1645年冬，鄭芝龍擁立唐王朱聿鍵在福州登位。鄭芝龍、周鶴芝（一作崔芝）等人連續(xù)派使者向日本發(fā)出了派軍支援的請求。12月，水師都督崔芝，又以林高為使者，派去日本，要求派兵三千。鄭芝龍汲取書信中說“前云借兵五千”。對于這次借兵，江戶幕府向長崎奉行指示說：“此次林高雖來申述，然而事起倉促，無意滿足?？蓪⒋艘飧嬷盍指咴缭缁貒??！庇谑侵茭Q芝轉而求與其有舊交的薩摩藩主島津氏派遣援兵。1646年3月，周鶴芝根據前一年與薩摩藩的約定，準備派遣參謀林齋舞把計劃付諸實現。但遭到副將黃斌卿的反對。1646年9月，鄭芝龍又命黃征明持隆武帝國書并自己書信及彩緞等物，赴日本長崎乞援兵，時義直、賴宣、賴房等三重臣均擬出兵，因大老井伊直孝拒絕而遲疑難決，不久獲悉隆武帝被殺、鄭芝龍投降，未能成行。當時在幕府將軍德川家光面前議論此事，紀伊和歌山藩的初代藩主德川賴宣言道，應該集結數十萬的浪人，號召日本西國中國地方的各個大名小名，支援明國可以發(fā)揚本朝的武威四海光輝，愿任總大將率軍兵攻入明國。他并且得到曾經在豐臣秀吉時代參加過萬歷朝鮮之役與明朝作戰(zhàn)過的老將真鍋真入宗白的加入。其實德川家光當時確有派兵援助之意，并要求對馬島主向朝鮮提出借道出送援兵的請求，對馬島主認為朝鮮缺糧又路途遙遠不可行，不過德川家光說軍糧當自日本船運，既然是鄰國怎么能忌憚借道的事情呢？雖然日方再三請求，但是朝鮮仁祖最后終究沒有答應，看得出來仁祖雖然心懷反清，但是對日本仍舊存有壬辰倭亂以來的芥蒂。1647年和1648年鄭彩（魯王征虜大將軍建國公、鄭成功族兄）曾兩次移書日本幕府求援。 但最有意義的是鄭成功。鄭芝龍之子鄭成功及其孫鄭經連續(xù)三代也都接連不斷對日本請求過軍事支援，從1645年開始到1674年的三十年間總共對日派遣了十次使者。1647年，鄭成功轉戰(zhàn)同安、金門等處，屢摧清軍，為永歷帝朱由榔封威遠侯，方此之際，他感到明朝中興有日，就致書長崎幕府，請討援兵：“大明龍興三百年，治平日久，人皆忘亂，韃靼乘虛破兩京，神州悉為腥擅所污。成功深受國恩，故將瑛血以報答。徘徊浙閩間，咸義頗有樂從者?！背酥猓琰S宗羲等支持復興明朝的勢力也派遣了不少使者。然而實行鎖國政策的江戶幕府對于軍事上的支援一貫持否定態(tài)度，所以一直對此保持沉默，僅僅允許以貿易等形式出售物資和倭刀等武器。在后來的三藩之亂中，江戶幕府也暗中給予三藩物資支持。此外，南明復興勢力也向琉球、南洋諸國甚至西方國家尋求援助。建國公鄭彩在琉球購買硫磺以抗清，經由琉球及薩摩藩，向江戶幕府發(fā)出乞師請求；薩摩藩力主支援南明，但被江戶幕府拒絕。永歷帝曾通過耶穌會傳教士卜彌格，向羅馬教廷及歐洲諸國派遣了乞師的使者，但都以失敗告終。南明最終滅亡，滿清皇帝統治了中國，朱舜水等一些反清人士也流亡到日本、安南等外國。受到朱舜水的影響，日本儒者不承認清的正統性，甚至認為中國已經被來自滿洲的韃靼人滅亡，日本才是儒家文化的正統繼承者。