在Autodock Vina中，要快速檢查對接結果中是否生成氫鍵，可以通過分析輸出的對接結果文件來完成。

以下是一種常用的方法：

執(zhí)行Autodock Vina對接：首先，使用Autodock Vina進行蛋白質(zhì)和小分子的分子對接。確保已經(jīng)設置了合適的參數(shù)和輸入文件，以生成對接結果。

解析對接結果文件：對接過程完成后，Autodock Vina會生成一個對接結果文件，通常是.pdbqt格式。您可以使用文本編輯器或腳本語言（如Python）來解析該文件。

查找氫鍵信息：在對接結果文件中，每個原子通常都會有相關的信息，如坐標和對應的原子類型。您可以通過檢查原子類型以及其坐標的方式來判斷是否存在可能的氫鍵。常見的氫鍵模式包括氫鍵受體（HBA，通常是含氧或氮原子）和氫鍵供體（HBD，通常是氫原子）之間的相互作用。

使用分子可視化工具：為了更直觀地觀察氫鍵，您可以使用分子可視化工具（如PyMOL、VMD或Discovery Studio）加載對接結果文件，并選擇適當?shù)娘@示模式和顏色來突出顯示可能的氫鍵。

Autodock是一款分子對接軟件包，開源且免費，AutoDock和AutoGrid兩個模塊網(wǎng)址是http://autodock.scripps.edu/，

Autodock的分析工具（ADT）可以用于檢查Autodock生成的對接結果中的氫鍵。

1 分析對接結果，打開對接的pdbqt文件。

Analysize-->docking --> open autodock vitual screening result ligand-->打開result.pdbqt?

2我們導入對接結果pdbqt文件和蛋白質(zhì)受體pdbqt文件。

3 分析相互作用力的情況點擊analyze-->docking-show interactions就可以展示虛線的鍵。

4 為了排除視覺的干擾，我們先把蛋白質(zhì)的球狀模型隱藏掉,再選擇一個對接結果的小分子模型。

5 在建的相互作用力中設置把display msms和cose contact也點掉，再點擊氫鍵hydrogen bonds

6 如果發(fā)現(xiàn)沒有變化，說明這個最低結合能沒有生成氫鍵

7 我們按住右鍵鍵盤，換到下一個構像，這次會彈出白框，圖片也發(fā)生了變化，可以看到小分子和蛋白質(zhì)A鏈的457號氨基酸的N原子形成了氫鍵。

7?再按鍵盤右鍵發(fā)現(xiàn)沒有了白框和小球生成出現(xiàn)，說明第三個構像又沒有氫鍵。

結果分析時是選最低結合能最低但是沒有形成氫鍵的那個呢還是選結合能還可以但是有氫鍵的那個呢。

在對接結果中，通常最低的結合能對應著較穩(wěn)定的結合構象。因此，一般來說，選擇具有最低結合能的復合物作為候選結構是合理的。

然而，有時候具有較高結合能但形成了關鍵的氫鍵的復合物可能具有更高的生物活性。這是因為氫鍵可以在分子間形成穩(wěn)定的相互作用，對于藥物與靶標之間的相互作用來說具有重要的貢獻。

因此，在選擇對接結果時，需要綜合考慮多個因素，包括結合能、氫鍵形成情況、藥物與靶標的相互作用等。如果一個復合物具有較高的結合能且形成了重要的氫鍵，可能值得進一步評估其生物活性和特異性。

綜上，選擇最低結合能的復合物作為候選結構是常見的做法，但如果有明顯的關鍵氫鍵存在且具有重要的生物活性，可以考慮對這些復合物進行進一步的評估和研究。我覺得嚴格來講應該選擇有氫鍵的。

?

8 順便我們也學習一下在使用vina對接分析后的文章引用，我們來到他的官網(wǎng)之后，點擊citation引用。

我們在運行完成vina之后也會有一段話，提示我們?nèi)绾我胿ina。?

以上就是小云帶你Autodock快速檢查vina對接結果中是否生成氫鍵的具體操作以及關于vina的引用方法。

云生信平臺鏈接：http://www.biocloudservice.com/home.html。

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