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文獻(xiàn)閱讀1:用于污水監(jiān)測的SARS-CoV-2被動(dòng)采樣

2022-10-10 16:19 作者:隔壁老王夸我?guī)沋OSEYA  | 我要投稿


EST.2021.Article.關(guān)鍵詞:污水監(jiān)測;WBE;病原體;采樣方法
  • 1.BACKGROUND

    • Wastewater-Based Epidemiology (WBE)

      污水流行病學(xué):通過量化分析污水中目標(biāo)化學(xué)或生物標(biāo)記物來定性或定量推演污水收集區(qū)城居民活動(dòng)與健康情況的一種調(diào)查監(jiān)控方法。

      全球新冠疫情肆虐,推動(dòng)污水流行病學(xué)的迅速發(fā)展。

      ? ??

污水流行病學(xué)如何參與防疫
  • Large Sewage Treatment Plants

    大多WBE檢測病原體的研究在污水處理廠(STP)進(jìn)水口采樣,但大型污水廠的監(jiān)測無法提供針對性的信息。

    Timely Data from Smaller Catchments

    而實(shí)際上需要來自較小流域的及時(shí)數(shù)據(jù)來開展公共衛(wèi)生行為。

  • Traditional Sampling vs?Passive Sampling

    1)主動(dòng)采樣:抓取采樣

    ? ? ? 在較小尺度下(污水管網(wǎng)/較小的地段流域),廢水流量和污染物濃度隨時(shí)間變化很大,單次抓取可能會(huì)遺漏重要信息。

    2)被動(dòng)采樣:廉價(jià)、安全且簡單(cheap, safe, and easy alternative)

    ? ? ?部署簡單,連續(xù)暴露減少采樣誤差。

  • Gap

    ? ? ? ?雖已有研究提供了DGT可用于廢水中病原體檢測的概念證明,但被動(dòng)采樣在廢水微生物學(xué)中的應(yīng)用未受到太多研究關(guān)注。

    ? ? ? ?很多問題尚未解決:①評估被動(dòng)采樣器的靈敏度 ②與傳統(tǒng)方法的比較 ③病原體在被動(dòng)采樣器上的積累是否與水中病原體濃度相關(guān)。

  • 2.Passive Mterials & Passive Sampler Units

    • Passive Mterials

      被動(dòng)采樣材料:

      ①醫(yī)用紗布拭子-medical gauze swabs

      ②負(fù)電過濾膜(硝酸纖維素濾膜)-electronegative membranes(cellulose nitrate filter)

      ③棉花-cotton buds

    • Passive Sampler Units

      采樣器單元:①濾鍋式 ②船式?③火柴盒式?④魚雷式


被動(dòng)采樣器的四種設(shè)計(jì):部署前(上行)、部署后(中間行)和實(shí)驗(yàn)室處理期間(下行)
3D打印的被動(dòng)采樣器外殼
  • 3.METHODOLOGY

    • Passive Sampler Deployment?

被動(dòng)采樣器的部署
  • Traditional Wastewater Sampling Strategies

    1)STP:使用自動(dòng)采樣器(全天每15min等水量收集)?

    2)WTP:使用自動(dòng)采樣器(2h/1瓶-30min/1次)

    3)老年護(hù)理場所:場地小,無法安裝自動(dòng)采樣器(3h-10min/1次;7h-高頻時(shí)10min/1次或30min/1次)

    ? ? ? ? PS.使用流量加權(quán)復(fù)合計(jì)算。另由于時(shí)間、人力物力成本限制,五條干線下水道沒有使用傳統(tǒng)方法進(jìn)行配對采樣。

  • 4.Laboratory Analysis

    • Pre-Processing and Storage

      所有樣品保存于冰上運(yùn)送到實(shí)驗(yàn)室并在收集當(dāng)天進(jìn)行預(yù)處理

      ①廢水過膜后立刻提取RNA/-80℃下儲(chǔ)存

      ②被動(dòng)采樣器取回清除破爛后當(dāng)天拆除立刻提取RNA/-80℃下儲(chǔ)存

    • RNA Extraction

      ①膜和棉花等加入研磨珠管→相應(yīng)試劑盒(Trizol法)→DEPC水洗脫→原液

      ②每天至少進(jìn)行一次提取方法空白

    • Reverse Transcription and qPCR

      使用SARS-CoV-2的稀釋液制作標(biāo)準(zhǔn)曲線

    • Detection Limits

      ? ? ? ?首次使用標(biāo)曲數(shù)據(jù)集來估計(jì)定量限(Limit Of Quantification),在少于500個(gè)拷貝數(shù)的范圍內(nèi),在進(jìn)行二次實(shí)驗(yàn)去縮小范圍并增加重復(fù)次數(shù)以估計(jì)LOQ

    • Sequence Confirmation

      基因測序-genomic sequencing

  • 5.Conclusion

    • Ragging of the passive sampler units

被動(dòng)采樣器的磨損

? ? ???被動(dòng)采樣器單元發(fā)生磨損,孔內(nèi)被堵塞,但是可以通過進(jìn)一步的優(yōu)化設(shè)計(jì)減少堵塞損壞,3D打印的采樣器外殼比較易于獲得,且成本較低,所以使用3D打印的采樣器有一定的優(yōu)勢。

  • ?Detection of SARS-CoV-2 on Passive Samplers

    ? ? ? ?本研究表明使用被動(dòng)采樣技術(shù)檢測SARS-CoV-2是可行的,并且在病例較少的地域仍能檢測到。

    ? ? ? ?在分析的245個(gè)被動(dòng)采樣器中有31%能檢測到,其中electronegative membranes(41%)>gauze (31%)>cotton buds(25%)。

    ? ? (傳統(tǒng)樣品-183-50%與分析地點(diǎn)事實(shí)吻合

  • Passive sampling Versus Traditional sampling

    ? ? ? ?被動(dòng)采樣的結(jié)果是否與傳統(tǒng)收集的廢水樣品結(jié)果一致?

    ? ? ? ?結(jié)果表明在傳統(tǒng)采樣樣品的平均濃度高于定量限的所有日子里,同一天部署的被動(dòng)采樣器至少有一個(gè)對新冠病毒呈陽性;在傳統(tǒng)采樣中有13天未檢測出新冠病毒,而至少有一個(gè)被動(dòng)采樣器呈陽性。

    ? ? ? ?可能反應(yīng)了被動(dòng)采樣器與污水持續(xù)接觸,而傳統(tǒng)的抓取采樣并非如此(即使抓取頻率不低),首次展現(xiàn)了使用被動(dòng)采樣器進(jìn)行WBE的潛力


頻率表:報(bào)告在至少一個(gè)被動(dòng)采樣器中檢測到SARS-CoV-2的天數(shù),與平均廢水濃度在或在1.8拷貝/mL以上的天數(shù)相比
  • DISCUSSION

    ? ? ?證明了被動(dòng)采樣器是檢測廢水系統(tǒng)中新冠病毒的一種簡單高效的方法,研究表明DGT具有在WBE中更廣泛使用的潛力。

    ? ? ? 表明DGT能夠在低濃度病毒的廢水中進(jìn)行監(jiān)測分析。

  • Further work

    ①SARS-CoV-2與被動(dòng)采樣器材料的結(jié)合效率

    ②最大的吸附容量是多少→被動(dòng)采樣器部署的最長時(shí)間

    ③各種被動(dòng)采樣材料的最佳洗脫、提取和測定方法。

  • 6.Final

    • 讀文獻(xiàn):方法、目的、術(shù)語、啟發(fā)、提出問題

    • 復(fù)現(xiàn)一個(gè)文獻(xiàn)的方法(前處理、質(zhì)譜方法等)

滾吶!趕緊去讀文獻(xiàn)!


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