小云最近沉迷ATAC-seq中無法自拔，這就帶大家來學(xué)習(xí)繪制ATAC-seq中的TSS富集熱圖。

首先，我們需要用到的軟件是deeptools。這里小云給大家簡(jiǎn)單介紹一下deeptools：deeptools 是一套基于 python 開發(fā)的工具，適用于有效處理分析高通量測(cè)序數(shù)據(jù)，可用于 ChIP-seq, ATAC-seq 或 MNase-seq。deeptools 包含了多個(gè)有用的模塊，可以處理 BAM 文件或 bigWig 文件，進(jìn)行多種質(zhì)量檢查，創(chuàng)建標(biāo)準(zhǔn)的 bedGraph 和 bigWig 格式的歸一化覆蓋度文件，允許不同文件之間的比較（例如，處理組和對(duì)照組）。最后，使用這些歸一化和標(biāo)準(zhǔn)化的文件，deeptools 可以創(chuàng)建許多適合發(fā)表的可視化圖形，用于識(shí)別富集區(qū)域和進(jìn)行基因組的功能注釋。

簡(jiǎn)單來說，Deeptools的主要用途如下：

1.?處理 bam 文件 或者 bam 轉(zhuǎn)化的 bigwig 文件；

2.?數(shù)據(jù)質(zhì)量控制；

3.?作圖，比如熱圖、折線圖

deeptools的安裝十分簡(jiǎn)單，它的安裝方法有多種，最簡(jiǎn)單的一種是使用 conda 命令：

conda install -c bioconda deeptools

這樣可以自動(dòng)安裝 deeptools 及其所有的 python 依賴項(xiàng)

另一種方法是使用 pip 命令：

pip install deeptools

這樣也可以自動(dòng)安裝 deeptools 及其所有的 python 依賴項(xiàng)

這里小云考考小伙伴們，你們還記得TSS是什么嗎？如果你知道的話，那么小云覺得你真是泰酷辣！

揭曉答案咯：

TSS 是轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)（transcription start site）的縮寫，是指一個(gè)基因的 5’ 端轉(zhuǎn)錄的第一個(gè)堿基，它是與新生 RNA 鏈第一個(gè)核苷酸相對(duì)應(yīng) DNA 鏈上的堿基，通常為一個(gè)嘌呤（A 或 G）。TSS 是基因轉(zhuǎn)錄的起點(diǎn)，也是啟動(dòng)子的一部分。啟動(dòng)子是一段區(qū)域，與 RNA 聚合酶結(jié)合并能夠起始 mRNA 的合成。TSS 前即 5’ 末端的序列稱為上游，而把其后即 3’ 末端的序列稱為下游。

Deeptools下載完成之后，小云開始帶小伙伴們畫TSS富集圖咯

首先準(zhǔn)備bw文件,先建索引，然后轉(zhuǎn)bw，然后取注釋bed文件，接著形成矩陣文件，最后繪制TSS富集圖

下面是第一步：對(duì)bam文件建立索引，轉(zhuǎn)bw文件

下面是獲取注釋bed文件，這里需要用到選用物種的參考基因組注釋文件嗷

又用到了我們的老朋友a(bǔ)wk，不會(huì)的小伙伴們趕緊學(xué)起來呀

下面是形成矩陣文件，用 ComputeMatrix 計(jì)算全基因組范圍內(nèi) peaks 在基因特征的分布情況。

小云的代碼是這樣的：

下面是參數(shù)的解釋：

下面就是最后一步繪制富集圖啦，小云的代碼是這樣的：

下面就是小云畫出來的TSS富集圖啦，是不是很美觀呢？

今天的TSS富集熱圖學(xué)習(xí)就到這里啦，感興趣的小伙伴可以找小云討論哦，我們明天見咯~