1503年，切薩雷出席了一個胡安·波吉亞的教外派對，切薩雷在派對上作演講，表示在他的率領(lǐng)下，意大利將很快達(dá)成統(tǒng)一，派對開始時，羅德里格提醒切薩雷，征服意大利的事情，他并沒有獲得教皇的批準(zhǔn)，但切薩雷卻表示自己雖然沒有教皇授予的名號，但權(quán)力正把握在他的手中，然后和羅德里格一起離開了會場。

這場派對上，艾吉奧刺殺了胡安·波吉亞。

同年，切薩雷讓米凱萊托將弗朗切斯科·特洛基絞死在普雷納斯蒂納城門，原因是弗朗切斯科將切薩雷征服羅馬涅的計(jì)劃告知給了他的兄弟埃吉迪奧·特洛基，并且切薩雷的手下截到了一封弗朗切斯科給威尼斯總督，請求威尼斯大使組織切薩雷政府羅馬涅的計(jì)劃。

切薩雷認(rèn)為弗朗切斯科背叛了自己，所以將他絞殺。

同時，切薩雷讓米凱萊托去殺死盧克雷齊婭的秘密情人皮埃特羅·羅西，但皮埃特羅最后被艾吉奧救了下來。

1503年8月，由于以艾吉奧為首的刺客組織的行動，切薩雷手中的軍隊(duì)和資金都急速減少，因此切薩雷前去質(zhì)問羅德里格，他想要知道究竟發(fā)生了些什么。

但羅德里格卻反過來質(zhì)問切薩雷對權(quán)力的貪得無厭，他表示自己已經(jīng)給了切薩雷想要的一切，但切薩雷卻從不滿足。

切薩雷讓羅德里格把蘋果交給他，羅德里格拒絕，不肯將蘋果交出，此時……盧克雷齊婭從門外沖進(jìn)來告訴切薩雷，羅德里格想把他毒死。

切薩雷當(dāng)即愣了一下，沒想到羅德里格這老家伙還是把他算了一道，他連忙吐出嘴里的毒蘋果，他大怒之下沖到羅德里格面前，用力的將有毒的蘋果往羅德里格里面塞，很快就讓羅德里格窒息而死。

切薩雷顧不上這么多了，他強(qiáng)行逼問盧克雷齊婭蘋果的下落，得到下落的切薩雷顧不上毒藥的事情了，他急匆匆地前往圣伯多祿大殿，但金蘋果已經(jīng)被艾吉奧搶先取走了。

至此，切薩雷不再是那個權(quán)勢滔天的人了，他和波吉亞家族的影響力急速下降，雖然毒藥不至于讓他死去，但切薩雷也虛弱了好幾個月的時間，在被私人醫(yī)生照顧的時間內(nèi)，切薩雷也在聚集人手，但刺客組織在削弱他的力量，紅衣主教們也不再支持他。

切薩雷派米凱萊托到北部戰(zhàn)場召回他的軍隊(duì)，然而切薩雷在米凱萊托還沒回來的時候就遭遇了刺客組織，在他身邊僅剩的追隨者都倒下之后，法比奧·奧爾西尼帶著教皇衛(wèi)隊(duì)來到現(xiàn)場，在新任教皇儒略二世的命令下逮捕了切薩雷。

切薩雷被捕后被監(jiān)禁在圣天使堡，但是波吉亞家族的勢力還是滲透了進(jìn)去，1504年，兩名衛(wèi)兵協(xié)助切薩雷成功越獄，切薩雷為了避開崗哨，乘船沿著臺伯河逃走，但被艾吉奧追了上來并且再次抓捕，雖然艾吉奧向教皇建議處死切薩雷，但教皇卻說把切薩雷轉(zhuǎn)移到更安全的監(jiān)獄更好，于是切薩雷被轉(zhuǎn)移到了西班牙的德·拉蒙塔城堡。

而逃離了監(jiān)獄的米凱萊托則時時刻刻想著幫助切薩雷逃離監(jiān)獄。

1506年，米凱萊托賄賂了一個守衛(wèi)，讓他帶著繩子進(jìn)去，切薩雷利用繩子從窗戶爬下，然后穿上衛(wèi)兵制服成功逃了出去，但他卻知道了艾吉奧等人現(xiàn)在正在追蹤他的下落，但切薩雷對此不慌不忙，并且說自己在瓦倫西亞有了安排，然后和米凱萊托一起前往瓦倫西亞。

在瓦倫西亞，切薩雷開始重建自己的軍隊(duì)，他們在這里修筑了一個軍事基地，而人們自愿加入他的軍隊(duì)，切薩雷此時把大量時間都耗費(fèi)在在孤狼旅館協(xié)調(diào)戰(zhàn)略上。

但后來營地和12艘戰(zhàn)船被艾吉奧和馬基雅維利利用炸彈炸毀，對于刺客襲擊這件事，切薩雷怒斥了米凱萊托，面對切薩雷的極盡侮辱，米凱萊托徹底對這個他曾忠誠的主人失去了希望，他沖過去，想殺了切薩雷，他終究死在了這個他盡力救出的主人手上。

同時，切薩雷看到了目睹這一切的艾吉奧和馬基雅維利，切薩雷朝著他們開槍，把馬基雅維利打傷。

因?yàn)榘獖W帶著馬基雅維利去看醫(yī)生，所以這讓切薩雷有機(jī)會逃脫，他從桑坦德乘一艘小船來到了納瓦拉。

1507年3月，切薩雷聚集了一支納瓦拉國王約翰三世德大軍圍攻維安那城堡，如果這一次他勝利了，那么他將會重新獲得法國人的支持，聽聞消息的艾吉奧也感到了戰(zhàn)場，他沒在戰(zhàn)場上第一回見面時殺死切薩雷。

即使切薩雷有出色的戰(zhàn)斗技巧，還有增援，可終究還是敗給了艾吉奧，艾吉奧一層一層擊破了他的鎧甲，將他打倒在地。

“結(jié)局不會是這樣！鎖鏈?zhǔn)擎i不住我的！我不會死在人類手中！”

切薩雷的命運(yùn)被交給了上帝，他從城墻上摔落。

他曾努力的謀求權(quán)力，也曾努力的恢復(fù)權(quán)力。

但現(xiàn)在……他還剩下什么？