當(dāng)您需要在分子生物學(xué)中看到“大局”時(shí)，您需要查看感興趣的生物體的整個(gè)基因組。

?

從我所看到的，大多數(shù)人不這樣做；研究人員一般的工作計(jì)劃只包括深入基因組來尋找特定的基因/蛋白序列（除非它們的工作包括基因組分析，系統(tǒng)發(fā)育等）。

?

其實(shí)整個(gè)基因組視圖（genome view）不僅能幫助您全面的了解正在研究的系統(tǒng)，還可以為一些研究提供非常有用的策略，如敲除和同源重組，在這些研究中，提前知道什么是圍繞你的目標(biāo)序列是至關(guān)重要的。

?

一些在線和離線的基因組瀏覽器可用，每個(gè)都有自己的優(yōu)缺點(diǎn)。下面給大家推薦3種最好用的基因組瀏覽器/編輯器。

?

Artemis

?

Artemis是Sanger研究所提供的基因組瀏覽器。它是一個(gè)基于java的工具，具有3盤式界面窗口，以各種分辨率描繪基因組。不同分辨率之間的交替是有點(diǎn)棘手的，但一旦掌握了它，這不應(yīng)該是困難的。還有一個(gè)搜索工具可以讓您跟蹤您要查找的特定功能。

?

Artemis的一個(gè)很大的特點(diǎn)是它允許編輯序列注釋和功能。雖然這個(gè)工具不是很完美，有時(shí)候有點(diǎn)繁瑣，但確實(shí)能完成一些工作。

?

Artemis支持最常見的文件類型-EMBL，GENBANK，F(xiàn)ASTA或原始格式?？梢砸訣MBL，GENBANK或GFF格式添加額外的序列特征。

?

我最喜歡Artemis的一點(diǎn)是：Artemis有一個(gè)網(wǎng)頁版本和一個(gè)脫機(jī)版本，這意味著一旦你習(xí)慣了，你可以在有Java的任何一臺電腦上運(yùn)行它。

?

Apollo

?

Apollo基因組瀏覽器是另一個(gè)基于java的基因組瀏覽器和注釋工具。它是運(yùn)行大多數(shù)在線基因組瀏覽器的Gmod項(xiàng)目的一部分。該工具來自伯克利果蠅基因組計(jì)劃和Sanger研究所之間的合作。?Apollo擁有與Artemis所提供的功能相似的功能，但我發(fā)現(xiàn)該界面的用戶友好性差。但這只是一個(gè)個(gè)人意見，所以Apollo和Artemis，您都可以嘗試下，并決定哪個(gè)適合自己。再次，用戶指南將幫助您充分利用Apollo。

?

The NCBI Genome Workbench?

不僅僅是基因組瀏覽器。顧名思義，它是一個(gè)完整且可自定義的工具，可讓您組織序列數(shù)據(jù)，您可以從NCBI數(shù)據(jù)庫或自己的文件中檢索項(xiàng)目，然后以各種方式查看和操作它們。沒有在線版本，但下載和安裝NCBI基因組工作臺是非常簡單的。

?

該軟件允許您查看序列，比如平面序列文件，系統(tǒng)發(fā)育樹，對齊及更多。

?

優(yōu)秀的可縮放圖形模式是這個(gè)工作平臺的真正實(shí)力。它可以讓您輕松地瀏覽不同細(xì)節(jié)級別的序列數(shù)據(jù) - 單個(gè)基因可以單獨(dú)觀察或在其基因組背景中進(jìn)行查看，并可從圖形視圖直接進(jìn)行比對。還提供了一套好的對齊分析工具，BLAST和分析結(jié)果可以保存到您的項(xiàng)目中，這使您可以很好地跟蹤序列數(shù)據(jù)和分析。

?

該工具支持相當(dāng)多的文件格式，我沒有使用FASTA和大多數(shù)其他文件格式的問題。然而，當(dāng)我嘗試導(dǎo)入一個(gè)GFF3格式的Dictyostelium完整的第一染色體時(shí)，該程序不斷崩潰，所以很明顯，一些bug仍然需要解決。

?

NCBI基因組工作臺提供一個(gè)非常好的想法，和一些有用的工具，使該工作平臺成為很多研究人員的首選。該網(wǎng)站有一套全面的說明教程，可幫助您快速掌握使用方法。

?

還等什么，趕緊去嘗試一下如上提到的3種Genome Viewers/Editors吧！總有一款會(huì)適合您的研究。

?