會出錯。

4.?單細胞分析難點：用不同的參數(shù)做多次分析，會重復(fù)收費

CellScope 解決方案：想換什么參數(shù)點擊即可更換

在單細胞數(shù)據(jù)分析時，參數(shù)的變化會帶來不同的分析結(jié)果。在不了解代碼的情況下，我們想要獲得最完善的結(jié)果，呈現(xiàn)最滿意的結(jié)果圖就只能望洋興嘆。CellScope 將分析所需調(diào)整的參數(shù)直接做成交互式窗口，您可以根據(jù)需求自行調(diào)整參數(shù)值，以達到最佳的分析結(jié)果。

圖4 ?CellScope 可一鍵修改參數(shù)

5.?單細胞分析難點：售后不到位，無法滿足分析需求

CellScope 解決方案：幾十種小工具可供選擇，包攬大多數(shù)單細胞常用分析

CellScope 現(xiàn)已包含 30 多項高級分析工具，如重分群聚類、擬時序分析、細胞互作分析、Single R 注釋、GSVA 富集分析、小提琴圖、marker 基因熱圖、GO 富集分析、KEGG 富集分析、細胞比例分析等超高頻使用的分析模塊。以上分析工具基本已經(jīng)涵蓋目前單細胞文獻中的所有分析內(nèi)容，擁有 CellScope 在手，各類分析無憂！

圖5 CellScope 分析工具示例

6.?單細胞分析難點：代碼不熟悉，畫出的圖配色和排版不美觀

CellScope 解決方案：圖片采用專業(yè)配色方案，直接達到發(fā)文需求

在閱讀單細胞經(jīng)典文獻的時候，我們經(jīng)常感嘆文獻中的配圖明顯比自己項目的圖片好看，那么好的實驗結(jié)果不能匹配一張精美的圖片，就如同一位等待相親的妙齡美女沒有一身好看的華裳，實在是莫大的遺憾。CellScope 可以隨意調(diào)節(jié)圖片的配色、大小、排版等，使您的結(jié)果圖片直接達到發(fā)文級別。

圖6 ?CellScope 中可以隨意調(diào)節(jié)圖片配色、大小、排版等設(shè)置

CellScope 細胞分群注釋圖示例 ??

Cell 文獻中的分群圖示例

CellScope 中細胞互作分析??

文獻中的細胞互作分析

圖7? CellScope 產(chǎn)出文章發(fā)表等級的圖片

3.?總結(jié)?

生信分析是一個工具，歸根結(jié)底，我們的目的是使用這個工具，發(fā)掘更深的科學(xué)問題，尋找更便捷、更能滿足客戶需求的解決方案。

表1 ?CellScope 單細胞生信分析云臺解決方案總結(jié)

為了回饋客戶，博奧晶典特推出“單細胞生信云平臺 CellScope 賬號免費送” 活動，細則如下：

單細胞生信云平臺?

CellScope 賬號免費送

·活動時間截止到2022年12月31日;·活動內(nèi)容1. 2022 年度內(nèi)，在博奧晶典開展單細胞轉(zhuǎn)錄組測序的樣本數(shù)量累計超過 20 個的客戶，博奧晶典將免費贈送價值 120000 元的單細胞生信云平臺 CellScope 賬號一個。2. 2022 年度內(nèi)，在博奧晶典開展單細胞轉(zhuǎn)錄組測序的樣本數(shù)量累計超過 8 個，可以免費試用賬號 1 個月。3. 同時，博奧晶典將提供以下更多福利：（1）免費參加培訓(xùn)并免費領(lǐng)取 CellScope 各類單細胞高級分析工具操作教學(xué)視頻；（2）每月定期培訓(xùn)答疑。

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·活動內(nèi)容參與活動請聯(lián)系博奧晶典當?shù)劁N售報名。數(shù)量有限，報名從速！

博奧晶典科研服務(wù)事業(yè)部 曹巾帥丨文案

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