今天我們討論了 5 個(gè)基本命令，它們可以讓您的 PyMOL 生活更輕松。

命令 1 - 更改 PyMOL 會(huì)話的背景顏色

哇哦！這將是一個(gè)有趣的命令！簡(jiǎn)單易行，您需要在 PyMOL 命令框中輸入以下內(nèi)容。

bg_color white

您在關(guān)鍵字?bg_color?后指定的顏色是您選擇作為背景的顏色，因此請(qǐng)謹(jǐn)慎選擇！

這是選擇?bg_color white的結(jié)果。它非常適合出版物和官方資料。相信我。

現(xiàn)在讓我們嘗試一些很酷的東西。青色呢？讓我們?cè)囋嚢伞?/span>

bg_color cyan

看起來(lái)不錯(cuò)！

最后，讓我們將它恢復(fù)為黑色，因?yàn)楝F(xiàn)在沒(méi)有什么比黑色更好的了，對(duì)吧？

命令 2 - 去除 PyMOL 中的溶劑

有時(shí)，你可能會(huì)發(fā)現(xiàn)溶劑分子附著在特定的蛋白質(zhì)上，這是因?yàn)槿軇┓肿訛榈鞍踪|(zhì)結(jié)構(gòu)提供了穩(wěn)定性。

溶劑和蛋白質(zhì)的氨基酸（疏水性和親水性）之間存在相互作用，您必須在課堂上學(xué)習(xí)過(guò)，但如果您沒(méi)有，請(qǐng)不要擔(dān)心，溶劑分子只是幫助蛋白質(zhì)留在其中一個(gè)特定的配置。

作為一名蛋白質(zhì)科學(xué)家，更確切地說(shuō)是一名蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)專家（我不知道這個(gè)職位是否真的存在嘿嘿), 我真的不關(guān)心溶劑分子的位置以及它們的方向。這是我真正關(guān)心的最后一件事。所以，我想要我的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，但我想去除溶劑分子。

只需要輸入

remove solvent

這是去除溶劑之前的蛋白質(zhì)。如果你仔細(xì)觀察，你可以看到我的蛋白質(zhì)周圍有紅色的小溶劑分子。

我們完成了！沒(méi)有那些小的干擾中斷溶劑分子，我的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)看起來(lái)很漂亮！

命令 3-PyMOL 中的幫助命令

我是一個(gè)健忘的人。我敢肯定有些人（有些人，我知道大多數(shù)閱讀此博客的人都非常聰明）像我一樣健忘。

help 命令后跟任何關(guān)鍵字（任何對(duì) PyMOL 有意義的詞）幫助我們理解該關(guān)鍵字的用途。例如——讓我們?cè)?PyMOL 命令行中輸入help color看看會(huì)發(fā)生什么。

help color

在命令框中鍵入?help color?會(huì)在 PyMOL 控制臺(tái)中為我們輸入以下行。

EXAMPLE ? ?color cyan ? ?color yellow, chain A

使用?color 關(guān)鍵字的一些示例是在命令行中寫入“color cyan”，然后您的蛋白質(zhì)就會(huì)變成青色。

這就是我們用青色著色的蛋白質(zhì)的樣子！

或者您可能只是想將蛋白質(zhì)的鏈 A 染成黃色，因此您可以通過(guò)在命令框中鍵入“color yellow, chain A”來(lái)指定它。

這種蛋白質(zhì)現(xiàn)在看起來(lái)很漂亮！看看它的鏈條A是如何用黃色標(biāo)記的！

參考資料：

https://medium.com/@snippetsbio/pymol-10-very-basic-commands-that-you-really-need-to-know-part-2-6d1cf2621ca7

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