文獻(xiàn)閱讀1:用于污水監(jiān)測的SARS-CoV-2被動(dòng)采樣

1.BACKGROUND
Wastewater-Based Epidemiology (WBE)
污水流行病學(xué):通過量化分析污水中目標(biāo)化學(xué)或生物標(biāo)記物來定性或定量推演污水收集區(qū)城居民活動(dòng)與健康情況的一種調(diào)查監(jiān)控方法。
全球新冠疫情肆虐,推動(dòng)污水流行病學(xué)的迅速發(fā)展。
? ??

Large Sewage Treatment Plants
大多WBE檢測病原體的研究在污水處理廠(STP)進(jìn)水口采樣,但大型污水廠的監(jiān)測無法提供針對性的信息。
Timely Data from Smaller Catchments
而實(shí)際上需要來自較小流域的及時(shí)數(shù)據(jù)來開展公共衛(wèi)生行為。
Traditional Sampling vs?Passive Sampling
1)主動(dòng)采樣:抓取采樣
? ? ? 在較小尺度下(污水管網(wǎng)/較小的地段流域),廢水流量和污染物濃度隨時(shí)間變化很大,單次抓取可能會(huì)遺漏重要信息。
2)被動(dòng)采樣:廉價(jià)、安全且簡單(cheap, safe, and easy alternative)
? ? ?部署簡單,連續(xù)暴露減少采樣誤差。
Gap
? ? ? ?雖已有研究提供了DGT可用于廢水中病原體檢測的概念證明,但被動(dòng)采樣在廢水微生物學(xué)中的應(yīng)用未受到太多研究關(guān)注。
? ? ? ?很多問題尚未解決:①評估被動(dòng)采樣器的靈敏度 ②與傳統(tǒng)方法的比較 ③病原體在被動(dòng)采樣器上的積累是否與水中病原體濃度相關(guān)。

2.Passive Mterials & Passive Sampler Units
Passive Mterials
被動(dòng)采樣材料:
①醫(yī)用紗布拭子-medical gauze swabs
②負(fù)電過濾膜(硝酸纖維素濾膜)-electronegative membranes(cellulose nitrate filter)
③棉花-cotton buds
Passive Sampler Units
采樣器單元:①濾鍋式 ②船式?③火柴盒式?④魚雷式



3.METHODOLOGY
Passive Sampler Deployment?

Traditional Wastewater Sampling Strategies
1)STP:使用自動(dòng)采樣器(全天每15min等水量收集)?
2)WTP:使用自動(dòng)采樣器(2h/1瓶-30min/1次)
3)老年護(hù)理場所:場地小,無法安裝自動(dòng)采樣器(3h-10min/1次;7h-高頻時(shí)10min/1次或30min/1次)
? ? ? ? PS.使用流量加權(quán)復(fù)合計(jì)算。另由于時(shí)間、人力物力成本限制,五條干線下水道沒有使用傳統(tǒng)方法進(jìn)行配對采樣。

4.Laboratory Analysis
Pre-Processing and Storage
所有樣品保存于冰上運(yùn)送到實(shí)驗(yàn)室并在收集當(dāng)天進(jìn)行預(yù)處理
①廢水過膜后立刻提取RNA/-80℃下儲(chǔ)存
②被動(dòng)采樣器取回清除破爛后當(dāng)天拆除立刻提取RNA/-80℃下儲(chǔ)存
RNA Extraction
①膜和棉花等加入研磨珠管→相應(yīng)試劑盒(Trizol法)→DEPC水洗脫→原液
②每天至少進(jìn)行一次提取方法空白
Reverse Transcription and qPCR
使用SARS-CoV-2的稀釋液制作標(biāo)準(zhǔn)曲線
Detection Limits
? ? ? ?首次使用標(biāo)曲數(shù)據(jù)集來估計(jì)定量限(Limit Of Quantification),在少于500個(gè)拷貝數(shù)的范圍內(nèi),在進(jìn)行二次實(shí)驗(yàn)去縮小范圍并增加重復(fù)次數(shù)以估計(jì)LOQ
Sequence Confirmation
基因測序-genomic sequencing

5.Conclusion
Ragging of the passive sampler units

? ? ???被動(dòng)采樣器單元發(fā)生磨損,孔內(nèi)被堵塞,但是可以通過進(jìn)一步的優(yōu)化設(shè)計(jì)減少堵塞損壞,3D打印的采樣器外殼比較易于獲得,且成本較低,所以使用3D打印的采樣器有一定的優(yōu)勢。
?Detection of SARS-CoV-2 on Passive Samplers
? ? ? ?本研究表明使用被動(dòng)采樣技術(shù)檢測SARS-CoV-2是可行的,并且在病例較少的地域仍能檢測到。
? ? ? ?在分析的245個(gè)被動(dòng)采樣器中有31%能檢測到,其中electronegative membranes(41%)>gauze (31%)>cotton buds(25%)。
? ? (傳統(tǒng)樣品-183-50%與分析地點(diǎn)事實(shí)吻合)
Passive sampling Versus Traditional sampling
? ? ? ?被動(dòng)采樣的結(jié)果是否與傳統(tǒng)收集的廢水樣品結(jié)果一致?
? ? ? ?結(jié)果表明在傳統(tǒng)采樣樣品的平均濃度高于定量限的所有日子里,同一天部署的被動(dòng)采樣器至少有一個(gè)對新冠病毒呈陽性;在傳統(tǒng)采樣中有13天未檢測出新冠病毒,而至少有一個(gè)被動(dòng)采樣器呈陽性。
? ? ? ?可能反應(yīng)了被動(dòng)采樣器與污水持續(xù)接觸,而傳統(tǒng)的抓取采樣并非如此(即使抓取頻率不低),首次展現(xiàn)了使用被動(dòng)采樣器進(jìn)行WBE的潛力。

DISCUSSION
? ? ?證明了被動(dòng)采樣器是檢測廢水系統(tǒng)中新冠病毒的一種簡單高效的方法,研究表明DGT具有在WBE中更廣泛使用的潛力。
? ? ? 表明DGT能夠在低濃度病毒的廢水中進(jìn)行監(jiān)測分析。
Further work
①SARS-CoV-2與被動(dòng)采樣器材料的結(jié)合效率
②最大的吸附容量是多少→被動(dòng)采樣器部署的最長時(shí)間
③各種被動(dòng)采樣材料的最佳洗脫、提取和測定方法。

6.Final
讀文獻(xiàn):方法、目的、術(shù)語、啟發(fā)、提出問題
復(fù)現(xiàn)一個(gè)文獻(xiàn)的方法(前處理、質(zhì)譜方法等)
