故事正式開始，這位中年男子叫Agent K（特工K），他向那些個持槍保安稱自己來自Division 6（第六部，也可以翻譯為軍情六處），然而保安們并沒有聽說過這個組織。特工K沒有和他們多廢話，而是用流利的西班牙語讓貨車司機(jī)再等等，讓他重新清點人數(shù)。在他簡單觀察了一番，一眼發(fā)現(xiàn)出有個非正常的人混入人群中，這個人頭部和身子比例不協(xié)調(diào)，且不會說西班牙語。特工K對他說，他已經(jīng)違反了宇宙條例，在沒登記和注冊下不允許進(jìn)入地球，需要跟自己去一個秘密總部來花錢注冊身份，特工K甚至還用了一個辦法趴地這個人現(xiàn)出原形。原來這個人是外星人，居住在塞波星，而現(xiàn)在是人類和外星人共存的年代，任何來地球居住的外星居民需要和自己本來星球的高層人員取得聯(lián)系。很明顯，眼前這個塞波人與它的塞波星子民們失聯(lián)了，特工K就用GTP（定位導(dǎo)航系統(tǒng)）找到了他。他看到一旁的保安有些害怕，就襲擊了保安，扔掉了保安手中的槍試圖逃跑，特工K及時拔出槍將他殺死。為了消除眾人的恐慌，特工K用記憶消除器消除了周圍人的記憶?

??: Agent K K特工，喜歡穿黑色西服和運動褲，他手中的那把槍是粒子反射槍，可以產(chǎn)生巨大的藍(lán)色離子炮，當(dāng)然常見的就是發(fā)光的子彈

在很遠(yuǎn)的另一個地方New York City（紐約市，同時去掉City也是個州），一位黑人小伙子是個警察（不是港督哦?。?，摸著黑在追捕一個竊賊，這個竊賊剛才進(jìn)入警局偷走了前不久被發(fā)現(xiàn)的小蜂刺（一種威力巨大的聲納槍），黑人警察追到他，他反而想用小蜂刺反殺黑人警察，黑人警察開槍射爆了小蜂刺才幸免于難。正當(dāng)這個時候，竊賊發(fā)現(xiàn)自己沒武器了，毫不猶豫地從高樓上跳下去了，黑人警察以為他自殺了，結(jié)果發(fā)現(xiàn)門口并沒有他的尸體，那個竊賊就這樣憑空消失了。黑人警察去了局內(nèi)向局長匯報情況，那個竊賊有點不太對勁，他特別描述了竊賊眼珠子可以自由轉(zhuǎn)動、有很大的瞳孔、舌頭像蛇那樣分裂著，局長自然不相信他說的話，甚至指責(zé)他玩忽職守。黑人警察又去找他的同事Dr. Weaver（威弗博士，但是是個女的）理論，威弗特別認(rèn)同他所看到的異常，并不是取悅他，而是早些時候她親自去跳樓的現(xiàn)場看了看，發(fā)現(xiàn)了Linda Ray Gun（小蜂刺）的碎片，還有一些鱗片。她本人擅長于尸體研究，經(jīng)過檢驗發(fā)現(xiàn)鱗片的成分和蝗蟲DNA（脫氧核糖核酸）是吻合的。威弗稱這個黑人警察是James Edwards（詹姆斯·霍華德）。詹姆斯要去看那個鱗片，特工K來到這里，他直接叫出威弗小姐的名字，向她打聽到了詹姆斯的行蹤，然后用記憶消除器消除了她的記憶。特工K找到了正在去實驗室的詹姆斯，剛一眼看上去就令特工K頗感熟悉，直接叫出了詹姆斯全名，詹姆斯沒感到吃驚，畢竟紐約每次都會有怪異事情發(fā)生，反而覺得特工K是幽默風(fēng)趣的人，轉(zhuǎn)身走到特工K面前。當(dāng)他得知特工K要找的那個人和他要追的竊賊外貌有幾分相似，決定和他一起查案?

杰克拒絕透露情報結(jié)果被特工K一槍爆了頭，結(jié)果杰克的頭又長了回來，只是感到有點刺痛，詹姆斯這才明白原來他也是外星人。杰克懼怕特工K再次用噴火槍烤他的頭當(dāng)食物油，只好告訴了他阿賈的位置，特工K也在這個時候消除了詹姆斯的記憶。接著，特工K和詹姆斯出現(xiàn)在一家中餐館里，特工K講著無聊的冷笑話，詹姆斯絲毫笑不起來。在要了一杯咖啡以后，特工K才嚴(yán)肅起來，給了詹姆斯一份邀請函，邀請他去秘密總部。與此同時，在郊外偏遠(yuǎn)的村莊，一對夫婦在家里吵架，一架飛碟就恰好降落在他們的莊園而墜毀，制造了一個巨石坑，男人出于好奇出去看了看，結(jié)果待在飛碟里的阿賈用觸手把他拽進(jìn)坑里?

詹姆斯去了那個秘密總部，如果參觀大廳需要做一場模擬練習(xí)，證明有沒有資格參觀大廳。在訓(xùn)練室，詹姆斯見到了Chief Zed（Z老大），他們打完招呼以后，先將詹姆斯安排和其他各界精英一起寫簡歷，主要寫人生理想和個人目標(biāo)，有一位軍人在自己簡歷上寫了一段名言:“Looking for the best of the best of the beat（要成為精英中的精英）?！苯酉聛硎擒娛掠?xùn)練，其他人盲目射擊周圍的怪蟲模型，只有詹姆斯思考了一會兒才射擊了中間的那個小女孩人型模型，他認(rèn)為外星人入侵的城市理應(yīng)不存在小女孩，也許是利用外表欺騙別人，也許它才是主謀。特工K敬佩他的執(zhí)著和謀略，因為這次測試的不是射擊而是戰(zhàn)術(shù)。特工K讓詹姆斯通過了訓(xùn)練，帶他先后參觀了在地球居住并且接受了身份注冊的外星人，他們變成了地球人的樣子融入到了社會，又接著讓他見到了這里的?？停蔷褪荰he Worm Guy（夜行蟲四兄弟），它們特別愛喝咖啡。另一邊，一個驅(qū)蟲師在一個倉庫里發(fā)現(xiàn)了之前那個竊賊的尸體，他稱呼竊賊是Milkey（米基），因為他認(rèn)識米基，下意識要報警，結(jié)果被阿賈從背后伏擊了。阿賈殺死了他，并且揭示自己也來自塞波星，他吃了米基尸體，換上了之前那個男人的皮膚?

由于詹姆斯通過了測試，特工K理所當(dāng)然的帶他去了大廳，大廳幾乎全是正在工作的外星人，詹姆斯有幸見到了它們。特工K想讓詹姆斯加入Men In Black（黑超特警組，也有翻譯為黑衣特警，簡稱黑衣人組織），那樣他會獲得新的名字——Agent J（J特工）