其實(shí)這一篇只是基于最近做轉(zhuǎn)錄組分析時(shí)的一個(gè)經(jīng)驗(yàn)而總結(jié)出來(lái)的經(jīng)驗(yàn)，相信大家看完都會(huì)有所體會(huì)（大佬應(yīng)該想到過(guò)，所以除外，哈哈）。下面，話不多說(shuō)，簡(jiǎn)單講一下如何分析超多轉(zhuǎn)錄本樣本（超500G的測(cè)序數(shù)據(jù)）時(shí)還能夠有效的節(jié)省空間。

一小空間大計(jì)算的轉(zhuǎn)錄組分析方案

上圖是一個(gè)常規(guī)分析流程：測(cè)序文件>比對(duì)結(jié)果>第一次定量結(jié)果>合并第一次定量結(jié)果>第二次定量結(jié)果>抽提并整合定量結(jié)果。但是，這一步驟中如果放任每個(gè)文件產(chǎn)生sam/bam文件，則會(huì)占用大量的存儲(chǔ)空間。因此，當(dāng)有計(jì)算資源而無(wú)存儲(chǔ)空間空間時(shí)，大家可以像下面這樣做。

其實(shí)很簡(jiǎn)單，就是將生成的sam和bam文件當(dāng)做臨時(shí)文件，每次調(diào)用前使用原始測(cè)序文件進(jìn)行比對(duì)得出，并用于下一步的分析，這樣就可以節(jié)省掉大量因?yàn)槊總€(gè)測(cè)序文件產(chǎn)生的sam和bam文件而占用的空間了。其實(shí)，其他類似的分析也可以采用這種方法，即將需要占用大量空間且可以被制作成臨時(shí)文件的步驟采用本文的方法替代，雖然可能要花費(fèi)較多的計(jì)算空間，但是這樣在完成分析的同時(shí)能夠節(jié)省必要的空間，也算是一種折中的解決方案吧。

三慣例小結(jié)

當(dāng)然，希望大家都能夠有無(wú)限量的計(jì)算空間和計(jì)算性能，這樣就不用采取本文所提到的非常規(guī)的分析手段啦。最后，進(jìn)一步推廣一下我開發(fā)的相關(guān)軟件，Multi-omics Hammer軟件和Multi-omics Visual軟件。這兩個(gè)軟件可以幫助用戶快速實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)分析，完成數(shù)據(jù)可視化工作，并且其中Multi-omics Visual是基于python開發(fā)的可視化工具，這也意味著其具有很廣闊的擴(kuò)展的空間。因此，如果后續(xù)用戶有較好的反饋，本人也將繼續(xù)維護(hù)。當(dāng)然，如果大家使用了我的軟件快速完成生信分析，可以考慮在發(fā)文章的時(shí)候添加相關(guān)引用（非常感謝啦）。如果讀者覺(jué)得還有什么功能需要實(shí)現(xiàn)，也可直接通過(guò)公眾號(hào)留言。

本公眾號(hào)開發(fā)的相關(guān)軟件，Multi-omics Hammer軟件和Multi-omics Visual軟件歡迎大家使用。文末是本公眾號(hào)在其他平臺(tái)的賬戶，也歡迎大家關(guān)注并多提意見(jiàn)。

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最后，也歡迎各位大佬能夠在本平臺(tái)上：1傳播和講解自己發(fā)表的論文；2：發(fā)表對(duì)某一科研領(lǐng)域的看法；3：想要達(dá)成的合作或者相應(yīng)的招聘信息；4：展示自己以尋找博后工作或者博士就讀的機(jī)會(huì);5:博導(dǎo)提供博后工作或者博士攻讀機(jī)會(huì)，都可以后臺(tái)給筆者留言。希望本平臺(tái)在進(jìn)行生信知識(shí)分享的同時(shí)，能夠成為生信分析者的交流平臺(tái)，能夠?qū)崿F(xiàn)相應(yīng)的利益互補(bǔ)和雙贏（不一定能實(shí)現(xiàn)，但是夢(mèng)想總得是有的吧）。

另外，怎么說(shuō)呢，投幣也可，不強(qiáng)求，但奢求。