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真香提示：文末可以知道如何獲取代碼~?

2022年了，你是否還是只會(huì)正常疾病之間的差異基因分析，其實(shí)，從正常到病變的過(guò)程中，基因的變化絕不只是用變大或者變小就能反映的，了解基因的動(dòng)態(tài)變化或許才是研究者感興趣的事情。

面對(duì)自己的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，或許你可以嘗試設(shè)置一些梯度的變化設(shè)計(jì)，比如不同的發(fā)育時(shí)期，不同程度的病變，又或者是藥物處理的不同濃度等等，這些實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)由于分組設(shè)置較復(fù)雜，往往使得分析人員無(wú)從下手，如果兩兩比較，工作量未免太大，而且也不能觀察到基因的動(dòng)態(tài)變化模式，這里，我們整理了一款時(shí)間序列分析的R包Mfuzz，它能夠識(shí)別表達(dá)譜的潛在時(shí)間序列模式，并將相似模式的基因聚類，以幫助我們了解基因的動(dòng)態(tài)模式和它們功能的聯(lián)系。

2020年發(fā)表在cell上關(guān)于新冠的組學(xué)文章里面，作者就通過(guò)設(shè)置了疾病的不同嚴(yán)重程度梯度：健康、非新冠肺炎、非重度新冠肺炎、重度新冠肺炎，通過(guò)這個(gè)Mfuzz包，將基因聚類成不同的變化趨勢(shì)cluster，進(jìn)而選擇感興趣的cluster進(jìn)行往下研究。

又比如在下邊這個(gè)文章中，作者利用正常、M0、M1樣本，通過(guò)Mfuzz聚類，識(shí)別了結(jié)腸直腸肝轉(zhuǎn)移過(guò)程中發(fā)生動(dòng)態(tài)變化的基因。

利用Mfuzz R包可以很方便的將多組之間的基因進(jìn)行動(dòng)態(tài)變化分析，所以小編貼心整理了代碼，該流程只要求用戶提供一個(gè)輸入文件，即感興趣的基因在各個(gè)樣本中的表達(dá)值文件，但是需要在第二行標(biāo)注樣本對(duì)應(yīng)的分組，整理好文件后，就可以利用該程序運(yùn)行了。當(dāng)然這里的數(shù)據(jù)是小編模擬的，大家運(yùn)行的時(shí)候要根據(jù)自己的文件進(jìn)行整理哈~

附件包括了：示例數(shù)據(jù)文件夾：里邊是本次流程的輸入文件

代碼測(cè)試文件夾：里邊是本次分析用到的代碼

輸出結(jié)果文件夾：里邊是本次流程生成的示例圖片

readme.txt文件：是對(duì)輸入文件的說(shuō)明

以下是該流程分析出來(lái)的圖片。

除了圖片，該流程還會(huì)輸出各個(gè)cluster中包含的基因，大家可以根據(jù)自己感興趣的cluster，進(jìn)行后續(xù)的功能或者其他分析了。

如需代碼及示例數(shù)據(jù)等文件，請(qǐng)掃碼聊天框回復(fù)“B12”領(lǐng)取！