質(zhì)譜流式細(xì)胞術(shù)應(yīng)用文章分析——癌癥:腫瘤患者治療效果監(jiān)測-百泰派克生物科技BTP
質(zhì)譜流式技術(shù)(Mass Cytometry)在藥物開發(fā)和生物藥物表征中的潛力巨大。質(zhì)譜流式細(xì)胞術(shù)將質(zhì)譜技術(shù)與流式細(xì)胞儀相結(jié)合,能夠?qū)崿F(xiàn)對單個(gè)細(xì)胞的生化成分進(jìn)行深入研究,幫助我們理解疾病機(jī)制,驗(yàn)證藥物的效果,發(fā)現(xiàn)新的藥物靶點(diǎn)以及增強(qiáng)生物制藥質(zhì)量控制。這在生物藥物表征中非常有用,它可以幫助解決以下一些問題:
單細(xì)胞層次的分子表征:傳統(tǒng)的質(zhì)譜技術(shù)通常需要大量的樣本以獲取可靠的結(jié)果,而質(zhì)譜流式技術(shù)則可以分析單個(gè)細(xì)胞的生化成分,這可以幫助我們更深入地理解細(xì)胞的生物學(xué)特性。
生物分子的定量分析:質(zhì)譜流式技術(shù)可以對細(xì)胞內(nèi)的生物分子進(jìn)行定量分析,包括蛋白質(zhì)、代謝物和其他生物分子。
細(xì)胞異質(zhì)性的研究:細(xì)胞群體中的細(xì)胞并非完全相同,它們之間的差異可能影響疾病的發(fā)展和治療的效果。質(zhì)譜流式技術(shù)可以幫助我們研究這種細(xì)胞異質(zhì)性。
百泰派克生物科技BTP采用基于Fluidigm Helios流式細(xì)胞儀(Mass Cytometry System for Single Cell Analysis)用于單細(xì)胞質(zhì)譜分析,該平臺能夠完成包括單細(xì)胞捕獲、cDNA合成、實(shí)時(shí)定量PCR分析、目標(biāo)區(qū)域擴(kuò)增以及質(zhì)譜流式細(xì)胞分析。
癌癥是全球范圍內(nèi)人類的主要死亡原因之一。在過去 30 年中,識別驅(qū)動基因修飾一直是癌癥研究的核心目標(biāo),從而產(chǎn)生了癌癥基因組圖譜 (TCGA)和癌癥體細(xì)胞突變目錄 (COSMIC) 等,其中包括廣泛的大規(guī)模、系統(tǒng)測序研究,這些研究構(gòu)成了主要腫瘤類型突變異常的綜合目錄。
近年來,對于癌癥的研究開始關(guān)注腫瘤-免疫過程(圖1),尤其是腫瘤微環(huán)境(TME)中的免疫狀態(tài)。免疫細(xì)胞異質(zhì)性和各種細(xì)胞亞群的存在使TME免疫分析復(fù)雜化。此外,腫瘤團(tuán)塊內(nèi)免疫的空間分布是顯著影響免疫細(xì)胞獲得促腫瘤或抗腫瘤功能的關(guān)鍵參數(shù)??紤]基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、表觀基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的多組學(xué)觀點(diǎn)對于揭示TME的免疫復(fù)雜性是必要的。

腫瘤和免疫系統(tǒng)這兩個(gè)交織系統(tǒng)相互作用的內(nèi)在復(fù)雜性帶來了相當(dāng)大的挑戰(zhàn),需要全面的方法來檢測腫瘤起始和進(jìn)展期間以及治療調(diào)節(jié)后的癌癥免疫。幾種已建立的新型高通量技術(shù)能夠生成必要的數(shù)據(jù),從而為機(jī)制理解提供基礎(chǔ),并最終增加受益于癌癥免疫治療的患者數(shù)量。二代測序(NGS)技術(shù)不僅提供了可以挖掘免疫相關(guān)參數(shù)的大型數(shù)據(jù)集。但也越來越多地用于臨床環(huán)境,為癌癥治療提供信息。此外,單細(xì)胞RNA測序(scRNA-seq)和質(zhì)譜流式技術(shù)(CyTOF)等新技術(shù)已經(jīng)成熟,并首次能夠在單細(xì)胞水平上精確表征分子過程。質(zhì)譜流式技術(shù)已經(jīng)在腫瘤的早期檢測,免疫圖譜繪制等多個(gè)領(lǐng)域被應(yīng)用。
免疫檢查點(diǎn)封鎖徹底改變了癌癥治療。特別是,已發(fā)現(xiàn)抑制程序性細(xì)胞死亡蛋白1(PD-1)可有效治療轉(zhuǎn)移性黑色素瘤和其他癌癥。但依然有很大一部分患者沒有表現(xiàn)出持久的緩解,因此,迫切需要臨床反應(yīng)的預(yù)測性生物標(biāo)志物。
Burkhard Becher團(tuán)隊(duì)使用轉(zhuǎn)移性黑色素瘤患者在治療前和治療期間的外周血單核細(xì)胞(PBMC)作為一種易于獲得的微創(chuàng)活檢來探測與抗PD-1免疫治療反應(yīng)相關(guān)的免疫特征。文章使用質(zhì)譜流式技術(shù)對IV期黑色素瘤患者在接受12周抗PD-1免疫治療前后的外周血中的免疫細(xì)胞亞群進(jìn)行了深入分析。研究發(fā)現(xiàn),在開始治療之前CD4和CD8 T細(xì)胞的淋巴細(xì)胞減少,γδ T細(xì)胞和NKT細(xì)胞的輕微升高,對抗PD-1免疫治療的無進(jìn)展和總生存率的有力預(yù)測是CD14CD16+-HLA-DRhi單核細(xì)胞的頻率。在治療前,應(yīng)答者與非應(yīng)答者相比,表達(dá)IL-4、Grz-B、IFN-γ或GM-CSF的CD4 T細(xì)胞以及表達(dá)CTLA-4、Grz-B或IL-13的CD8 T細(xì)胞的頻率略有增加。然而,在治療開始后,應(yīng)答者中表達(dá)PD-1、IL-4、IFN-γ、IL-10、IL-17A和Grz-B的CD4 T細(xì)胞數(shù)量高于非應(yīng)答者。對于CD8 T細(xì)胞,與非應(yīng)答者相比,在應(yīng)答者中檢測到CTLA-4和顆粒酶B的上調(diào)(圖2)。

除了免疫治療,質(zhì)譜流式也可以在監(jiān)測其他療法的效果。有研究使用質(zhì)譜流式技術(shù)監(jiān)測了急性和慢性劑量標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞毒化療后晚期CRC患者的循環(huán)免疫細(xì)胞譜,并分析了7個(gè)主要的免疫細(xì)胞群和20多個(gè)亞群。對質(zhì)譜數(shù)據(jù)的無監(jiān)督聚類分析顯示,在一個(gè)周期的細(xì)胞毒化療后,NK細(xì)胞的數(shù)量減少。對NK亞群的調(diào)查顯示,在急性和慢性化療后,CD56dim CD16 NK細(xì)胞群下降。進(jìn)一步分析長期化療期間NK細(xì)胞亞群的頻率,發(fā)現(xiàn)亞群發(fā)生了變化,成熟的、具有細(xì)胞毒性的CD56+dim CD16減少,同時(shí)不太成熟的CD56+dim CD16-和CD56bright NK細(xì)胞群顯著增加。此外,對NK細(xì)胞中信號反應(yīng)的磷酸化狀態(tài)的分析發(fā)現(xiàn),患者和健康志愿者之間的pERK、pP38、pSTAT3和pSTAT5存在明顯差異,并且在整個(gè)化療過程中保持不變(圖3)。

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