eDNA放大招:看完這篇文獻,你的茶包還香嗎?
eDNA在過去幾年徹底改變了生物監(jiān)測領域,一起來看它在生活中的應用吧。節(jié)肢動物(無脊椎動物,如昆蟲、甲殼類等)在全球生態(tài)系統(tǒng)平衡維護中發(fā)揮重要作用。eDNA作為傳統(tǒng)節(jié)肢動物監(jiān)測的替代方案發(fā)揮出巨大的潛力。
最近一項發(fā)表于《Biolo gy Letters》(生物學通訊)的研究表明,干植物材料含有豐富的昆蟲類eDNA痕跡,是一種前景十分廣闊的材料。 該研究發(fā)現(xiàn)在日常生活中使用非常多的茶包中竟然隱藏了400多種昆蟲的DNA! !
1.樣本來源
4種來自當?shù)厣痰甑母稍镏参飿颖?0份(綠茶茶包、甘菊、薄荷葉和歐芹)
2.引物情況
引物情況:研究根據(jù)
Drosophila melanogaster
(黑腹果蠅)線粒體基因組設計了三對COI基因引物,具體如下:
3.研究結果
樣本中總共發(fā)現(xiàn)3264個節(jié)肢動物OTUs(3綱22目281科1068屬1279種),包括食草動物、捕食者、寄生性動物和碎屑性動物。每個單獨樣品平均回收200多個OTU,其中綠茶的平均OTU數(shù)最高。雖然大部分OTUs可能來源于收獲前的田間,但也發(fā)現(xiàn)了少量代表典型貯藏害蟲的OTUs,它們可能是在加工和干燥后進入樣品的。
圖1??三種引物組合的比較
圖2??樣品中回收的節(jié)肢動物的分類組成
看到這里,手里的的茶包頓時感覺不香了?!
別怕!檢測出OUTs并不代表茶葉中有這些昆蟲的碎片,它們可能只是在葉片上小憩一下~因此,茶包里檢測到的DNA,只能證明該DNA的主人曾經出現(xiàn)在這個環(huán)境中,但不表示它現(xiàn)在依然在這個茶包里。
本研究證實了eDNA可適用于干燥的植物樣本,關注昆蟲與植物的互動、追蹤害蟲的傳播的老師們,eDNA走起來啦~ 普大喜奔
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參考文獻 The bug in a teacup—monitoring?arthropod–plant associations with?environmental DNA from dried?plant material.Biology Letters,2022.