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（56線程，256G內(nèi)存，個(gè)人存儲(chǔ)1T）

• 免疫治療是一種新興的治療方式，通過調(diào)節(jié)患者自身的免疫系統(tǒng)來攻擊腫瘤細(xì)胞，具有療效顯著、副作用小等優(yōu)點(diǎn)。

然而，不同的患者對(duì)免疫治療的響應(yīng)程度存在差異，有些患者可能獲益頗豐，而另一些患者則可能無(wú)法獲得良好的治療效果。

通過預(yù)測(cè)某樣本亞型對(duì)免疫治療的響應(yīng)可能性，可以更好地實(shí)現(xiàn)個(gè)體化治療，為患者提供更精準(zhǔn)、有效的治療方案。對(duì)于預(yù)測(cè)某樣本對(duì)免疫治療的響應(yīng)，可以根據(jù)預(yù)測(cè)結(jié)果來制定治療方案，例如對(duì)于預(yù)測(cè)響應(yīng)良好的患者，可以優(yōu)先選擇免疫治療；而對(duì)于預(yù)測(cè)響應(yīng)不佳的患者，則可以考慮采用其他治療方式或結(jié)合其他治療方式進(jìn)行聯(lián)合治療，以提高治療效果。

這樣看來，預(yù)測(cè)是很重要的，那么問題來了，該如何預(yù)測(cè)呢？TIDE和GenePattern網(wǎng)站的submap算法提供了預(yù)測(cè)途徑，生信云平臺(tái)據(jù)此提供了線上工具。但是因?yàn)檫@個(gè)工具運(yùn)行的時(shí)間比較長(zhǎng)，所以若是想要測(cè)試，只能是在服務(wù)器下進(jìn)行測(cè)試。我們已經(jīng)把代碼準(zhǔn)備好放到服務(wù)器上了，您要是想用私信小果哦！

今天是step1（由于篇幅較長(zhǎng)，分3步展示，后續(xù)內(nèi)容請(qǐng)持續(xù)關(guān)注哦?。?/p>

步驟

Step1：Rscript preTIDE.R 亞型轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。

Step2：Rscript readTIDE.R 表型文件 TIDE輸出 樣本轉(zhuǎn)錄組 樣本信息 TCGA中該類癌癥全部樣本轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（剔除低表達(dá)）

Step3: Rscript readsubmap.R submap網(wǎng)站得到的矩陣中的16個(gè)pvalu

開動(dòng)啦
1. 點(diǎn)擊上傳數(shù)據(jù) 輸入1個(gè)文件，輸入的文件名必須和示例文件名一致，且都是英文無(wú)特殊字符。如果使用自有數(shù)據(jù)時(shí)，需注意文件名和對(duì)應(yīng)的內(nèi)容要匹配，以及輸入數(shù)據(jù)里的行名列名等等。

2. 如有非文件類參數(shù)，點(diǎn)擊 輸入?yún)?shù)對(duì)應(yīng)的值,默認(rèn)比如 pvalue值是0.05 gene值是 TP53?

本程序?qū)?shù)據(jù)的行與列都進(jìn)行了標(biāo)準(zhǔn)化，但并未中心化。

示例程序耗時(shí)：瞬間完成

呀！還沒吃飽，下期繼續(xù)~

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