蛋白質(zhì)是由氨基酸脫水縮合組成的鏈狀大分子化合物，含有兩個(gè)游離的末端，即氨基端（N端）和羧基端（C端）。蛋白質(zhì)的C端和N端有著特殊的意義，研究表明蛋白質(zhì)N端序列與蛋白質(zhì)的壽命和亞細(xì)胞器定位等有密切關(guān)系；C端序列影響蛋白質(zhì)和多肽的空間結(jié)構(gòu)和生物功能。蛋白質(zhì)C端和N端測(cè)序研究有利于分析蛋白質(zhì)的高級(jí)結(jié)構(gòu)，揭示蛋白質(zhì)的生物學(xué)功能。

蛋白質(zhì)的N末端指氨基（-NH2）端，是蛋白質(zhì)合成的起始端。蛋白質(zhì)N末端測(cè)序就是對(duì)N-末端的氨基酸種類和排列順序進(jìn)行準(zhǔn)確分析。隨著生命科學(xué)研究和測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，蛋白質(zhì)末端序列的分析方法也不斷更新、進(jìn)步。目前，測(cè)定蛋白質(zhì)或多肽N末端的方法主要有Sanger法、酶降解法、Edman法、二硝基氟苯法（FDNB法）、丹磺酰氯法（DNS法）和基于質(zhì)譜的方法，其中Edman法和質(zhì)譜法在N末端序列分析中應(yīng)用最廣。

目前，C末端測(cè)序技術(shù)還不夠成熟，常用的蛋白質(zhì)C端測(cè)序方法主要有羧肽酶法、化學(xué)法和串聯(lián)質(zhì)譜法等。羧肽酶法和化學(xué)法的策略是通過(guò)酶解法或化學(xué)試劑裂解法獲得C端氨基酸，再結(jié)合液相色譜或質(zhì)譜技術(shù)對(duì)氨基酸種類進(jìn)行鑒定。串聯(lián)質(zhì)譜法測(cè)定蛋白質(zhì) C端序列的原理是將蛋白質(zhì)樣品酶解、消化成肽段混合物，然后對(duì)肽段混合物進(jìn)行串聯(lián)質(zhì)譜分析，通過(guò)一級(jí)質(zhì)譜信息選擇C端肽段離子進(jìn)行二級(jí)質(zhì)譜分析，再根據(jù)二級(jí)質(zhì)譜數(shù)據(jù)結(jié)合相應(yīng)軟件和數(shù)據(jù)庫(kù)計(jì)算蛋白質(zhì)的C端氨基酸序列。