代謝通量分析（metabolic flux analysis，MFA）是一種重要的分析技術(shù)，可用于檢查生物系統(tǒng)中代謝物的產(chǎn)生和消耗速率。在系統(tǒng)代謝工程中，MFA可用于了解特定條件下的細(xì)胞生理，并在遺傳或環(huán)境擾動后預(yù)測其代謝能力。MFA也可用于闡明細(xì)胞機(jī)制。通過使用穩(wěn)定同位素（如2H，13C和15N）標(biāo)記，MFA可以通過觀察同位素標(biāo)記沿代謝途徑的位置來鑒定和定量評估代謝途徑的代謝作用。2H和13C NMR方法以及質(zhì)譜方法已被用于代謝通量分析。串聯(lián)質(zhì)譜法作為一項(xiàng)新技術(shù)用于代謝通量分析，有助于提供用于復(fù)雜生物系統(tǒng)中代謝通量的高分辨率定量。