所有的模型本質(zhì)其實就是一套完整的坐標體系

分子動力學模擬的初始模型的建立是基于研究性質(zhì)的分子級別的結(jié)構(gòu)模型。

構(gòu)建的模型必須離最后的平衡模型更加接近，一旦離得太遠很難實現(xiàn)自己想要的的信息，或者需要模擬的時間太長。

搭建模型會有很多種文件種類，在gromacs中，主要就是gro和pdb格式

在這個里面大家要主要一下就是gro手動刪除信息，就沒法讀出來

pdb可以進行手動刪除，有的時候刪除水分子，就可以手動刪除

怎么打開，都可以用可視化軟件查看，也可以用記事本查看

分析穩(wěn)定后的性能

分析到穩(wěn)定的過程

建模中需要考慮的點

• 分子濃度

• 分子數(shù)量

• 預(yù)測位置

• 盒子形狀

• 合理性問題

分子數(shù)量如何設(shè)定？

分子動力學模擬體系的分子數(shù)量取決于你需要分析的內(nèi)容來設(shè)定，如果設(shè)定的分子數(shù)目太多，基于分子動力學模擬遍歷性的特點能夠看到的現(xiàn)象概率會增加，部分現(xiàn)象在一定數(shù)量后才能出現(xiàn)，但是這樣也會需要大量的相關(guān)計算資源，如果自己分析的信息，在一定數(shù)量時也許已經(jīng)足夠了，再增加更多其實也沒有太多意義，這種設(shè)置往往需要自己有足夠的經(jīng)驗以及跟自己硬件配置來進行考慮。因為你是分析微觀態(tài)，而微觀態(tài)的系綜又是通過時間平均出來的概率，所以是可以滿足通過較小的微觀態(tài)進行解決一些宏觀態(tài)的機制。

為啥模擬只模擬一丟丟數(shù)量？

分子動力學模擬體系的分子數(shù)量取決于你需要分析的內(nèi)容，來設(shè)定，如果太多了，計算機夠跑了，其實也并沒有太多意義。因為你是分析微觀態(tài)，而微觀態(tài)的系綜又是通過時間平均出來的概率，所以是可以滿足通過較小的微觀態(tài)進行解決一些宏觀態(tài)的機制。