一、甲基化簡介

DNA甲基化是最早發(fā)現(xiàn)的修飾途徑之一，真核生物中甲基化僅發(fā)生于胞嘧啶，即在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶（DNMTs）的作用下，CpG二核苷酸5’端的胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?’-甲基胞嘧啶。

大量研究表明，DNA甲基化能引起染色質(zhì)結(jié)構(gòu)、DNA構(gòu)象、DNA穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)相互作用方式的改變，從而控制基因表達。DNA甲基化通常抑制基因表達，去甲基化則誘導(dǎo)了基因重新活化和表達，這種DNA修飾方式在不改變基因序列的前提下實現(xiàn)對基因表達的調(diào)控。

二、BSP實驗原理

亞硫酸氫鹽處理后測序法（bisulfite sequencing PCR,BSP）是檢測基因甲基化的經(jīng)典方法，其原理為：用亞硫酸氫鈉修飾處理基因組DNA，所有未發(fā)生甲基化的胞嘧啶（C）被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶（U）而甲基化的胞嘧啶則不變。

用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA，所有未發(fā)生甲基化的胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不變；隨后在CpG島兩端設(shè)計引物進行PCR擴增，將目的產(chǎn)物純化后進行TA克隆，每個克隆挑取陽性克隆測序，最后將測得的序列與原始序列比對，統(tǒng)計甲基化位點及數(shù)量，并分析甲基化程度。

三、BSP結(jié)果與分析

點狀圖

展示甲基化的經(jīng)典方法，白色空心點表示未發(fā)生甲基化的CG位點，黑色實心點表示發(fā)生甲基化的CG位點。

柱狀圖

目的基因待測片段的綜合甲基化水平，即黑色實心點數(shù)/（黑色實心點數(shù)+白色空心點數(shù)），以甲基化比例為數(shù)據(jù)源，制作柱狀圖。

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