大家好，歡迎觀看《時空日報》第41期。本期追蹤到時空/單細胞組學相關(guān)研究文章共計11篇。以下是應(yīng)用時空云平臺STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、MacroH2A通過協(xié)調(diào)染色質(zhì)環(huán)路限制黑色素瘤的癌相關(guān)成纖維細胞中的炎性基因表達

MacroH2A restricts inflammatory gene expression in melanoma cancer-associated fibroblasts by coordinating chromatin looping

Nature Cell Biology; IF:21.300; DOI: 10.1038/s41556-023-01208-7

內(nèi)容概要：通過使用小鼠模型，發(fā)現(xiàn)MacroH2A缺失的癌相關(guān)成纖維細胞由于其炎癥基因的高表達表現(xiàn)出更高的髓系趨化活性，這些基因的啟動子與增強子之間的染色質(zhì)環(huán)路增加了H3K27ac。該研究揭示了MacroH2A變異體通過調(diào)節(jié)腫瘤基質(zhì)中的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)發(fā)揮腫瘤抑制作用的潛在機制，對人類黑色素瘤具有潛在的意義。

2、Kdm6b介導的染色質(zhì)去甲基化控制真皮成纖維細胞祖細胞的譜系分化

Lineage commitment of dermal fibroblast progenitors is controlled by Kdm6b-mediated chromatin demethylation

EMBO Journal; IF:11.400; DOI: 10.15252/embj.2023113880

內(nèi)容概要：通過多模式單細胞方法、表觀遺傳學實驗和移植技術(shù)，研究真皮成纖維細胞祖細胞（dermal fibroblast progenitors，DFPs）的狀態(tài)和調(diào)控其分化潛能的機制，發(fā)現(xiàn)Kdm6b/Jmjd3是DFPs分化的關(guān)鍵因子，其缺失會導致小脂肪細胞區(qū)域消失和成熟真皮乳頭功能受到抑制。

3、模擬斷食法通過減少IgA產(chǎn)生細胞促進結(jié)直腸癌的抗腫瘤免疫

Fasting-mimicking diet drives antitumor immunity against colorectal cancer by reducing IgA-producing cells

Cancer Research; IF:11.200; DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-23-0323

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq分析，發(fā)現(xiàn)模擬斷食法（fasting-mimicking diet，F(xiàn)MD）治療顯著減少了腫瘤浸潤的IgA+?B細胞，從而激活了小鼠結(jié)直腸癌（colorectal cancer，CRC）模型的的抗腫瘤免疫和腫瘤消退，強調(diào)了FMD治療CRC的巨大潛力。此外，IgA+?B細胞浸潤程度和脂肪酸氧化（fatty acid oxidation，F(xiàn)AO）相關(guān)代謝狀態(tài)是評估FMD療效的潛在生物標記物。

4、開發(fā)一種具有均勻光學場（Uni-μFCM）的微流控流式細胞儀以實現(xiàn)單細胞蛋白質(zhì)的定量分析及其在白血病門控、腫瘤分類和癌干細胞層次中的應(yīng)用

Development of a microfluidic flow cytometer with a uniform optical field (Uni-μFCM) enabling quantitative analysis of single-cell proteins and its applications in leukemia gating, tumor classification, and hierarchy of cancer stem cells

ACS Sensors; IF:8.900; DOI: 10.1021/acssensors.3c01060

內(nèi)容概要：介紹了一種基于微流控技術(shù)的流式細胞儀—Uni-μFCM，其采用了金屬窗口來實現(xiàn)光學激發(fā)和熒光檢測的均勻光場，可以將多色熒光信號轉(zhuǎn)化為任意分布的單細胞蛋白質(zhì)數(shù)量。通過對四種不同細胞系的三種轉(zhuǎn)錄因子進行單細胞蛋白質(zhì)定量實驗驗證，Uni-μFCM的應(yīng)用范圍進一步擴展到了白血病分類、腫瘤分類和癌干細胞層次的測定等領(lǐng)域。

5、食管鱗狀細胞癌中的淋巴結(jié)結(jié)構(gòu)與抗腫瘤免疫力的增強相關(guān)性

Tertiary lymphoid structures correlate with enhancement of antitumor immunity in esophageal squamous cell carcinoma

British Journal of Cancer; IF:8.800; DOI: 10.1038/s41416-023-02396-7

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq技術(shù)，發(fā)現(xiàn)三級淋巴結(jié)構(gòu)+（tertiary lymphoid structure+，TLS+）腫瘤中的CD8+?T細胞表達細胞毒性標志物的水平較高，而TLS+腫瘤中樹突狀細胞（dendritic cells，DCs）的抗原呈現(xiàn)也得到了增強。免疫組織化學顯示，TLS+腫瘤中的腫瘤浸潤CD8+?T細胞和DCs的密度顯著高于TLS-腫瘤。這些數(shù)據(jù)表明TLS在食管鱗狀細胞癌中的預(yù)后和功能意義，并為TLS在腫瘤免疫微環(huán)境上提供了新的見解。

6、scRNA-seq鑒定eggpl在果蠅生殖細胞發(fā)育中的調(diào)節(jié)作用

Single-cell RNA sequencing identifies eggplant as a regulator of germ cell development in?Drosophila

EMBO reports; IF:7.700; DOI: 10.15252/embr.202256475

內(nèi)容概要：研究使用scRNA-seq技術(shù)、RNAi篩選和生物信息學分析等方法，發(fā)現(xiàn)一個名為eggplant（eggpl）的基因在生殖干細胞中高度表達，在早期子細胞中下調(diào)，eggpl的下調(diào)將營養(yǎng)狀況與生殖細胞增殖和分化聯(lián)系起來。該研究為早期生殖細胞發(fā)育調(diào)控的信號網(wǎng)絡(luò)提供了新的見解，并確定了eggpl在這一過程中的關(guān)鍵作用。

7、利用空間轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)和深度學習預(yù)測基于乳腺癌組織病理學圖像的基因表達

Breast cancer histopathology image-based gene expression prediction using spatial transcriptomics data and deep learning

Scientific Reports; IF:4.600; DOI: 10.1038/s41598-023-40219-0

內(nèi)容概要：介紹了一種基于乳腺癌組織病理學圖像預(yù)測基因表達的深度學習框架—BrST-Net。通過訓練四種不同的深度學習架構(gòu)，包括ResNet101、Inception-v3、EfficientNet和Vision Transformer，預(yù)測250個基因的表達。結(jié)果表明，該方法優(yōu)于以前的研究，可以預(yù)測237個具有正相關(guān)性的基因，其中24個基因的中位相關(guān)系數(shù)大于0.50。

8、SWI/SNF復合物是視網(wǎng)膜色素上皮分化以及抑制細胞增殖和神經(jīng)分化程序的必需品

SWI/SNF complexes are required for retinal pigmented epithelium differentiation and for the inhibition of cell proliferation and neural differentiation programs

Development; IF:4.600; DOI: 10.1242/dev.201488

內(nèi)容概要：通過地理位置測序（Geo-seq）獲得的發(fā)育中小鼠視網(wǎng)膜色素上皮（retinal pigmented epithelium，RPE）和鄰近眼間質(zhì)的高分辨率空間轉(zhuǎn)錄組圖譜，該圖譜涵蓋了年輕和更成熟的眼祖細胞，揭示了RPE和眼間質(zhì)分化過程中的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子及其基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

9、STREAK：利用特征選擇和閾值基因組評分對scRNA-seq數(shù)據(jù)進行細胞表面受體豐度估算的監(jiān)督策略

STREAK: A supervised cell surface receptor abundance estimation strategy for single cell RNA-sequencing data using feature selection and thresholded gene set scoring

PLoS Computational Biology; IF:4.300; DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011413

內(nèi)容概要：介紹了一種新的監(jiān)督式細胞表面受體豐度估計方法—STREAK。該方法利用從scRNA-seq/CITE-seq聯(lián)合訓練數(shù)據(jù)中學到的關(guān)聯(lián)和閾值基因組評分機制來估算scRNA-seq目標數(shù)據(jù)的受體豐度。研究結(jié)果表明，STREAK優(yōu)于其他豐度估計策略，并提供了更具生物學解釋性和透明度的統(tǒng)計模型。

10、從小鼠喉部收集單個上皮細胞的方法

Method for collecting single epithelial cells from the mouse larynx

Laryngoscope; IF:2.600; DOI: 10.1002/lary.30970

內(nèi)容概要：介紹了一種從小鼠喉部收集單個上皮細胞的方法，該方法通過使用小型牙刷旋轉(zhuǎn)收集上皮細胞并進行細胞計數(shù)和細胞標記，成功捕獲了多種喉部細胞類型并最小化非喉部位和非上皮喉部細胞的污染，可用于下游細胞和分子分析，包括scRNA-seq、蛋白質(zhì)分析和細胞培養(yǎng)實驗等。

11、scRNA-seq揭示促血管生成巨噬細胞的新預(yù)后生物標志物和治療靶點

Single-cell RNA sequencing pro-angiogenic macrophage profiles reveal novel prognostic biomarkers and therapeutic targets for osteosarcoma

Biochemical Genetics; IF:2.400; DOI: 10.1007/s10528-023-10483-w

內(nèi)容概要：通過差異表達分析得到8個與Angio-TAMs相關(guān)的基因，并利用LASSO算法構(gòu)建了一個預(yù)后模型。該模型可將臨床樣本分為高風險和低風險亞組，高風險亞組的患者生存時間明顯較短。此外，研究還發(fā)現(xiàn)Angio-TAMs基因風險標志物與免疫檢查點反應(yīng)呈負相關(guān)，提示其可能成為骨肉瘤患者的潛在預(yù)后生物標志物和新的治療靶點。

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