玩轉(zhuǎn)Sanger測(cè)序儀丨專題四:21/ 13/18/性染色體倍型檢測(cè)
出生缺陷與產(chǎn)前篩查
出生缺陷也被稱為先天異常,其包括形態(tài)結(jié)構(gòu)異常、生理功能異常及代謝缺陷等,是導(dǎo)致早期流產(chǎn)、死胎、圍產(chǎn)兒死亡、嬰幼兒死亡和先天殘疾的主要原因。遺傳因素導(dǎo)致的出生缺陷目前尚無有效的治療手段,只能通過產(chǎn)前篩查和診斷預(yù)防患兒的出生缺陷。
產(chǎn)前篩查是指通過經(jīng)濟(jì)、便捷及無創(chuàng)的方法,從孕婦群體中發(fā)現(xiàn)某些懷有先天性畸形和遺傳性疾病胎兒的高危孕婦,提前評(píng)估胎兒健康狀況,降低出生缺陷,提高出生人口素質(zhì)。

染色體異常
染色體異常是導(dǎo)致新生兒出生缺陷的主要原因,其包括染色體數(shù)目異常、染色體結(jié)構(gòu)異常(大片段缺失/重復(fù))、微結(jié)構(gòu)變異(致病性基因組拷貝數(shù)變異)等。據(jù)報(bào)道,我國(guó)每年出生染色體異常的新生兒約10萬人,在活嬰兒中染色體異常者占0.3%。
染色體異常直接影響患兒正常生長(zhǎng)發(fā)育,患兒將終生罹患智力發(fā)育遲緩、多發(fā)畸形、生育障礙等嚴(yán)重的結(jié)構(gòu)和功能缺陷。因此,普及染色體疾病的產(chǎn)前篩查和產(chǎn)前診斷,對(duì)降低出生缺陷的發(fā)生有著非常重要的意義。
染色體數(shù)目異常是臨床上最主要的染色體病,其中以13號(hào)、21號(hào)、18號(hào)以及X、 Y染色體異常最為常見,占染色體非整倍體畸變95%以上。這些染色體異常占全部染色體病80%-90%。

(一)21三體綜合征
21三體綜合征(trisomy 21 syndrome)又稱唐氏綜合征(Down syndrome),是由染色體異常(多了一條21號(hào)染色體)而導(dǎo)致的疾病,是胎兒和新生兒中最常見的非整倍體染色體異常。在新生兒中的發(fā)病率為1/600,在受精卵中為1/150。60%-80%在胎內(nèi)早期即流產(chǎn),存活者則明顯的智力低下,特殊面容,生長(zhǎng)發(fā)育障礙和多發(fā)畸形。
按染色體核型分析可將唐氏綜合征患兒分為三型:
(1)標(biāo)準(zhǔn)型(95%):患兒體細(xì)胞染色體為47條,有一個(gè)額外的21號(hào)染色體,核型為47,XX(或XY),+21。
(2)易位型(2.5~5%):患兒的染色體總數(shù)為46條。多為羅伯遜易位,是指發(fā)生在近端著絲粒染色體的一種相互易位,多為D/G易位,D組中以14號(hào)染色體為主,即核型為46,XX(或XY),-14,+t(14q21q);少數(shù)為15號(hào)染色體易位;另一種為G/G易位,較少見。
(3)嵌合體型(2%~4%):患兒體內(nèi)有2種或者2種以上細(xì)胞株(以2種為多見),一株正常,另一株為21-三體細(xì)胞。
(二)18三體綜合征
18三體綜合征(Trisomy 18 Syndrome)又稱愛得華斯(Edwards)綜合征,是第二大常見的常染色體三體綜合征。活產(chǎn)新生兒中的發(fā)病率約為1/6000,是僅次于21-三體綜合征的第二大常見三體綜合征,男女比例約1:3。患兒壽命很短,多于生后不久死亡,存活者有嚴(yán)重智力障礙和生理畸形。
染色體核型分析:標(biāo)準(zhǔn)型絕大多數(shù)病例(80%)為全部細(xì)胞整條18號(hào)染色體三體型(核型為47,XY(或XX),+18),少數(shù)(10%)為嵌合型(46,XY(或XX)/47,XY(或XX),+18)和染色體斷裂異位型(主要是18號(hào)與D組染色體的易位)造成的18號(hào)染色體的部分三體。
(三)13三體綜合征
13三體綜合征又稱Patau綜合征。新生兒中的發(fā)病率為1∶25000?;純旱幕魏团R床表現(xiàn)要比21三體性嚴(yán)重得多,臨床表現(xiàn)為智力發(fā)育障礙、小頭、眼球小、前腦發(fā)育缺陷,常伴有腭裂。智力發(fā)育障礙見于所有的患者,而且程度嚴(yán)重,存活較久的患兒還有癲癇樣發(fā)作,肌張功力低下等。
染色體核型分析:80%的病例為游離型13三體,核型為47,XX(或XY),+13。其余的為嵌合型或易位型。易位型通常以13號(hào)和14號(hào)染色體羅泊遜易位居多。
(四)性染色體異常綜合征
1. klinefelter syndrome綜合征
又稱先天性睪丸發(fā)育不全或原發(fā)性小睪丸征,1942年Klinefelter等首先報(bào)道而命名,是一種較常見的一種性染色體畸變的遺傳病。本病特點(diǎn)為患者有類無睪身材、男性乳房發(fā)育、小睪丸、無精子及尿中促性腺激素增高等。絕大多數(shù)本病患者性染色體為47,XXY,即比正常男性多了1條X染色體,因此本病又稱為47,XXY綜合征。大約有15%患者為嵌合體,其中常見的為46,XX/47,XXY;46XY/48XXXY。額外的X是由于親代減數(shù)分裂時(shí)X染色體不分離的結(jié)果。
2. XYY綜合征
又稱超雄綜合征(super-man syndrome),是一種人類男性的性染色體疾病?;颊吣行缘诙哉靼l(fā)育差,身材高,四肢長(zhǎng),可有智商低,精神異常及精神分裂癥傾向。XYY核型是父親精子形成過程中第二次減數(shù)分裂時(shí)發(fā)生Y染色體不分離的結(jié)果。
3. Turner綜合征
又稱女性先天性卵巢發(fā)育不全綜合征,是一種由于全部或部分體細(xì)胞中一條X染色體完全或部分缺失或結(jié)構(gòu)發(fā)生改變所致。臨床特點(diǎn)為身矮、生殖器與第二性征不發(fā)育和一組軀體的發(fā)育異常。發(fā)生率為新生嬰兒的10.7/10萬或女嬰的22.2/10萬,占胚胎死亡的6.5%。
染色體核型分析:①單體型:由于父親的精子或母親的卵子異常導(dǎo)致胎兒的體細(xì)胞只有一條X染色體,另一條缺失(45,X)。這種核型的個(gè)體絕大部分在妊娠早期自然流產(chǎn),其余存活的個(gè)體具有典型的臨床癥狀。②嵌合型:部分體細(xì)胞有兩條X染色體,部分僅有一條X染色體(46,XX和46,X)。③結(jié)構(gòu)變異型:X染色體的某一部分結(jié)構(gòu)可能出現(xiàn)異常(X等臂染色體X,i(xq))。
4. 47,XXY和多X女性綜合征
又稱多雌綜合征,染色體核型表現(xiàn)為比正常女性多一條及以上的X染色。超雌綜合征是一種發(fā)病率極低的染色體疾病,新生嬰兒發(fā)病的幾率僅為1/1000~1/1200。沒有明顯的臨床表現(xiàn),體態(tài)正常,約70%有正常月經(jīng),第二性征正常,智力、外貌亦正常,有少數(shù)患者有繼發(fā)閉經(jīng)。
30%患者可有異常表現(xiàn)。約2/3的患者有智力低下。超雌綜合征的染色體核型表現(xiàn)為性染色異常,為47XXX,還有少數(shù)患者存在48XXXX的情況。X染色體數(shù)目越多,智力損害和發(fā)育畸形越嚴(yán)重。
染色體異常檢測(cè)方法
1. G顯帶核型分析
● 標(biāo)本類型:培養(yǎng)后的細(xì)胞?
● 報(bào)告周期:14-21天?
● 檢測(cè)原理:染色體核型分析是對(duì)羊水細(xì)胞進(jìn)行培養(yǎng)、制片,以分裂中期染色體為研究對(duì)象,根據(jù)染色體的長(zhǎng)度、著絲點(diǎn)位置、長(zhǎng)短臂比例、隨體的有無等特征,并借助顯帶技術(shù)對(duì)染色體進(jìn)行分析、比較、排序和編號(hào),根據(jù)染色體結(jié)構(gòu)和數(shù)目的變異情況來進(jìn)行診斷。?
● 儀器:顯微鏡?
● 方法缺點(diǎn):細(xì)胞培養(yǎng)耗時(shí)長(zhǎng),技術(shù)操作復(fù)雜,培養(yǎng)失敗和制片效果不佳的可能性較高。核型分析分辨率為5-10Mb,不能檢出5Mb以下的亞顯微結(jié)構(gòu)異常。
2. 熒光原位雜交分析(FISH)
● 標(biāo)本類型:DNA?
● 技術(shù)原理:利用堿基互補(bǔ)的性質(zhì),將熒光素標(biāo)記的探針與組織、細(xì)胞核或染色體DNA進(jìn)行雜交,對(duì)細(xì)胞中待測(cè)核酸進(jìn)行定性、定位及定量,將染色體復(fù)雜和細(xì)微的畸變或基因突變清楚顯現(xiàn)的細(xì)胞遺傳學(xué)技術(shù)。該檢測(cè)無需細(xì)胞培養(yǎng),分析周期短,靈敏度和特異度均較高常。?
● 儀器:顯微鏡?
●?方法缺點(diǎn):檢測(cè)染色體上有限的已知位置,不能對(duì)染色體進(jìn)行全局分析。結(jié)果可能會(huì)存在假陽性和假陰性,需與核型分析或其他檢測(cè)技術(shù)結(jié)合。
3. 微陣列分析(CMA)
● 樣本類型:DNA?
● 報(bào)告周期:7-14天?
● 檢測(cè)原理:一種高分辨率、高通量檢測(cè)人類基因組DNA拷貝數(shù)變異(CNV)的分子核型分析技術(shù)。能夠檢出所有引起基因組不平衡改變的染色體異常,包括所有核型分析能夠檢出的染色體不平衡變異,以及核型分析無法檢出的染色體微缺失與微重復(fù)。?
● 儀器:芯片、芯片掃描儀?
●?方法缺點(diǎn):成本高、臨床意義判讀能力不足、不同檢測(cè)平臺(tái)和芯片檢測(cè)結(jié)果會(huì)有一定差異。
4. QF-PCR
● 樣本類型:DNA?
● 報(bào)告周期:1周?
● 檢測(cè)原理:一種通過檢測(cè)遺傳標(biāo)記短串聯(lián)重復(fù)序列(STR)進(jìn)行快速靶向分子診斷的產(chǎn)前診斷技術(shù)。基于PCR擴(kuò)增和毛細(xì)管電泳分離技術(shù),通過定性、定量分析STR的多態(tài)性,診斷出13、18、21、X、Y染色體非整倍體異常以及三倍體和母體細(xì)胞污染,是一項(xiàng)性價(jià)比較高的產(chǎn)前分子診斷技術(shù)。據(jù)有關(guān)數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì),QF-PCR結(jié)果與核型分析相比,對(duì)非嵌合型非整倍體檢出率為100%,特異性和敏感性均為100%。?
●?儀器:PCR儀、CE(基因分析儀/Sanger測(cè)序儀)
5. CNV-seq
● 樣本類型:DNA?
● 報(bào)告周期:2~3周?
● 檢測(cè)原理:對(duì)樣本DNA進(jìn)行全基因組測(cè)序,將測(cè)序結(jié)果與人類參考基因組堿基序列進(jìn)行比對(duì),通過生物信息分析以發(fā)現(xiàn)受檢樣本存在的基因拷貝數(shù)變異??蓹z測(cè)覆蓋23對(duì)染色體非整倍體和300余種微缺失/微重復(fù)。具有檢測(cè)范圍廣,通量高,高分辨率,兼容性好,所需DNA樣本量低等優(yōu)點(diǎn)。?
● 儀器:高通量測(cè)序平臺(tái)?
●方法缺點(diǎn):無法檢測(cè)三倍體及多倍體;無法發(fā)現(xiàn)染色體相互易位,倒位等染色體平衡性結(jié)構(gòu)重排,也無法區(qū)分游離型三體和異位型三體,建議結(jié)合核型分析進(jìn)行診斷;檢測(cè)提示性染色體拷貝數(shù)異常時(shí),為明確是否為嵌合體以及細(xì)胞系組成情況,建議進(jìn)一步行FISH檢測(cè)等。
* 2019年《低深度全基因組測(cè)序技術(shù)在產(chǎn)前診斷中的應(yīng)用專家共識(shí)》明確,CNV-seq在產(chǎn)前診斷過程中,建議將CNV-seq技術(shù)與熒光定量PCR(QF-PCR)或者短串聯(lián)重復(fù)序列(STR)檢測(cè)進(jìn)行聯(lián)合應(yīng)用,QF-PCR或STR可對(duì)樣本的母源污染情況進(jìn)行判斷,確保檢測(cè)反映胎兒的真實(shí)情況。
染色體檢測(cè)適用人群
● 高齡產(chǎn)婦?
● 產(chǎn)前血清學(xué)篩查高風(fēng)險(xiǎn)孕婦?
● NIPT提示高風(fēng)險(xiǎn)的孕婦?
● 超聲提示懷疑胎兒存在21/18/13、X和Y異常的孕婦?
● 不良孕產(chǎn)史的孕婦?
● 孕期有致畸因素接觸史者?
● 夫婦的近親中有染色體異常者
檢測(cè)平臺(tái)
Sanger測(cè)序儀T400是一款體積小巧的創(chuàng)新卡夾式測(cè)序儀,基于毛細(xì)管電泳平臺(tái)技術(shù),可幫助客戶在實(shí)驗(yàn)室開展Sanger測(cè)序和片段分析工作,覆蓋包括感染性疾病、腫瘤、生殖健康及藥物基因組學(xué)檢測(cè)等臨床領(lǐng)域,是核酸檢測(cè)“金標(biāo)準(zhǔn)”平臺(tái)。
產(chǎn)品特點(diǎn):
即插即用的卡夾式耗材體積小巧,空間利用率高4通道毛細(xì)管,支持6色熒光通道平臺(tái)開放,應(yīng)用廣泛Sanger測(cè)序儀T400可搭配市面上的21、18、13、性染色體倍型檢測(cè)試劑盒(QF-PCR),基于多重?zé)晒釶CR聯(lián)合毛細(xì)管電泳片段分析技術(shù),可體外定性檢測(cè)人羊水樣本基因組21/18/13、性染色體上特異性STR遺傳位點(diǎn)和性染色體特異性非STR位點(diǎn)。通過對(duì)STR遺傳標(biāo)記進(jìn)行基因分型,依據(jù)STR峰型對(duì)目標(biāo)染色體平均每細(xì)胞中的數(shù)目進(jìn)行計(jì)數(shù)。1個(gè)PCR反應(yīng)檢測(cè)幾十個(gè)目標(biāo)遺傳標(biāo)記,依據(jù)遺傳標(biāo)記峰型判斷染色體倍型。
除了主要檢測(cè)21、18、13、X和Y共5種染色體的非整倍體異常,QF-PCR還能檢測(cè)出三倍體、鑒定母體DNA污染、根據(jù)STR等位基因的個(gè)性化信息判別多余染色體的親本來源,為臨床提供更多的遺傳信息。

參考文獻(xiàn)及資料
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