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欲入門生信數(shù)據(jù)挖掘,學(xué)《生信全書》足矣。
醫(yī)生做科研,素來有三大技能:臨床研究、基礎(chǔ)研究和生信分析。
其中,臨床研究需要高質(zhì)量的臨床資料做支撐,基礎(chǔ)研究則需要強(qiáng)大的實(shí)驗(yàn)技能背書,唯獨(dú)生信分析才真正稱得上是可以“無中生有”的科研策略,即借他人之?dāng)?shù)據(jù)出自己的文章。
換言之,只需將相關(guān)生物數(shù)據(jù)下載下來,然后擇一趁手的生信軟件唰唰一分析,一篇SCI文章就新鮮出爐。其效率之高、產(chǎn)出之快,使得大家都想在生信領(lǐng)域中分得一杯羹,這也難怪生信文章在現(xiàn)如今越來越受大家歡迎。
然而,生信分析這么給力的科研技能,也不是隨隨便便就能學(xué)會(huì)的。為了掃除生信學(xué)習(xí)的壁壘,解螺旋于今年初正式上線了《生信全書》體系課程,總結(jié)提煉生信文章套路,培養(yǎng)課題思路。
該課程從零基礎(chǔ)開始到實(shí)現(xiàn)文章效率產(chǎn)出所需要的知識(shí)都匯集到了一起,且會(huì)依據(jù)學(xué)員間不同的學(xué)習(xí)能力,分為零基礎(chǔ)無代碼全工具操作的上篇(4個(gè)段位,16個(gè)模塊)和基于R語言編程實(shí)現(xiàn)高級(jí)分析的下篇(4個(gè)段位,16個(gè)模塊),學(xué)員們學(xué)成之后,生信文章必然手到擒來。

正所謂,邏輯為綱,是整套知識(shí)體系的骨架。所以,在第一節(jié)課程中,酸菜老師將通過本課幫學(xué)員們建立生信宏觀思維,以還原論思想模塊化拆解研究套路,將其中基本要素和要素間組合的原則提煉出來,讓大家能夠化繁為簡(jiǎn),直擊要害,高效突破學(xué)習(xí)瓶頸。
01
一般而言,醫(yī)生做科研,基礎(chǔ)研究是主線,臨床研究是標(biāo)配。
而隨著高通量數(shù)據(jù)的快速增長(zhǎng),人們獲得了海量的生物數(shù)據(jù),將這些數(shù)據(jù)進(jìn)行二次挖掘,即可得到一篇篇生信文章,確實(shí)是一條科研快通道,這才形成了生信研究、基礎(chǔ)研究和臨床研究之間的三足鼎立之勢(shì)。
所以酸菜老師首先解構(gòu)了這三類研究的技能構(gòu)成和套路規(guī)則,重點(diǎn)講解了三類研究的實(shí)操過程中的重難點(diǎn),同時(shí)也比較了這三類研究的文章產(chǎn)出流程。
學(xué)員們可通過此課程了解自己在從事這三類研究的薄弱之處,而后就能對(duì)癥下藥,快速將自己的短板補(bǔ)齊,不至于再拖后腿。
02
基礎(chǔ)、臨床、生信研究的文章各自都有著迥然不同的特點(diǎn):
基礎(chǔ)研究講究邏輯嵌套(主變量是RNA和蛋白),從宏觀到微觀層層遞進(jìn),是一種線性的因果要素構(gòu)成的鏈條;
生信研究卻是利用不同的數(shù)據(jù)集,用不同的分析策略獲得多個(gè)不同角度的結(jié)論,是無數(shù)線段構(gòu)成的網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)。其中,數(shù)據(jù)出發(fā)、工具驅(qū)動(dòng)和模塊組合是生信分析文章的顯著特點(diǎn);
臨床研究則相對(duì)簡(jiǎn)單,就像一道填空題,按照固定的格式(均有指南可參考)進(jìn)行填寫即可。
03
接下來,課程也提煉出了生信研究的要素結(jié)構(gòu)——疾病、問題、數(shù)據(jù)特征和分析策略,以及演繹數(shù)據(jù)的四個(gè)標(biāo)準(zhǔn)分析模塊:
表達(dá)差異(挑,挑差異分子出來);
功能聚類(圈,把有同一類功能注釋的分子圈出來);
交互網(wǎng)絡(luò)(聯(lián),在分子群內(nèi)部建立關(guān)聯(lián));
臨床意義(靠,把分析出來的分子或者分子群往臨床意義上靠)。
04
總之,挑、圈、聯(lián)、靠四字訣,就是架構(gòu)起分析策略的四大標(biāo)準(zhǔn)模塊。
而通過不同數(shù)據(jù)特征的數(shù)據(jù)集,經(jīng)過不同分析模塊組合的分析策略,解答疾病中特定的問題,這就是生信文章套路本質(zhì),也是生信研究的頂層思維。
換言之,所謂的生信文章套路是在確定的疾病和問題條件下,針對(duì)不同特征的數(shù)據(jù),按照4個(gè)標(biāo)準(zhǔn)模塊多樣化組合的形式,完成數(shù)據(jù)分析流程,所產(chǎn)出的一種文章套路。
另外,本體系課程匯集了64個(gè)生信常用分析工具,其中,表達(dá)差異8個(gè),功能聚類15個(gè),交互網(wǎng)路25個(gè),臨床意義16個(gè),可以說是一站式全覆蓋,學(xué)員們只要將這些工具掌握了就可以實(shí)現(xiàn)零代碼發(fā)表生信文章。
以上就是生信知識(shí)體系的頂層思維,學(xué)員們知道了邏輯關(guān)系和內(nèi)在原理,還是需要參加課程配套的生信訓(xùn)練營(yíng)進(jìn)行大量實(shí)操技能修煉才能破繭成蝶。
而今天這本課程的配套書籍將免費(fèi)贈(zèng)送給各位,如果你已經(jīng)心動(dòng)了,不如趕緊掃碼行動(dòng)起來吧!

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