大家好，歡迎觀看《時空日報》第24期。本期追蹤到時空/單細(xì)胞組學(xué)相關(guān)研究文章共計5篇。以下是應(yīng)用時空云平臺STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、DNA框架工程化嵌合體平臺實現(xiàn)有選擇性地靶向蛋白質(zhì)降解

DNA framework-engineered chimeras platform enables selectively targeted protein degradation

Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-40244-7

內(nèi)容概要：介紹了一種新型的蛋白質(zhì)降解技術(shù)——基于共價DNA框架的工程嵌合體平臺（DNA framework-based PROTACs，DbTACs），該平臺可以精確地降解感興趣的蛋白質(zhì)。該技術(shù)在不同細(xì)胞區(qū)域中的蛋白激酶和轉(zhuǎn)錄因子等多種靶標(biāo)上表現(xiàn)出強大的降解效果，為藥物研發(fā)提供了有前途的策略。

2、AtacAnnoR：一種基于參考的scATAC-seq數(shù)據(jù)注釋工具

AtacAnnoR: a reference-based annotation tool for single cell ATAC-seq data

Briefings in Bioinformatics; IF: 9.500; DOI: 10.1093/bib/bbad268

內(nèi)容概要：介紹了一種基于已注釋scRNA-seq數(shù)據(jù)的注釋工具AtacAnnoR，該工具在11個基準(zhǔn)數(shù)據(jù)集上的表現(xiàn)優(yōu)于其他6種同類方法，尤其是在使用未配對的scRNA-seq數(shù)據(jù)作為參考時表現(xiàn)最佳。此外，AtacAnnoR實現(xiàn)了“合并和丟棄”策略，進一步提高了多個參考注釋的準(zhǔn)確性。AtacAnnoR已經(jīng)實現(xiàn)為R包，并可以直接集成到當(dāng)前流行的scATAC-seq分析流程中。

3、腸粘液層中的甲酸氧化增強了鼠傷寒沙門氏菌的適應(yīng)性

Formate oxidation in the intestinal mucus layer enhances fitness of?Salmonella enterica?serovar Typhimurium

mBio; IF: 6.400; DOI: 10.1128/mbio.00921-23

內(nèi)容概要：該研究探討了鼠傷寒沙門氏菌在腸道炎癥條件下如何利用呼吸甲酸酶-N和-O來促進其在腸道中的定植，發(fā)現(xiàn)這兩種酶在小鼠誘導(dǎo)的結(jié)腸炎模型中具有冗余作用，并與四硫代硫酸鹽、硝酸鹽和氧氣呼吸耦合。此外，甲酸的利用主要發(fā)生在腸道粘液層中，而不是腸腔中。這些發(fā)現(xiàn)有助于更好地理解微生物代謝的空間性質(zhì)，并可能對其他腸道病原菌及共生微生物群落產(chǎn)生影響。

4、高同型半胱氨酸血癥通過損害睪丸間質(zhì)細(xì)胞的睪酮產(chǎn)生而降低血清睪酮濃度

Hyperhomocysteinemia lowers serum testosterone concentration via impairing testosterone production in Leydig cells

Cell Biology and Toxicology; IF: 6.100; DOI: 10.1007/s10565-023-09819-4

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq分析，發(fā)現(xiàn)高同型半胱氨酸血癥（hyperhomocysteinemia，HHcy）會導(dǎo)致小鼠血清睪酮水平下降，并揭示了HHcy在睪丸間質(zhì)細(xì)胞（Leydig cells ，LCs）功能障礙中的病因?qū)W作用。

5、通過半監(jiān)督優(yōu)化罕見細(xì)胞輪廓識別scRNA-seq數(shù)據(jù)中的細(xì)胞亞群

Sub-cluster identification through semi-supervised optimization of rare-cell silhouettes (SCISSORS) in single-cell RNA-sequencing

Bioinformatics; IF: 5.800; DOI: 10.1093/bioinformatics/btad449

內(nèi)容概要：介紹了一種名為SCISSORS的新型scRNA-seq數(shù)據(jù)分析框架，其通過半監(jiān)督優(yōu)化罕見細(xì)胞輪廓，準(zhǔn)確地識別scRNA-seq數(shù)據(jù)中的罕見細(xì)胞類型。此外，SCISSORS提供了一種高特異性的標(biāo)記基因識別方法。

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