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簡(jiǎn)單高效利用Batch Entrez批量獲取基因別名

2023-03-22 09:22 作者:小云愛生信  | 我要投稿

爾云間? 一個(gè)專門做科研的團(tuán)隊(duì)

原創(chuàng)?小果?生信果 ? 關(guān)注我們

最近小果在學(xué)習(xí)過(guò)程中,發(fā)現(xiàn)自己的基因ID進(jìn)行注釋后,使用注釋好的基因名提取表達(dá)矩陣時(shí)總是有些基因名與自己所使用的表達(dá)矩陣不符合,這時(shí)候就需要手動(dòng)一個(gè)一個(gè)去查找未匹配上基因的別名,這樣對(duì)于基因少的時(shí)候挺方便,但是如果基因過(guò)多,在逐個(gè)去查找就很費(fèi)時(shí),為了解決這個(gè)這個(gè)問(wèn)題,今天小果就給小伙伴們教一種批量獲取基因別名的方法,該方法簡(jiǎn)單易操作,性價(jià)比極高。

今天小果在這里準(zhǔn)備了一個(gè)文件給文件里面包含多個(gè)基因ID,保存為gene_id.txt,如下圖所示


有了文件接下來(lái)就介紹操作步驟:

1.打開NCBI,地址為:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,點(diǎn)擊進(jìn)入首頁(yè),找到Resource List


2.進(jìn)入Resource List目錄,找到Batch Entrez工具,點(diǎn)擊進(jìn)入Batch Entrez工具頁(yè)面。


3.進(jìn)入Batch Entrez工具頁(yè)面,該頁(yè)面頂部可以看到有Database,F(xiàn)ile兩個(gè)目錄下都有下拉菜單,在Database下拉菜單中中找到Gene,在File中上傳gene_id.txt文件,點(diǎn)擊Retrieve,開始查找。


4.點(diǎn)擊完Retrieve,就會(huì)進(jìn)入查找頁(yè)面,因?yàn)樾」樵兊腎D就10條左右,所以很快就查詢完了,點(diǎn)擊Retrieve records for 10 UID(s)進(jìn)行結(jié)果查看。


5.點(diǎn)擊完Retrieve records for 10 UID(s),進(jìn)入到一個(gè)新的頁(yè)面,也就是批量查詢到的基因別名的結(jié)果頁(yè)面,結(jié)果如下,小伙伴可以自行查看自己的結(jié)果。

到這里呢,小果的分享就結(jié)束了,是不是很容易,小伙伴們快去試試吧。



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