????最近在搞生物方向的大創(chuàng)，學(xué)姐給推薦了一個查找與目標(biāo)酶功能相似的酶的網(wǎng)站

????結(jié)果不會用，上網(wǎng)一查發(fā)現(xiàn)連教程都沒有

????于是，經(jīng)過我?guī)滋斓呐?瘋狂問學(xué)姐)，終于搞懂了這玩意的用法！

1.確定目標(biāo)酶序列

????在NCBI中搜索咱的目標(biāo)蛋白，這里就用我們的酶來舉例，我們選擇的是一篇文獻(xiàn)中提到的氨肽酶Dmpa為目標(biāo)酶(這里也可以說是探針酶)

????選第一個然后run BLAST

BLAST!!!!!

????這里的第一個就是咱自己選的蛋白FASTA序列

????把目標(biāo)蛋白的FASTA序列下載下來，我們就成功獲得目標(biāo)蛋白序列啦

2.確定目標(biāo)酶的保守活性位點

????確定了保守位點才可以在后面搜索的時候知道哪些位點是與酶功能有關(guān)而不能改變的

????這時又需要我們?nèi)f能的NCBI上場了

????從NCBI首頁打開 Domains & Structures，接著點開CDD

????打開CD-Search，把咱剛剛獲得的目標(biāo)蛋白FASTA序列粘貼進(jìn)去

Submit!!!!

????這些被綠色框框起來的三角所指出的就是這個酶保守活性位點所在的位置

????接下來，想要看得更清楚一點

????點開 show extra options 把框里的倍數(shù)改成10

????點 Update graph

????當(dāng)當(dāng)當(dāng)，這下保守位點的位置及其所對應(yīng)的氨基酸殘基都可以看得清清楚楚了

????接下來，把每個位點的位置及其對應(yīng)的氨基酸都記下來

????咱就得到目標(biāo)酶的保守活性位點了！

3.搜索相似酶

????接下來就是今天的主角登場啦(不過操作還是很簡單的)

????打開EM然后將目標(biāo)酶的FASTA序列復(fù)制進(jìn)去

????將我們第二步獲得的目標(biāo)酶保守活性位點一一填入最下面Accession框中，名字必填但不重要，自己知道就行

????建議填郵箱，服務(wù)器搜索一次要三四天，出結(jié)果了會郵箱通知(當(dāng)然我的郵箱是亂填的啦)

Next!!!!

????FOUR DAYS LATER

????咱就得到了上千個與目標(biāo)酶功能相似的酶啦，還可以進(jìn)行一些大的篩選，去掉相似度20以下、80以上的。

4.進(jìn)一步去冗余

????咱得到的上千個酶里面可能存在很多兩兩相似度極高的酶，我們需要把他們兩兩進(jìn)行序列的對比，相似度極高的留一個就彳亍了。

????又是勞模NCBI上場

????打開經(jīng)典BLAST，勾選 Align two or more sequences

????此時出現(xiàn)了兩個輸入框

????咱們回到之前EM的結(jié)果界面，把相似酶列表滑到最右邊，每個酶的FASTA序列都在最右邊標(biāo)注出來了，只需要點一下序列，它就自動復(fù)制在粘貼板上了

????隨便選兩個為例，復(fù)制序列，分別粘貼在BLAST的兩個輸入框中

繼續(xù)BLAST??！

????可以看到，這兩個酶的相似度有63.18%

????還行，兩個都保留

????接下來只需要重復(fù)上千次，就完成了去冗余，怎么樣，很簡單吧！

????那么，到此整個方法就介紹完了，如果有什么錯漏歡迎批評指正，能夠幫到各位就太好了！！