蛋白定量質(zhì)譜就是利用質(zhì)譜技術(shù)進(jìn)行蛋白質(zhì)含量分析，其基于所檢測(cè)到的肽段離子的質(zhì)譜峰強(qiáng)度結(jié)合理論數(shù)據(jù)庫(kù)以及生物信息學(xué)分析方法來(lái)計(jì)算蛋白質(zhì)的含量。根據(jù)質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集方式可以將蛋白質(zhì)定量方法分為DDA策略和DIA策略，DDA策略采用數(shù)據(jù)依賴型掃描模式對(duì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行采集，盡可能多的收集全部母離子的碎片信息，是一種非靶向定量技術(shù)，Label Free、SILAC、TMT以及iTRAQ等技術(shù)就是典型的基于DDA模式的蛋白質(zhì)定量技術(shù)。DIA策略采用數(shù)據(jù)非依賴型掃描模式對(duì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行采集，是一種靶向定量蛋白質(zhì)技術(shù)，該方法對(duì)質(zhì)譜儀的分辨率等性能要求更高，定量結(jié)果也更準(zhǔn)確，SWATH定量技術(shù)就是典型的DIA蛋白質(zhì)定量技術(shù)。