利用Rstudio 來繪制泡泡圖
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今天小果通過Rstudio來繪制泡泡圖，我是通過網(wǎng)頁版的Rstudio繪圖步驟如下：
1.登錄網(wǎng)頁版的Rstudio
在瀏覽器輸入網(wǎng)址http://221.229.212.4:8760/，就可以出現(xiàn)登錄界面。
2.輸入服務器用戶名和密碼就可以登錄網(wǎng)頁版的RStudio，界面如下：
3.導入數(shù)據(jù)
第一種方法? 通過絕對路徑讀取
tmp<-read.table(“/media/desk16/wangd/GSEA_pathway.txt”,header=T)
第二種方法? 通過所在的路徑創(chuàng)建項目，如下面圖片所示：
#通過點擊New Project來創(chuàng)建，如果存在可以直接點擊OPen Project,創(chuàng)建成功后直接讀取數(shù)據(jù)就可以，不需要輸入絕對路徑。#數(shù)據(jù)導入成功后，可以通過點擊文件變量名(tmp)查看數(shù)據(jù)。
4.代碼展示
#導入需要的R包
library(ggplot2)
library(tidyverse)
library(ComplexHeatmap)
# 設置顏色
darkblue <- "#303B7F"
darkred <- "#D51113"
yellow <- "#EECA1F"
#讀取數(shù)據(jù)
tmp<-read.table("/media/desk16/wangd/GSEA_pathway.txt",header=T)
my_palette <- colorRampPalette(c(darkblue,yellow,darkred), alpha=TRUE)(n=128)
ggplot(tmp, aes(x=tumor,y=gene)) +
? geom_point(aes(size=-log10(FDR),color=NES)) +
? scale_color_gradientn('NES',
??????????????????????? colors=my_palette) +
? scale_size_continuous(range = c(1,4)) + #圓點的大小范圍
? theme_bw() +
? theme(panel.grid.minor = element_blank(),
??????? panel.grid.major = element_blank(),
??????? axis.text.x = element_text(angle = 45, size = 12, hjust = 0.3, vjust = 0.5, color = "black"),
??????? axis.text.y = element_text(size = 10, color = "black"),
??????? axis.title = element_blank(),
??????? panel.border = element_rect(size = 0.7, linetype = "solid", colour = "black"),
??????? legend.position = "bottom",
??????? plot.margin = unit(c(1,1,1,1), "lines"))
#保存圖片
ggsave(paste0("GSEA_regarding_","pathOfInterest","_in_pancancer.pdf"), width = 8,height = 6)
在代碼框里面輸入上面代碼，然后點擊Run運行就可以，如下圖所示：
#最終會在該路徑生成結果圖片，也可以通過點擊Export選擇需要的圖片格式。
#最終生成的圖片如下：
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