今天通過ggplot2來繪制火山圖，并且添加基因標(biāo)簽，代碼如下：

1、?下載所需要的R包

install.packages(“ggplot2”)install.packages(“tidyverse”)install.packages(“ggrepel”)install.packages(“cowplot”)

2、導(dǎo)入需要的R包

library（ggplot2）library(tidyverse)library(ggrepel)library(cowplot)

3、示例數(shù)據(jù)

4、代碼展示

#讀取數(shù)據(jù)df <- read.csv("easy_input_limma.csv", header = T) #判斷基因上調(diào)還是下調(diào)df$group<-case_when(df$log2FC< -1 & df$PValue <0.05 ~"Down", ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?df$log2FC > 1 & df$PValue <0.05 ~"Up", ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?df$PValue >= 0.05 ~"no_signf", ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?abs(df$log2FC)<= 1 ~"no_signf")#確定上下調(diào)基因因子順序df$group<-factor(df$group,levels=c("Up","Down","no_signf"))#畫基因標(biāo)簽的候選基因篩選df1<-filter(df,log2FC>9)#ggplot2開始繪圖ggplot(data=df,aes(x=log2FC,y=-log10(PValue)))+geom_point(aes(color=group), ? ? ? ? ? size=4)+#畫水平線geom_hline(yintercept = -log10(0.05), ? ? ? ? ? linetype="dashed", ? ? ? ? ? color="grey30")+#畫垂直線geom_vline(xintercept = c(-1,1), ? ? ? ? ? linetype="dashed", ? ? ? ? ? color="grey30")+#添加基因標(biāo)簽geom_text_repel(data=df1, ? ? ? ? ? ? ? ?aes(x= log2FC,y= -log10(PValue),label= gene_id))+scale_color_manual(values = c("#FF9999","#99CC00","grey80"))+theme_half_open()

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